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  • Artigo de periodico

    Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining (2025)

    Oliveira, Raul Vítor Ferreira de ; Garrido, Leandro Maza ; Padilla, Gabriel

    Source: Brazilian Journal of Microbiology. Unidade: ICB

    Subjects: MICROBIOLOGIA, GENÉTICA BACTERIANA, BIOINFORMÁTICA, PRODUTOS NATURAIS, GENÔMICA, DNA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, NUCLEOTÍDEOS, STREPTOMYCES, BACILOS GRAM-POSITIVOS

    Acesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      OLIVEIRA, Raul Vítor Ferreira de e GARRIDO, Leandro Maza e PADILLA, Gabriel. Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining. Brazilian Journal of Microbiology, v. 56, n. 1, p. 79-89, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1007/s42770-024-01598-2. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Oliveira, R. V. F. de, Garrido, L. M., & Padilla, G. (2025). Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining. Brazilian Journal of Microbiology, 56( 1), 79-89. doi:10.1007/s42770-024-01598-2

    • NLM

      Oliveira RVF de, Garrido LM, Padilla G. Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining [Internet]. Brazilian Journal of Microbiology. 2025 ; 56( 1): 79-89.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s42770-024-01598-2

    • Vancouver

      Oliveira RVF de, Garrido LM, Padilla G. Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining [Internet]. Brazilian Journal of Microbiology. 2025 ; 56( 1): 79-89.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s42770-024-01598-2

  • Artigo de periodico

    AI will create the next generation of user-friendly interfaces (2025)

    Nakaya, Helder Takashi Imoto

    Source: Nature Reviews Molecular Cell Biology. Unidade: FCF

    Subjects: INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      NAKAYA, Helder Takashi Imoto. AI will create the next generation of user-friendly interfaces. Nature Reviews Molecular Cell Biology, v. 26, 2025Tradução . . Disponível em: https://dx.doi.org/10.1038/s41580-025-00900-w. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Nakaya, H. T. I. (2025). AI will create the next generation of user-friendly interfaces. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 26. doi:10.1038/s41580-025-00900-w

    • NLM

      Nakaya HTI. AI will create the next generation of user-friendly interfaces [Internet]. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2025 ; 26[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41580-025-00900-w

    • Vancouver

      Nakaya HTI. AI will create the next generation of user-friendly interfaces [Internet]. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2025 ; 26[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41580-025-00900-w

  • Artigo de periodico

    Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle (2025)

    Cano, Lyang Higa ; Ahmed, Waqar ; Lima, Wânia Rezende; Martins, David Corrêa; Parreira, Kleber Simônio ; Garcia, Célia Regina da Silva ; Hashimoto, Ronaldo Fumio

    Source: Heliyon. Unidades: FCF, IME, Interunidades em Bioinformática, EESC

    Subjects: GENÉTICA, GENÉTICA, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      CANO, Lyang Higa et al. Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle. Heliyon, v. 11, n. artigo e44019, p. 1-12, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2025.e44019. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Cano, L. H., Ahmed, W., Lima, W. R., Martins, D. C., Parreira, K. S., Garcia, C. R. da S., & Hashimoto, R. F. (2025). Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle. Heliyon, 11( artigo e44019), 1-12. doi:10.1016/j.heliyon.2025.e44019

    • NLM

      Cano LH, Ahmed W, Lima WR, Martins DC, Parreira KS, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle [Internet]. Heliyon. 2025 ; 11( artigo e44019): 1-12.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2025.e44019

    • Vancouver

      Cano LH, Ahmed W, Lima WR, Martins DC, Parreira KS, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Gene network analysis of Plasmodium falciparum ubiquitin-proteasomal system pathways reveals co-expression of the E1, E2 and E3 enzymes during intraerythrocytic cycle [Internet]. Heliyon. 2025 ; 11( artigo e44019): 1-12.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2025.e44019

  • Artigo de periodico

    kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data (2025)

    Castelli, Erick C; Pereira, Raphaela Neto; Paes, Gabriela Sato; Andrade, Heloisa S.; Ferreira, Marcel Rodrigues; Santos, Ícaro Scalisse de Freitas; Vince, Nicolas; Pollock, Nicholas R; Norman, Paul J; Meyer, Diogo

    Source: HLA. Unidade: IB

    Subjects: GENES, POLIMORFISMO, BIOINFORMÁTICA, IMUNOLOGIA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      CASTELLI, Erick C et al. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data. HLA, v. 105, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1111/tan.70092. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Castelli, E. C., Pereira, R. N., Paes, G. S., Andrade, H. S., Ferreira, M. R., Santos, Í. S. de F., et al. (2025). kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data. HLA, 105. doi:10.1111/tan.70092

