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  • Artigo de periodico

    AI will create the next generation of user-friendly interfaces (2025)

    Nakaya, Helder Takashi Imoto

    Source: Nature Reviews Molecular Cell Biology. Unidade: FCF

    Subjects: INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      NAKAYA, Helder Takashi Imoto. AI will create the next generation of user-friendly interfaces. Nature Reviews Molecular Cell Biology, v. 26, 2025Tradução . . Disponível em: https://dx.doi.org/10.1038/s41580-025-00900-w. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Nakaya, H. T. I. (2025). AI will create the next generation of user-friendly interfaces. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 26. doi:10.1038/s41580-025-00900-w

    • NLM

      Nakaya HTI. AI will create the next generation of user-friendly interfaces [Internet]. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2025 ; 26[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41580-025-00900-w

    • Vancouver

      Nakaya HTI. AI will create the next generation of user-friendly interfaces [Internet]. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2025 ; 26[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41580-025-00900-w

  • Dissertação (Mestrado)

    Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração (2025)

    Campos, Gabriel Montenegro de ; Slavov, Svetoslav Nanev (Orientador)

    Unidade: FMRP

    Subjects: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA, MATÉRIA ESCURA, ALGORITMOS

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      CAMPOS, Gabriel Montenegro de. Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Campos, G. M. de. (2025). Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/

    • NLM

      Campos GM de. Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/

    • Vancouver

      Campos GM de. Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/

  • Trabalho de evento-anais periodico

    Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization (2025)

    Alcantara, Leonardo Utida; Triguero, Isaac ; Cerri, Ricardo

    Source: Lecture Notes in Artificial Intelligence. Conference titles: Brazilian Conference on Intelligent Systems - BRACIS. Unidade: ICMC

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, APRENDIZADO COMPUTACIONAL

    PrivadoAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      ALCANTARA, Leonardo Utida e TRIGUERO, Isaac e CERRI, Ricardo. Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization. Lecture Notes in Artificial Intelligence. Cham: Springer. Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-3-031-79032-4_27. Acesso em: 05 dez. 2025. , 2025

    • APA

      Alcantara, L. U., Triguero, I., & Cerri, R. (2025). Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization. Lecture Notes in Artificial Intelligence. Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-031-79032-4_27

    • NLM

      Alcantara LU, Triguero I, Cerri R. Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization [Internet]. Lecture Notes in Artificial Intelligence. 2025 ; 15413 384-399.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-031-79032-4_27

    • Vancouver

      Alcantara LU, Triguero I, Cerri R. Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization [Internet]. Lecture Notes in Artificial Intelligence. 2025 ; 15413 384-399.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-031-79032-4_27

  • Artigo de periodico

    Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle (2025)

    Cano, Lyang Higa ; Ahmed, Waqar ; Lima, Wânia Rezende; Martins, David Corrêa; Parreira, Kleber Simônio ; Garcia, Célia Regina da Silva ; Hashimoto, Ronaldo Fumio

    Source: Heliyon. Unidades: FCF, IME, Interunidades em Bioinformática, EESC

    Subjects: GENÉTICA, GENÉTICA, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      CANO, Lyang Higa et al. Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle. Heliyon, v. 11, n. artigo e44019, p. 1-12, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2025.e44019. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Cano, L. H., Ahmed, W., Lima, W. R., Martins, D. C., Parreira, K. S., Garcia, C. R. da S., & Hashimoto, R. F. (2025). Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle. Heliyon, 11( artigo e44019), 1-12. doi:10.1016/j.heliyon.2025.e44019

    • NLM

      Cano LH, Ahmed W, Lima WR, Martins DC, Parreira KS, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle [Internet]. Heliyon. 2025 ; 11( artigo e44019): 1-12.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2025.e44019

    • Vancouver

      Cano LH, Ahmed W, Lima WR, Martins DC, Parreira KS, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle [Internet]. Heliyon. 2025 ; 11( artigo e44019): 1-12.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2025.e44019

  • Artigo de periodico

    kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data (2025)

    Castelli, Erick C; Pereira, Raphaela Neto; Paes, Gabriela Sato; Andrade, Heloisa S.; Ferreira, Marcel Rodrigues; Santos, Ícaro Scalisse de Freitas; Vince, Nicolas; Pollock, Nicholas R; Norman, Paul J; Meyer, Diogo

    Source: HLA. Unidade: IB

    Subjects: GENES, POLIMORFISMO, BIOINFORMÁTICA, IMUNOLOGIA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      CASTELLI, Erick C et al. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data. HLA, v. 105, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1111/tan.70092. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Castelli, E. C., Pereira, R. N., Paes, G. S., Andrade, H. S., Ferreira, M. R., Santos, Í. S. de F., et al. (2025). kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data. HLA, 105. doi:10.1111/tan.70092

