Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (2025)
- Authors:
- Autor USP: BARCELOS, PEDRO MARÇAL - FCF
- Unidade: FCF
- Sigla do Departamento: FBC
- DOI: 10.11606/D.9.2025.tde-07042025-123308
- Subjects: GLIOMA; REGULAÇÃO GÊNICA; GENES; BIOINFORMÁTICA
- Keywords: Glioma; Glioma; Regulons; Regulons; Sobrevivência; Survival
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Gliomas, os tumores primários mais prevalentes e agressivos do sistema nervoso central, são marcados por fatores transcricionais desregulados e expressão gênica aberrante. Apesar desses avanços, a arquitetura das redes reguladoras de genes (GRNs) que impulsionam, a progressão dos gliomas permanece pouco compreendida. Decifrar essas redes é essencial para identificar vulnerabilidades terapêuticas e melhorar os resultados dos pacientes. Analisamos dados transcriptômicos de 989 gliomas primários utilizando os bancos The Cancer Genoma Atlas (TCGA) e o Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA). As GRNs foram reconstruídas com o pacote RTN, e a atividade dos regulons foi avaliada por meio da Análise de Enriquecimento de Conjuntos Gênicos (GSEA). A regularização por elastic net e o modelo de riscos proporcionais de Cox identificaram genes prognósticos associados à sobrevivência. A análise revelou 31 e 32 genes prognósticos nos bancos TCGA e CGGA, respectivamente, com 11 genes compartilhados entre os conjuntos de dados. O enriquecimento funcional indicou que muitos desses genes estão envolvidos no desenvolvimento neural e em processos sinápticos. Entre os principais candidatos, GAS2L3, HOXD123 e OTP mostraram-se fortemente associados aos desfechos de sobrevivência. Dados de RNA-seq de célula única de 201.986 células e identifica novos marcadores prognósticos com potencial relevância clínica.Ao elucidar redes reguladoras chave e seus genes associados, pavimentamos o caminho para futuras investigações sobre a biologia dos gliomas e o desenvolvimento de estratégias terapêuticas direcionadas
- Imprenta:
- Data da defesa: 26.02.2025
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
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-
ABNT
BARCELOS, Pedro Marçal. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/. Acesso em: 02 abr. 2026. -
APA
Barcelos, P. M. (2025). Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/ -
NLM
Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2026 abr. 02 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/ -
Vancouver
Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2026 abr. 02 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/ - Modulation of neuroimmune cytokine networks by antidepressants: implications in mood regulation
- Gene regulatory networks analysis for the discovery of prognostic genes in gliomas
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