    • NLM

      Castelli EC, Pereira RN, Paes GS, Andrade HS, Ferreira MR, Santos ÍS de F, Vince N, Pollock NR, Norman PJ, Meyer D. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data [Internet]. HLA. 2025 ; 105[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1111/tan.70092

    • Vancouver

      Castelli EC, Pereira RN, Paes GS, Andrade HS, Ferreira MR, Santos ÍS de F, Vince N, Pollock NR, Norman PJ, Meyer D. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data [Internet]. HLA. 2025 ; 105[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1111/tan.70092
    GDS 03. Good health and well-being

  • Tese (Doutorado)

    Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças (2025)

    Castro, Ícaro Maia Santos ; Nakaya, Helder Takashi Imoto (Orientador) ; Amaral, Paulo de Paiva Rosa (coorient)

    Unidade: Interunidades em Bioinformática

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, EXPRESSÃO GÊNICA, RNA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      CASTRO, Ícaro Maia Santos. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Castro, Í. M. S. (2025). Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/

    • NLM

      Castro ÍMS. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/

    • Vancouver

      Castro ÍMS. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/

  • Artigo de periodico

    Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective (2025)

    Ribeiro, Paulo Henrique ; Simão, Adenilso da Silva

    Source: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. Unidade: ICMC

    Subjects: NEOPLASIAS, BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO

    PrivadoAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      RIBEIRO, Paulo Henrique e SIMÃO, Adenilso da Silva. Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 23, n. 2, p. 2531001-1-2531001-32, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1142/S0219720025310018. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Ribeiro, P. H., & Simão, A. da S. (2025). Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 23( 2), 2531001-1-2531001-32. doi:10.1142/S0219720025310018

    • NLM

      Ribeiro PH, Simão A da S. Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective [Internet]. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2025 ; 23( 2): 2531001-1-2531001-32.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1142/S0219720025310018

    • Vancouver

      Ribeiro PH, Simão A da S. Analysis of clonal evolution in cancer: a computational perspective [Internet]. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2025 ; 23( 2): 2531001-1-2531001-32.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1142/S0219720025310018

  • Artigo de periodico

    DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance (2025)

    Gupta, Shantanu ; Silveira, Daner Acunha ; Mombach, Jose Carlos M. ; Hashimoto, Ronaldo Fumio

    Source: Proteomes. Unidade: IME

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, MODELAGEM COMPUTACIONAL, RNA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      GUPTA, Shantanu et al. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance. Proteomes, v. 13, n. 1, p. 1-20, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Gupta, S., Silveira, D. A., Mombach, J. C. M., & Hashimoto, R. F. (2025). DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance. Proteomes, 13( 1), 1-20. doi:10.3390/proteomes13010006

    • NLM

      Gupta S, Silveira DA, Mombach JCM, Hashimoto RF. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance [Internet]. Proteomes. 2025 ; 13( 1): 1-20.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006

    • Vancouver

      Gupta S, Silveira DA, Mombach JCM, Hashimoto RF. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance [Internet]. Proteomes. 2025 ; 13( 1): 1-20.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006

  • Artigo de periodico

    Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage (2025)

    Leal, Adriano Galindo ; Aoyagi, Thiago Yuji ; Costa-Martins, André Guillherme ; Souza, Diego Trindade de ; Silva, Cristina Maria Ferreira da ; Ueda, Eduardo Takeo ; Parada, Marcelo Gonzaga de Oliveira ; Feitosa, Allan Eduardo ; Fujita, André

    Source: Computational and Structural Biotechnology Journal. Unidade: IME

    Subjects: ENGENHARIA DE SOFTWARE, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      LEAL, Adriano Galindo et al. Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage. Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 27, p. 3941-3951, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.002. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Leal, A. G., Aoyagi, T. Y., Costa-Martins, A. G., Souza, D. T. de, Silva, C. M. F. da, Ueda, E. T., et al. (2025). Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage. Computational and Structural Biotechnology Journal, 27, 3941-3951. doi:10.1016/j.csbj.2025.09.002

    • NLM

      Leal AG, Aoyagi TY, Costa-Martins AG, Souza DT de, Silva CMF da, Ueda ET, Parada MG de O, Feitosa AE, Fujita A. Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage [Internet]. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2025 ; 27 3941-3951.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.002

