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  • Fonte: Viruses. Unidades: ICB, IB, ICMC

    Assuntos: PARASITOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, EVOLUÇÃO MOLECULAR, GENOMAS, FILOGENIA, VÍRUS, ZOOLOGIA (CLASSIFICAÇÃO)

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    • ABNT

      SANTOS, Igor Chagas et al. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, v. 17, n. 5, p. 27 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v17050642. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Santos, I. C., Souza, R. di S. de, Tolstoy, I., Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2025). Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, 17( 5), 27 . doi:10.3390/v17050642
    • NLM

      Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642
    • Vancouver

      Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642
  • Fonte: Bioinformatics [Internet]. Unidade: ICB

    Assuntos: PARASITOLOGIA, VIROLOGIA MOLECULAR, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS, VÍRUS, BIOINFORMÁTICA, DIVERSIDADE GENÉTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, MUTAÇÃO GENÉTICA

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    • ABNT

      OLIVEIRA, Liliane Santana e GRUBER, Arthur. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery. Bioinformatics [Internet]. Tradução . Brisbane: Exon Publication, 2021. p. ca 9. Disponível em: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2021). Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery. In Bioinformatics [Internet] (p. ca 9). Brisbane: Exon Publication. doi:10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
    • NLM

      Oliveira LS, Gruber A. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery [Internet]. In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane: Exon Publication; 2021. p. ca 9.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
    • Vancouver

      Oliveira LS, Gruber A. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery [Internet]. In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane: Exon Publication; 2021. p. ca 9.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
  • Unidade: Interunidades em Bioinformática

    Assuntos: BIOINFORMÁTICA, VÍRUS, MARCADOR MOLECULAR, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS, GENOMAS

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    • ABNT

      GUIMARÃES, Miriã Nunes. Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Guimarães, M. N. (2019). Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/
    • NLM

      Guimarães MN. Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/
    • Vancouver

      Guimarães MN. Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/
  • Unidade: Interunidades em Bioinformática

    Assuntos: BIOINFORMÁTICA, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS, DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARE, MARCADOR MOLECULAR

    Acesso à fonteComo citar
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    • ABNT

      KASHIWABARA, Liliane Santana Oliveira. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Kashiwabara, L. S. O. (2019). Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
    • NLM

      Kashiwabara LSO. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
    • Vancouver

      Kashiwabara LSO. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
  • Fonte: Viruses. Unidade: ICB

    Assuntos: PARASITOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, VÍRUS

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    • ABNT

      IBRAHIM, Bashar et al. Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting. Viruses, v. 10, n. 5, p. 1-19, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v10050256. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Ibrahim, B., Arkhipova, K., Andeweg, A. C., Posada-Céspedes, S., Enault, F., Gruber, A., et al. (2018). Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting. Viruses, 10( 5), 1-19. doi:10.3390/v10050256
    • NLM

      Ibrahim B, Arkhipova K, Andeweg AC, Posada-Céspedes S, Enault F, Gruber A, Koonin EV, Kupczok A, Lemey P, McHardy AC, McMahon DP, Pickett BE, Robertson DL, Scheuermann RH, Zhernakova A, Zwart MP, Schönhuth A, Dutilh BE, Marz M. Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting [Internet]. Viruses. 2018 ; 10( 5): 1-19.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v10050256
    • Vancouver

      Ibrahim B, Arkhipova K, Andeweg AC, Posada-Céspedes S, Enault F, Gruber A, Koonin EV, Kupczok A, Lemey P, McHardy AC, McMahon DP, Pickett BE, Robertson DL, Scheuermann RH, Zhernakova A, Zwart MP, Schönhuth A, Dutilh BE, Marz M. Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting [Internet]. Viruses. 2018 ; 10( 5): 1-19.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v10050256
  • Fonte: Frontiers in Microbiology. Unidades: ICB, IME, IB

    Assuntos: BIOINFORMÁTICA, PROCESSOS DE MARKOV

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    • ABNT

      ALVES, João Marcelo Pereira et al. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data. Frontiers in Microbiology, v. 7, n. article º 269, p. 15 , 2016Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Alves, J. M. P., Oliveira, A. L. de, Sandberg, T. O. M., Moreno-Gallego, J. L., Toledo, M. A. F. de, Moura, E. M. M. de, et al. (2016). GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data. Frontiers in Microbiology, 7( article º 269), 15 . doi:10.3389/fmicb.2016.00269
    • NLM

      Alves JMP, Oliveira AL de, Sandberg TOM, Moreno-Gallego JL, Toledo MAF de, Moura EMM de, Oliveira LS, Durham AM, Mehnert DU, Zanotto PM de A, Reyes A, Gruber A. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data [Internet]. Frontiers in Microbiology. 2016 ; 7( article º 269): 15 .[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269
    • Vancouver

      Alves JMP, Oliveira AL de, Sandberg TOM, Moreno-Gallego JL, Toledo MAF de, Moura EMM de, Oliveira LS, Durham AM, Mehnert DU, Zanotto PM de A, Reyes A, Gruber A. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data [Internet]. Frontiers in Microbiology. 2016 ; 7( article º 269): 15 .[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269
  • Unidade: ICB