    • NLM

      Castelli EC, Pereira RN, Paes GS, Andrade HS, Ferreira MR, Santos ÍS de F, Vince N, Pollock NR, Norman PJ, Meyer D. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data [Internet]. HLA. 2025 ; 105[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1111/tan.70092

    • Vancouver

      Castelli EC, Pereira RN, Paes GS, Andrade HS, Ferreira MR, Santos ÍS de F, Vince N, Pollock NR, Norman PJ, Meyer D. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data [Internet]. HLA. 2025 ; 105[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1111/tan.70092
    GDS 03. Good health and well-being

  • Tese (Doutorado)

    Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças (2025)

    Castro, Ícaro Maia Santos ; Nakaya, Helder Takashi Imoto (Orientador) ; Amaral, Paulo de Paiva Rosa (coorient)

    Unidade: Interunidades em Bioinformática

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, EXPRESSÃO GÊNICA, RNA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      CASTRO, Ícaro Maia Santos. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Castro, Í. M. S. (2025). Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/

    • NLM

      Castro ÍMS. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/

    • Vancouver

      Castro ÍMS. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/

  • Dissertação (Mestrado)

    Segmentation of oral lesions through convolutional neural networks (2025)

    Souza, Eduardo Santos Carlos de ; Carvalho, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de (Orientador)

    Unidade: ICMC

    Subjects: INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL, REDES NEURAIS, NEOPLASIAS, LESÕES CANCERIZÁVEIS, APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      SOUZA, Eduardo Santos Carlos de. Segmentation of oral lesions through convolutional neural networks. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-29072025-102150/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Souza, E. S. C. de. (2025). Segmentation of oral lesions through convolutional neural networks (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-29072025-102150/

    • NLM

      Souza ESC de. Segmentation of oral lesions through convolutional neural networks [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-29072025-102150/

    • Vancouver

      Souza ESC de. Segmentation of oral lesions through convolutional neural networks [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-29072025-102150/

  • Artigo de periodico

    Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective (2025)

    Ribeiro, Paulo Henrique ; Simão, Adenilso da Silva

    Source: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. Unidade: ICMC

    Subjects: NEOPLASIAS, BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO

    PrivadoAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      RIBEIRO, Paulo Henrique e SIMÃO, Adenilso da Silva. Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 23, n. 2, p. 2531001-1-2531001-32, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1142/S0219720025310018. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Ribeiro, P. H., & Simão, A. da S. (2025). Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 23( 2), 2531001-1-2531001-32. doi:10.1142/S0219720025310018

    • NLM

      Ribeiro PH, Simão A da S. Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective [Internet]. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2025 ; 23( 2): 2531001-1-2531001-32.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1142/S0219720025310018

    • Vancouver

      Ribeiro PH, Simão A da S. Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective [Internet]. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2025 ; 23( 2): 2531001-1-2531001-32.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1142/S0219720025310018

  • Artigo de periodico

    DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance (2025)

    Gupta, Shantanu ; Silveira, Daner Acunha ; Mombach, Jose Carlos M. ; Hashimoto, Ronaldo Fumio

    Source: Proteomes. Unidade: IME

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, MODELAGEM COMPUTACIONAL, RNA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      GUPTA, Shantanu et al. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance. Proteomes, v. 13, n. 1, p. 1-20, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Gupta, S., Silveira, D. A., Mombach, J. C. M., & Hashimoto, R. F. (2025). DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance. Proteomes, 13( 1), 1-20. doi:10.3390/proteomes13010006

    • NLM

      Gupta S, Silveira DA, Mombach JCM, Hashimoto RF. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance [Internet]. Proteomes. 2025 ; 13( 1): 1-20.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006

    • Vancouver

      Gupta S, Silveira DA, Mombach JCM, Hashimoto RF. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance [Internet]. Proteomes. 2025 ; 13( 1): 1-20.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006

  • Trabalho de evento

    Inductive models for structured output prediction of lncRNA-disease associations (2025)

    Nakano, Felipe Kenji ; Bertoni, Livia; Cerri, Ricardo ; Vens, Celine

    Source: Proceedings. Conference titles: IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology - CIBCB. Unidade: ICMC

    Subjects: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA, COMPUTAÇÃO EVOLUTIVA

    PrivadoAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      NAKANO, Felipe Kenji et al. Inductive models for structured output prediction of lncRNA-disease associations. 2025, Anais.. Piscataway: IEEE, 2025. Disponível em: https://doi.org/10.1109/CIBCB66090.2025.11177093. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Nakano, F. K., Bertoni, L., Cerri, R., & Vens, C. (2025). Inductive models for structured output prediction of lncRNA-disease associations. In Proceedings. Piscataway: IEEE. doi:10.1109/CIBCB66090.2025.11177093