    • Vancouver

      Leal AG, Aoyagi TY, Costa-Martins AG, Souza DT de, Silva CMF da, Ueda ET, Parada MG de O, Feitosa AE, Fujita A. Pantheon-DNA: versatile encoding-decoding system with integrated adaptive NGS preprocessing algorithms for DNA data storage [Internet]. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2025 ; 27 3941-3951.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.09.002

  • Dissertação (Mestrado)

    Busca por sítios de processamento específicos da ribonuclease NZ (VNG_RS05855) utilizando métodos de bioinformática (2025)

    Almeida, João Paulo Facio ; Koide, Tie (Orientador) ; Vêncio, Ricardo Zorzetto Nicoliello (coorient)

    Unidade: FMRP

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, BIOQUÍMICA, MICROBIOLOGIA, RNA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      ALMEIDA, João Paulo Facio. Busca por sítios de processamento específicos da ribonuclease NZ (VNG_RS05855) utilizando métodos de bioinformática. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-24062025-095651/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Almeida, J. P. F. (2025). Busca por sítios de processamento específicos da ribonuclease NZ (VNG_RS05855) utilizando métodos de bioinformática (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-24062025-095651/

    • NLM

      Almeida JPF. Busca por sítios de processamento específicos da ribonuclease NZ (VNG_RS05855) utilizando métodos de bioinformática [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-24062025-095651/

    • Vancouver

      Almeida JPF. Busca por sítios de processamento específicos da ribonuclease NZ (VNG_RS05855) utilizando métodos de bioinformática [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-24062025-095651/

  • Dissertação (Mestrado)

    Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica (2025)

    Ferreira, Bryan Kano; Terada, Routo (Orientador)

    Unidade: IME

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, CRIPTOLOGIA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, PRIVACIDADE

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      FERREIRA, Bryan Kano. Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Ferreira, B. K. (2025). Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/

    • NLM

      Ferreira BK. Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/

    • Vancouver

      Ferreira BK. Alinhamento de pares de sequências biológicas com privacidade preservada: uma abordagem homomórfica [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26092025-041931/

  • Tese (Doutorado)

    Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning (2025)

    Kasmanas, Jonas Coelho ; Carvalho, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de (Orientador) ; Rocha, Ulisses Nunes da

    Unidade: ICMC

    Subjects: ANÁLISE DE DADOS, BIOINFORMÁTICA, GENOMAS, BANCO DE DADOS, HOMEOSTASE, BANCO DE DADOS, DIETA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      KASMANAS, Jonas Coelho e ROCHA, Ulisses Nunes da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Kasmanas, J. C., & Rocha, U. N. da. (2025). Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/

    • NLM

      Kasmanas JC, Rocha UN da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/

    • Vancouver

      Kasmanas JC, Rocha UN da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/

  • Dissertação (Mestrado)

    Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (2025)

    Barcelos, Pedro Marçal; Marques, Otavio Cabral (Orientador)

    Unidade: FCF

    Subjects: GLIOMA, REGULAÇÃO GÊNICA, GENES, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      BARCELOS, Pedro Marçal. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Barcelos, P. M. (2025). Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/

    • NLM

      Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/

    • Vancouver

      Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/

  • Artigo de periodico

    A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism (2025)

    Arini, Gabriel Santos ; Borelli, Tiago Cabral ; Ferreira, Elthon Gois ; Felicio, Rafael de ; Rezende-Teixeira, Paula ; Pedrino, Matheus; Rabiço, Francienne ; Siqueira, Guilherme Marcelino Viana de; Mencucini, Luiz Gabriel Souza ; Tsuji, Henrique ; Andrade, Lucas Sousa Neves ; Garrido, Leandro Maza ; Gil-de-la-Fuente, Alberto ; Wang, Mingxun ; Trivella, Daniela Barretto Barbosa ; Guazzaroni, Maria Eugenia ; Lopes, Norberto Peporine ; Costa-Lotufo, Letícia Veras ; Silva, Ricardo Roberto da ; Padilla, Gabriel

    Source: Frontiers in Molecular Biosciences. Unidades: ICB, FCFRP, FFCLRP, FMRP

    Subjects: MICROBIOLOGIA, FARMACOLOGIA, PRODUTOS NATURAIS, BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, METABÓLITOS, METABOLÔMICA, ESPECTROMETRIA DE MASSAS, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      ARINI, Gabriel Santos et al. A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism. Frontiers in Molecular Biosciences, v. 12, p. 15 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1515276. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Arini, G. S., Borelli, T. C., Ferreira, E. G., Felicio, R. de, Rezende-Teixeira, P., Pedrino, M., et al. (2025). A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism. Frontiers in Molecular Biosciences, 12, 15 . doi:10.3389/fmolb.2025.1515276

