Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica (2008)
- Authors:
- Autor USP: FERRO, MILENE - ICB
- Unidade: ICB
- Sigla do Departamento: BMP
- Subjects: PARASITOLOGIA; EIMERIA; SEQUÊNCIA DO DNA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; BIOINFORMÁTICA
- Language: Português
- Abstract: A coccidiose aviária é uma doença entérica causada por protozoários parasitas do gênero Eimeria. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na regulação do ciclo de vida dos parasitas, foram geradas 15.000 seqüências expressas (ORESTES) para cada uma das três espécies mais importantes: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento de componentes de anotação automática de seqüências para o sistema EGene, plataforma previamente desenvolvida pelo nosso grupo (Durham et al. - Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) para a construção de processamentos encadeados (pipelines). Estes componentes foram utilizados para a construção de pipelines de anotação automática de seqüências-consenso obtidas a partir da montagem dos ORESTES de Eimeria spp. A anotação consistiu na identificação dos genes e atribuição da função dos respectivos produtos protéicos, baseando-se em um conjunto de evidências. As seqüências também foram classificadas e quantificadas utilizando-se um vocabulário controlado de termos de ontologia gênica (GO).
- Imprenta:
- Data da defesa: 08.12.2008
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ABNT
FERRO, Milene. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2008. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2008. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/. Acesso em: 21 fev. 2026. -
APA
Ferro, M. (2008). Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/ -
NLM
Ferro M. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2008 ;[citado 2026 fev. 21 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/ -
Vancouver
Ferro M. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de seqüências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2008 ;[citado 2026 fev. 21 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-31032009-114017/
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