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Tese

GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração (2012)

  • Authors:
  • Autor USP: OLIVEIRA, ANDRÉ LUIZ DE - ICB
  • Unidade: ICB
  • Sigla do Departamento: BMP
  • Subjects: BIOINFORMÁTICA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; SEQUÊNCIA DO DNA; DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARE; BIOLOGIA MOLECULAR; VÍRUS
  • Keywords: METAGENÔMICA; MONTAGEM DE DNA; RECONSTRUÇÃO DE SEQUENCIAS
  • Language: Português
  • Abstract: O programa GenSeed, descrito previamente pelo nosso grupo, implementa um método de montagem progressiva dirigida por semente, o qual permite reconstruir sequências de DNA para montagem alvo-específicas partindo-se de sequências semente curtas de DNA ou proteína. Esse programa pode ser aplicado para a reconstrução de fragmentos genômicos, extracromossômicos e cDNAs, mas não é adequado para a reconstrução de sequências utilizando sementes e bases de dados derivadas de amostras heterólogas. O presente trabalho teve como objetivo o desenvolvimento do GenSeed-HMM, uma versão do GenSeed, capaz de utilizar HMMs de perfis como sementes para a reconstrução de sequências específicas, e de processar dados gerados pelas novas plataformas de sequenciamento, incluindo leituras curtas. Este trabalho relata a implementação do programa GenSeed-HMM, e sua validação utilizando dados reais de diferentes plataformas de sequenciamento, originados de procariotos, eucariotos, bem como de amostras metagenômicas.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 14.08.2012
    • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      OLIVEIRA, André Luiz de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2012. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/. Acesso em: 17 out. 2024.

    • APA

      Oliveira, A. L. de. (2012). GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/

    • NLM

      Oliveira AL de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2012 ;[citado 2024 out. 17 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/

    • Vancouver

      Oliveira AL de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2012 ;[citado 2024 out. 17 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/

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