    • NLM

      Arini GS, Borelli TC, Ferreira EG, Felicio R de, Rezende-Teixeira P, Pedrino M, Rabiço F, Siqueira GMV de, Mencucini LGS, Tsuji H, Andrade LSN, Garrido LM, Gil-de-la-Fuente A, Wang M, Trivella DBB, Guazzaroni ME, Lopes NP, Costa-Lotufo LV, Silva RR da, Padilla G. A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism [Internet]. Frontiers in Molecular Biosciences. 2025 ; 12 15 .[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1515276

    • Vancouver

      Arini GS, Borelli TC, Ferreira EG, Felicio R de, Rezende-Teixeira P, Pedrino M, Rabiço F, Siqueira GMV de, Mencucini LGS, Tsuji H, Andrade LSN, Garrido LM, Gil-de-la-Fuente A, Wang M, Trivella DBB, Guazzaroni ME, Lopes NP, Costa-Lotufo LV, Silva RR da, Padilla G. A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism [Internet]. Frontiers in Molecular Biosciences. 2025 ; 12 15 .[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1515276

  • Tese (Doutorado)

    Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum (2025)

    Muñoz-Pérez, Jorge Mario; Pachón, Diego Mauricio Riaño (Orientador)

    Unidade: CENA

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, CANA-DE-AÇÚCAR, SORGO

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      MUÑOZ-PÉREZ, Jorge Mario. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Muñoz-Pérez, J. M. (2025). Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/

    • NLM

      Muñoz-Pérez JM. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/

    • Vancouver

      Muñoz-Pérez JM. Inference and analysis of gene coexpression networks in sugarcane and sorghum [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-25042025-121333/

  • Artigo de jornal-dep/entr

    DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento] (2025)

    Grant, Taran ; Nakamura, Daniel

    Source: Jornal da USP. Ciências. Unidades: IB, Interunidades em Bioinformática

    Subjects: BIOLOGIA MOLECULAR, GENÔMICA, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteHow to cite
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    • ABNT

      GRANT, Taran e NAKAMURA, Daniel. DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento]. Jornal da USP. Ciências. São Paulo: Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo. Disponível em: https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/. Acesso em: 05 dez. 2025. , 2025

    • APA

      Grant, T., & Nakamura, D. (2025). DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento]. Jornal da USP. Ciências. São Paulo: Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo. Recuperado de https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/

    • NLM

      Grant T, Nakamura D. DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento] [Internet]. Jornal da USP. Ciências. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/

    • Vancouver

      Grant T, Nakamura D. DNA histórico tem potencial para revolucionar o conhecimento evolutivo das espécies [Depoimento] [Internet]. Jornal da USP. Ciências. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://jornal.usp.br/ciencias/dna-historico-tem-potencial-para-revolucionar-a-historia-evolutiva-das-especies/

  • Artigo de periodico

    Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels (2025)

    Santos, Igor Chagas ; Souza, Rebecca di Stephano de ; Tolstoy, Igor ; Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur

    Source: Viruses. Unidades: ICB, IB, ICMC

    Subjects: PARASITOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, EVOLUÇÃO MOLECULAR, GENOMAS, FILOGENIA, VÍRUS, ZOOLOGIA (CLASSIFICAÇÃO)

    Acesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      SANTOS, Igor Chagas et al. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, v. 17, n. 5, p. 27 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v17050642. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Santos, I. C., Souza, R. di S. de, Tolstoy, I., Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2025). Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, 17( 5), 27 . doi:10.3390/v17050642

    • NLM

      Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642

    • Vancouver

      Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642

  • Tese (Doutorado)

    Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia (2025)

    Yoshida, Leonardo ; Kato, Massuo Jorge (Orientador)

    Unidade: IQ

    Subjects: PRODUTOS NATURAIS, BIOINFORMÁTICA, BIOQUÍMICA, ECOLOGIA QUÍMICA, QUÍMICA ORGÂNICA, METABOLISMO SECUNDÁRIO

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      YOSHIDA, Leonardo. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Yoshida, L. (2025). Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/

    • NLM

      Yoshida L. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/

    • Vancouver

      Yoshida L. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/

  • Trabalho de evento-resumo

    Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks (2025)

