Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica (2012)
- Authors:
- Autor USP: RANGEL, LUIZ THIBÉRIO LIRA DINIZ - ICB
- Unidade: ICB
- Sigla do Departamento: BMP
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; EIMERIA; AVES DOMÉSTICAS; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Keywords: ANOTAÇÃO DE SEQUÊNCIAS; ORTOLOGIA DE SEQUÊNCIAS; MAPEAMENTO DE VIAS METABÓLICAS; TRANSCRIPTOMA
- Language: Português
- Abstract: Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. – Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb).
- Imprenta:
- Data da defesa: 19.01.2012
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ABNT
RANGEL, Luiz Thibério Lira Diniz. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2012. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/. Acesso em: 11 mar. 2026. -
APA
Rangel, L. T. L. D. (2012). Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/ -
NLM
Rangel LTLD. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2012 ;[citado 2026 mar. 11 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/ -
Vancouver
Rangel LTLD. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2012 ;[citado 2026 mar. 11 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/
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