Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum (2025)
- Authors:
- Autor USP: PÉREZ, JORGE MARIO MUÑOZ - CENA
- Unidade: CENA
- DOI: 10.11606/T.64.2025.tde-25042025-121333
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; GENÔMICA; CANA-DE-AÇÚCAR; SORGO
- Keywords: Bioenergy crops; Cana-de-açúcar; Comparative genomics; Cultivos bioenergéticos; Eficiência no uso do nitrogênio; Gene coexpression networks; Genômica comparativa; Nitrogen use efficiency; Pantranscriptoma; Pantranscriptome; Redes de coexpressão gênica; Sorghum; Sorgo; Sugarcane
- Language: Inglês
- Abstract: Esta tese de doutorado aproveita conjuntos de dados transcriptômicos disponíveis publicamente e técnicas avançadas de análise de redes para investigar redes de coexpressão gênica em duas culturas bioenergéticas-chave: cana-de-açúcar e sorgo. Ao reutilizar e integrar os recursos de dados existentes, este estudo demonstra o potencial de revelar novos insights sobre processos biológicos complexos utilizando recursos adicionais relativamente baixos. O Capítulo 1 foca nas redes de coexpressão gênica para dissecar a eficiência de uso de nitrogênio (NUE) na cana-de-açúcar, identificando módulos-chave e genes candidatos associados às respostas específicas de genótipos à NUE. O Capítulo 2 explora a diversidade evolutiva e funcional do sorgo por meio de um pantranscriptoma montado a partir de 18 genótipos, fornecendo uma referência transcriptômica para o sorgo e oferecendo insights sobre sua arquitetura genética. O Capítulo 3 apresenta uma análise comparativa das redes de coexpressão gênica na cana-de-açúcar e no sorgo, revelando uma extensa reconfiguração das redes, provavelmente impulsionada pela poliploidia na cana-de-açúcar, e identificando famílias conservadas de proteínas associadas à transcrição correlacionadas com características relacionadas ao açúcar em ambas as espécies. Em conjunto, esses achados ampliam nossa compreensão sobre as redes de coexpressão gênica dessas culturas bioenergéticas, revelando módulos-chave, genes candidatos e fornecendo evidências das restriçõesevolutivas que moldam os padrões de coexpressão gênica em cana-de-açúcar e sorgo. Este trabalho enfatiza a importância de reutilizar dados públicos como uma estratégia econômica para gerar novas hipóteses e avançar nossa compreensão dos sistemas vegetais complexos, oferecendo, assim, caminhos promissores para o aprimoramento sustentável de culturas na produção de bioenergia
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2025
- Data da defesa: 14.02.2025
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
MUÑOZ-PÉREZ, Jorge Mario. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/. Acesso em: 09 jan. 2026. -
APA
Muñoz-Pérez, J. M. (2025). Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/ -
NLM
Muñoz-Pérez JM. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum [Internet]. 2025 ;[citado 2026 jan. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/ -
Vancouver
Muñoz-Pérez JM. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum [Internet]. 2025 ;[citado 2026 jan. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.64.2025.tde-25042025-121333 (Fonte: oaDOI API)
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