Avaliação genética de cavalos Campolina: do pedigree à possibilidade de seleção genômica (2021)
- Authors:
- Autor USP: BUSSIMAN, FERNANDO DE OLIVEIRA - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VNP
- DOI: 10.11606/T.10.2021.tde-24112021-100938
- Subjects: EQUINOS; GENÔMICA; LINHAGENS ANIMAIS
- Keywords: Confirmatory factor analysis; Genotyping strategy; Pedigree lines; Rank reduction; Structural equation Models
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Embora os custos da genotipagem tenham diminuído ao longo dos últimos anos, em cavalos, chips comerciais ainda apresentam um preço elevado e, atualmente, há no mercado apenas duas alternativas disponíveis. Com efeito, o número de cavalos genotipados nos estudos publicados é baixo e, em geral, os pesquisadores encontram problemas quanto a representatividade das populações por parte dos animais genotipados. Assim, o objetivo do presente trabalho foi propor estratégias de genotipagem em populações de cavalos não genotipadas, prospectando, antes de investimentos financeiros, quais os melhores métodos para seleção genômica nesta espécie. Foi utilizada como material de estudo, a população de cavalos Campolina. Inicialmente um estudo sobre os fundadores, bem como a formação de linhagens no pedigree foi conduzido. Para tanto, foi utilizada análise de componentes principais e conseguiu-se determinar a ocorrência de três linhagens fundadoras na população recente desta raça. Além disso foi conduzido um estudo de redução de posto, no qual testaram-se 19 modelos sendo nove modelos de componentes principais; nove modelos fatores analíticos e um modelo multicaracterística padrão. Em abordagem frequentista, via máxima verossimilhança restrita em algoritmo de informação média, pôde-se determinar que o melhor modelo é um modelo fator analítico com cinco fatores. Foi ainda empregado um estudo utilizando análise confirmatória de fatores para determinar como as características mensuradas napopulação Campolina se combinam e quais os efeitos causais entre as características latentes que, de fato, causam os fenótipos observáveis. Como resultados, a qualidade morfológica tem um efeito causal sobre a morfologia que, por sua vez, tem um efeito causal sobre o andamento. A partir destes resultados, um estudo com modelos recursivos bem como estruturais permitiu concluir como os atributos de andamento se interconectam causando uns aos outros para criar a pontuação total de andamento. Por fim, um estudo com dados simulados foi feito. Para tanto foram simulados três cenários com diferentes estruturas populacionais e quatro características. Foram então testadas seis diferentes estratégias de genotipagem juntamente quatro diferentes modelos estatísticos para predições genômicas. Houve efeito significativo da interação entre característica e cenário, bem como da interação entre característica e estratégia de genotipagem sobre a acurácia de predição do valor genômico. Sobre a porcentagem de viés, houve efeito significativo apenas da estratégia de genotipagem. No tocante a modelos, os métodos em passo único foram mais acurados e menos viesados tanto para características contínuas quanto para binárias. Futuras implementações de seleção genômica em cavalos deveriam considerar a amostragem de animais com o maior número de progênies para genotipagem, implementando modelos de passo único semi-paramétricos para as predições genômicas.
- Imprenta:
- Publisher place: Pirassununga
- Date published: 2021
- Data da defesa: 17.11.2021
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
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- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
BUSSIMAN, Fernando de Oliveira. Avaliação genética de cavalos Campolina: do pedigree à possibilidade de seleção genômica. 2021. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Pirassununga, 2021. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-24112021-100938/. Acesso em: 27 dez. 2025. -
APA
Bussiman, F. de O. (2021). Avaliação genética de cavalos Campolina: do pedigree à possibilidade de seleção genômica (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Pirassununga. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-24112021-100938/ -
NLM
Bussiman F de O. Avaliação genética de cavalos Campolina: do pedigree à possibilidade de seleção genômica [Internet]. 2021 ;[citado 2025 dez. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-24112021-100938/ -
Vancouver
Bussiman F de O. Avaliação genética de cavalos Campolina: do pedigree à possibilidade de seleção genômica [Internet]. 2021 ;[citado 2025 dez. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-24112021-100938/ - Estudo de associação genômica ampla para as diferenças genéticas entre as marchas batida e picada em equinos Mangalarga Marchador
- Genomic analysis of the population structure in horses of the Brazilian Mangalarga Marchador breed
- Genome-wide scans for signatures of selection in Mangalarga Marchador horses using high-throughput SNP genotyping
- Integrating audio signal processing and deep learning algorithms for gait pattern classification in Brazilian gaited horses
- Efeitos de meio e avaliação genética para variáveis cinemáticas de andamento em equinos marchadores
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- Audio information retrieval for describing gait patterns in Brazilian horses
- Reduced rank analysis of morphometric and functional traits in Campolina horses
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Informações sobre o DOI: 10.11606/T.10.2021.tde-24112021-100938 (Fonte: oaDOI API)
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