    • NLM

      Nakano FK, Bertoni L, Cerri R, Vens C. Inductive models for structured output prediction of lncRNA-disease associations [Internet]. Proceedings. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CIBCB66090.2025.11177093

    • Vancouver

      Nakano FK, Bertoni L, Cerri R, Vens C. Inductive models for structured output prediction of lncRNA-disease associations [Internet]. Proceedings. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CIBCB66090.2025.11177093

  • Artigo de periodico

    Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage (2025)

    Leal, Adriano Galindo ; Aoyagi, Thiago Yuji ; Costa-Martins, André Guillherme ; Souza, Diego Trindade de ; Silva, Cristina Maria Ferreira da ; Ueda, Eduardo Takeo ; Parada, Marcelo Gonzaga de Oliveira ; Feitosa, Allan Eduardo ; Fujita, André

    Source: Computational and Structural Biotechnology Journal. Unidade: IME

    Subjects: ENGENHARIA DE SOFTWARE, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      LEAL, Adriano Galindo et al. Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage. Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 27, p. 3941-3951, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.002. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Leal, A. G., Aoyagi, T. Y., Costa-Martins, A. G., Souza, D. T. de, Silva, C. M. F. da, Ueda, E. T., et al. (2025). Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage. Computational and Structural Biotechnology Journal, 27, 3941-3951. doi:10.1016/j.csbj.2025.09.002

    • NLM

      Leal AG, Aoyagi TY, Costa-Martins AG, Souza DT de, Silva CMF da, Ueda ET, Parada MG de O, Feitosa AE, Fujita A. Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage [Internet]. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2025 ; 27 3941-3951.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.002

    • Vancouver

      Leal AG, Aoyagi TY, Costa-Martins AG, Souza DT de, Silva CMF da, Ueda ET, Parada MG de O, Feitosa AE, Fujita A. Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage [Internet]. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2025 ; 27 3941-3951.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.002

  • Dissertação (Mestrado)

    Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica (2025)

    Ferreira, Bryan Kano; Terada, Routo (Orientador)

    Unidade: IME

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, CRIPTOLOGIA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, PRIVACIDADE

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      FERREIRA, Bryan Kano. Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Ferreira, B. K. (2025). Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/

    • NLM

      Ferreira BK. Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/

    • Vancouver

      Ferreira BK. Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/

  • Tese (Doutorado)

    Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning (2025)

    Kasmanas, Jonas Coelho ; Carvalho, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de (Orientador) ; Rocha, Ulisses Nunes da

    Unidade: ICMC

    Subjects: ANÁLISE DE DADOS, BIOINFORMÁTICA, GENOMAS, BANCO DE DADOS, HOMEOSTASE, BANCO DE DADOS, DIETA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      KASMANAS, Jonas Coelho e ROCHA, Ulisses Nunes da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Kasmanas, J. C., & Rocha, U. N. da. (2025). Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/

    • NLM

      Kasmanas JC, Rocha UN da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/

    • Vancouver

      Kasmanas JC, Rocha UN da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/

  • Dissertação (Mestrado)

    Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (2025)

    Barcelos, Pedro Marçal; Marques, Otavio Cabral (Orientador)

    Unidade: FCF

    Subjects: GLIOMA, REGULAÇÃO GÊNICA, GENES, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      BARCELOS, Pedro Marçal. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Barcelos, P. M. (2025). Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/

    • NLM

      Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/

    • Vancouver

      Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/

  • Tese (Doutorado)

    Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum (2025)

    Muñoz-Pérez, Jorge Mario; Pachón, Diego Mauricio Riaño (Orientador)

    Unidade: CENA

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, CANA-DE-AÇÚCAR, SORGO

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      MUÑOZ-PÉREZ, Jorge Mario. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Muñoz-Pérez, J. M. (2025). Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/

    • NLM

      Muñoz-Pérez JM. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/

    • Vancouver

      Muñoz-Pérez JM. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/

  • Artigo de jornal-dep/entr

    DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento] (2025)

    Grant, Taran ; Nakamura, Daniel

    Source: Jornal da USP. Ciências. Unidades: IB, Interunidades em Bioinformática

    Subjects: BIOLOGIA MOLECULAR, GENÔMICA, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      GRANT, Taran e NAKAMURA, Daniel. DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento]. Jornal da USP. Ciências. São Paulo: Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo. Disponível em: https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/. Acesso em: 05 dez. 2025. , 2025