    Assuntos: BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, SEQUÊNCIA DO DNA, DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARE, BIOLOGIA MOLECULAR, VÍRUS

    Acesso à fonteComo citar
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    • ABNT

      OLIVEIRA, André Luiz de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2012. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Oliveira, A. L. de. (2012). GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/
    • NLM

      Oliveira AL de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/
    • Vancouver

      Oliveira AL de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/
  • Unidade: ICB

    Assuntos: BIOINFORMÁTICA, EIMERIA, AVES DOMÉSTICAS, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO

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    • ABNT

      RANGEL, Luiz Thibério Lira Diniz. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2012. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Rangel, L. T. L. D. (2012). Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/
    • NLM

      Rangel LTLD. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/
    • Vancouver

      Rangel LTLD. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/
  • Unidade: ICB

    Assuntos: PARASITOLOGIA, EIMERIA, SEQUÊNCIA DO DNA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, BIOINFORMÁTICA

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    • ABNT

      FERRO, Milene. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2008. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2008. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Ferro, M. (2008). Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/
    • NLM

      Ferro M. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2008 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/
    • Vancouver

      Ferro M. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2008 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/
  • Fonte: Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach. Unidades: ICB, IME

    Assunto: BIOINFORMÁTICA

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    • ABNT

      GRUBER, Arthur e DURHAM, Alan Mitchell e HUYNH, Chuong. This book is the result of a long process that began with a series of Latin American Bioinformatics Training Courses for Tropical Disease Research. [Prefácio]. Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach. Bethesda: National Center for Biotechnology Information. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6826/pdf/Bookshelf_NBK6826.pdf. Acesso em: 15 nov. 2025. , 2008
    • APA

      Gruber, A., Durham, A. M., & Huynh, C. (2008). This book is the result of a long process that began with a series of Latin American Bioinformatics Training Courses for Tropical Disease Research. [Prefácio]. Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach. Bethesda: National Center for Biotechnology Information. Recuperado de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6826/pdf/Bookshelf_NBK6826.pdf
    • NLM

      Gruber A, Durham AM, Huynh C. This book is the result of a long process that began with a series of Latin American Bioinformatics Training Courses for Tropical Disease Research. [Prefácio] [Internet]. Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach. 2008 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6826/pdf/Bookshelf_NBK6826.pdf
    • Vancouver

      Gruber A, Durham AM, Huynh C. This book is the result of a long process that began with a series of Latin American Bioinformatics Training Courses for Tropical Disease Research. [Prefácio] [Internet]. Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach. 2008 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6826/pdf/Bookshelf_NBK6826.pdf
  • Unidades: ICB, IME

    Assuntos: BIOINFORMÁTICA, BANCO DE DADOS

    Acesso à fonteComo citar
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      GRUBER, Arthur et al. Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach. . Bethesda: National Center for Biotechnology Information. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6818/pdf/Bookshelf_NBK6818.pdf. Acesso em: 15 nov. 2025. , 2008
    • APA

      Gruber, A., Durham, A. M., Huynh, C., & Portillo, H. A. del. (2008). Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach. Bethesda: National Center for Biotechnology Information. Recuperado de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6818/pdf/Bookshelf_NBK6818.pdf
    • NLM

      Gruber A, Durham AM, Huynh C, Portillo HA del. Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach [Internet]. 2008 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6818/pdf/Bookshelf_NBK6818.pdf
    • Vancouver

      Gruber A, Durham AM, Huynh C, Portillo HA del. Bioinformatics in tropical disease research: a practical and case-study approach [Internet]. 2008 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6818/pdf/Bookshelf_NBK6818.pdf
  • Unidade: Interunidades em Bioinformática

    Assuntos: ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteComo citar
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      BELTRÁN CASTAÑÓN, César. Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria. 2007. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04112007-214902/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Beltrán Castañón, C. (2007). Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04112007-214902/
    • NLM

      Beltrán Castañón C. Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria [Internet]. 2007 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04112007-214902/
    • Vancouver

      Beltrán Castañón C. Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria [Internet]. 2007 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04112007-214902/
  • Fonte: Bioinformatics. Unidades: IME, FMVZ

    Assuntos: COMPUTAÇÃO APLICADA, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIComo citar
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      DURHAM, Alan Mitchell et al. EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics, v. 21, n. 12, p. 15 2812–2813, 2005Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti424. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Durham, A. M., Kashiwabara, A. Y., Matsunaga, F. T. G., Ahagon, P. H., Rainone, F., Varuzza, L., & Gruber, A. (2005). EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. Bioinformatics, 21( 12), 15 2812–2813. doi:10.1093/bioinformatics/bti424
    • NLM

      Durham AM, Kashiwabara AY, Matsunaga FTG, Ahagon PH, Rainone F, Varuzza L, Gruber A. EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis [Internet]. Bioinformatics. 2005 ; 21( 12): 15 2812–2813.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti424
    • Vancouver

      Durham AM, Kashiwabara AY, Matsunaga FTG, Ahagon PH, Rainone F, Varuzza L, Gruber A. EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis [Internet]. Bioinformatics. 2005 ; 21( 12): 15 2812–2813.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti424

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