    Cano, Lyang Higa; Garcia, Celia Regina da Silva; Hashimoto, Ronaldo Fumio

    Source: Abstracts/Posters. Conference titles: Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB. Unidades: FCF, IME, Interunidades em Bioinformática

    Subjects: PLASMODIUM, MELATONIN, CA 2+ , IP3 RECEPTOR, GENE CO-EXPRESSION NETWORKS., PLASMODIUM FALCIPARUM, MALÁRIA, MELATONINA, BIOINFORMÁTICA, EXPRESSÃO GÊNICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      CANO, Lyang Higa e GARCIA, Celia Regina da Silva e HASHIMOTO, Ronaldo Fumio. Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks. 2025, Anais.. Porto Alegre: SBC, 2025. p. 1-3. Disponível em: http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Cano, L. H., Garcia, C. R. da S., & Hashimoto, R. F. (2025). Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks. In Abstracts/Posters (p. 1-3). Porto Alegre: SBC. Recuperado de http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf

    • NLM

      Cano LH, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks [Internet]. Abstracts/Posters. 2025 ; 1-3.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf

    • Vancouver

      Cano LH, Garcia CR da S, Hashimoto RF. Identification of IP3 pathway components in Plasmodium falciparum and P. chabaudi using gene co-expression networks [Internet]. Abstracts/Posters. 2025 ; 1-3.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: http://bsb.sbc.org.br/2025/wp-content/uploads/sites/9/2025/09/Identification-of-IP3-Pathway-Components-in-Plasmodium-falciparum-and-P.-chabaudi-Using-Gene-Co-expression-Networks.pdf

  • Artigo de periodico

    Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp (2025)

    Kasmanas, Jonas Coelho ; Magnúsdóttir, Stefanía ; Zhang, Junyan; Smalla, Kornelia ; Schloter, Michael ; Stadler, Peter Florian ; Carvalho, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de ; Rocha, Ulisses Nunes da

    Source: GigaScience. Unidade: ICMC

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, VIRULÊNCIA, RESISTÊNCIA MICROBIANA ÀS DROGAS, BIOTA INTESTINAL, DIETA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      KASMANAS, Jonas Coelho et al. Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp. GigaScience, v. 14, p. 1-17, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf072. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Kasmanas, J. C., Magnúsdóttir, S., Zhang, J., Smalla, K., Schloter, M., Stadler, P. F., et al. (2025). Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp. GigaScience, 14, 1-17. doi:10.1093/gigascience/giaf072

    • NLM

      Kasmanas JC, Magnúsdóttir S, Zhang J, Smalla K, Schloter M, Stadler PF, Carvalho ACP de LF de, Rocha UN da. Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp [Internet]. GigaScience. 2025 ; 14 1-17.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf072

    • Vancouver

      Kasmanas JC, Magnúsdóttir S, Zhang J, Smalla K, Schloter M, Stadler PF, Carvalho ACP de LF de, Rocha UN da. Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp [Internet]. GigaScience. 2025 ; 14 1-17.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf072
    GDS 03. Good health and well-being

  • Artigo de periodico

    Inferences on the Watts-Strogatz model: a study on brain functional connectivity (2025)

    Falconi-Souto, Allan ; Cabral-Carvalho, Rodrigo M.; Fujita, André ; Sato, João Ricardo

    Source: Neuroinformatics. Unidade: IME

    Subjects: REDES NEURAIS, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      FALCONI-SOUTO, Allan et al. Inferences on the Watts-Strogatz model: a study on brain functional connectivity. Neuroinformatics, v. 23, n. artigo 57, p. 1-8, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1007/s12021-025-09756-z. Acesso em: 05 dez. 2025.

    • APA

      Falconi-Souto, A., Cabral-Carvalho, R. M., Fujita, A., & Sato, J. R. (2025). Inferences on the Watts-Strogatz model: a study on brain functional connectivity. Neuroinformatics, 23( artigo 57), 1-8. doi:10.1007/s12021-025-09756-z

    • NLM

      Falconi-Souto A, Cabral-Carvalho RM, Fujita A, Sato JR. Inferences on the Watts-Strogatz model: a study on brain functional connectivity [Internet]. Neuroinformatics. 2025 ; 23( artigo 57): 1-8.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s12021-025-09756-z

    • Vancouver

      Falconi-Souto A, Cabral-Carvalho RM, Fujita A, Sato JR. Inferences on the Watts-Strogatz model: a study on brain functional connectivity [Internet]. Neuroinformatics. 2025 ; 23( artigo 57): 1-8.[citado 2025 dez. 05 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s12021-025-09756-z

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