    • APA

      Grant, T., & Nakamura, D. (2025). DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento]. Jornal da USP. Ciências. São Paulo: Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo. Recuperado de https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/

    • NLM

      Grant T, Nakamura D. DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento] [Internet]. Jornal da USP. Ciências. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/

    • Vancouver

      Grant T, Nakamura D. DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento] [Internet]. Jornal da USP. Ciências. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/

  • Artigo de periodico

    Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels (2025)

    Santos, Igor Chagas ; Souza, Rebecca di Stephano de ; Tolstoy, Igor ; Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur

    Source: Viruses. Unidades: ICB, IB, ICMC

    Subjects: PARASITOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, EVOLUÇÃO MOLECULAR, GENOMAS, FILOGENIA, VÍRUS, ZOOLOGIA (CLASSIFICAÇÃO)

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      SANTOS, Igor Chagas et al. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, v. 17, n. 5, p. 27 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v17050642. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Santos, I. C., Souza, R. di S. de, Tolstoy, I., Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2025). Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, 17( 5), 27 . doi:10.3390/v17050642

    • NLM

      Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642

    • Vancouver

      Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642

  • Tese (Doutorado)

    Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia (2025)

    Yoshida, Leonardo ; Kato, Massuo Jorge (Orientador)

    Unidade: IQ

    Subjects: PRODUTOS NATURAIS, BIOINFORMÁTICA, BIOQUÍMICA, ECOLOGIA QUÍMICA, QUÍMICA ORGÂNICA, METABOLISMO SECUNDÁRIO

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      YOSHIDA, Leonardo. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Yoshida, L. (2025). Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/

    • NLM

      Yoshida L. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/

    • Vancouver

      Yoshida L. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/

  • Trabalho de evento-resumo

    Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks (2025)

    Cano, Lyang Higa; Garcia, Celia Regina da Silva; Hashimoto, Ronaldo Fumio

    Source: Abstracts/Posters. Conference titles: Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB. Unidades: FCF, IME, Interunidades em Bioinformática

    Subjects: PLASMODIUM, MELATONIN, CA 2+ , IP3 RECEPTOR, GENE CO-EXPRESSION NETWORKS., PLASMODIUM FALCIPARUM, MALÁRIA, MELATONINA, BIOINFORMÁTICA, EXPRESSÃO GÊNICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      CANO, Lyang Higa e GARCIA, Celia Regina da Silva e HASHIMOTO, Ronaldo Fumio. Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks. 2025, Anais.. Porto Alegre: SBC, 2025. p. 1-3. Disponível em: http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Cano, L. H., Garcia, C. R. da S., & Hashimoto, R. F. (2025). Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks. In Abstracts/Posters (p. 1-3). Porto Alegre: SBC. Recuperado de http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf

    • NLM

      Cano LH, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks [Internet]. Abstracts/Posters. 2025 ; 1-3.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf

    • Vancouver

      Cano LH, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks [Internet]. Abstracts/Posters. 2025 ; 1-3.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf

  • Artigo de periodico

    Using reinforcement learning in genome assembly: in-depth analysis of a Q-learning assembler (2025)

    Padovani, Kleber ; Borges, Rafael Cabral ; Xavier, Roberto; Carvalho, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de ; Reali Costa, Anna Helena ; Chateau, Annie; Alves, Ronnie

    Source: Frontiers in Bioinformatics. Unidades: ICMC, EP

    Subjects: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      PADOVANI, Kleber et al. Using reinforcement learning in genome assembly: in-depth analysis of a Q-learning assembler. Frontiers in Bioinformatics, v. 5, p. 1-12, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3389/fbinf.2025.1633623. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Padovani, K., Borges, R. C., Xavier, R., Carvalho, A. C. P. de L. F. de, Reali Costa, A. H., Chateau, A., & Alves, R. (2025). Using reinforcement learning in genome assembly: in-depth analysis of a Q-learning assembler. Frontiers in Bioinformatics, 5, 1-12. doi:10.3389/fbinf.2025.1633623

    • NLM

      Padovani K, Borges RC, Xavier R, Carvalho ACP de LF de, Reali Costa AH, Chateau A, Alves R. Using reinforcement learning in genome assembly: in-depth analysis of a Q-learning assembler [Internet]. Frontiers in Bioinformatics. 2025 ; 5 1-12.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fbinf.2025.1633623

    • Vancouver

      Padovani K, Borges RC, Xavier R, Carvalho ACP de LF de, Reali Costa AH, Chateau A, Alves R. Using reinforcement learning in genome assembly: in-depth analysis of a Q-learning assembler [Internet]. Frontiers in Bioinformatics. 2025 ; 5 1-12.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fbinf.2025.1633623

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