Parte de monografia/livro

Métodos de detecção de corridas de homozigose (ROH) sob diferentes densidades de marcadores genéticos em bovinos leiteiros (2020)

• Authors:
  • Selli, Alana
  • Bussiman, Fernando de Oliveira
  • Souza, Wecksley Leonardo de
  • Andrietta, Lucas Tassoni
  • Pinto, Diógenes Lodi
  • Balieiro, Júlio Cesar de Carvalho
  • Ventura, Ricardo Vieira
• USP affiliated authors: BALIEIRO, JÚLIO CÉSAR DE CARVALHO - FMVZ ; VENTURA, RICARDO VIEIRA - FMVZ ; BUSSIMAN, FERNANDO DE OLIVEIRA - FMVZ ; SOUZA, WECKSLEY LEONARDO DE - FMVZ ; ANDRIETTA, LUCAS TASSONI - FMVZ ; PINTO, DIÓGENES LODI - FMVZ
• Unidade: FMVZ
• Subjects: BOVINOS LEITEIROS; GENÓTIPOS; MELHORAMENTO GENÉTICO ANIMAL
• Agências de fomento:
  • Financiamento FAPESP
  • Financiamento CAPES
  • Financiamento CNPq
• Language: Português
• Abstract: Em programas de melhoramento animal em que ocorrem acasalamentos endogâmicos, o aumento da homozigose nas progênies pode gerar consequências negativas como a depressão por endogamia e a perda de variabilidade genética na população, fazendo-se necessário o monitoramento e controle dos níveis de endogamia. O coeficiente de endogamia genômico pode ser obtido através da soma de segmentos homozigotos presentes no genoma animal, denominados corridas de homozigose (ROH), e apresenta maior precisão do que o método tradicional, que faz o uso de informações de parentesco. Tratando-se de uma metodologia recente, o uso de diferentes densidades de painéis de genotipagem devem ser avaliados. Este trabalho objetivou a comparação de painéis com diferentes densidades de marcadores em três metodologias de identificação de ROH. Foram utilizados dados genotípicos de 60 bovinos da raça Holandesa, em painéis de alta (732.993 marcadores) e baixa (47.516 marcadores) densidades. Três métodos para a identificação ROH foram empregados: 1) Sliding Windows via PLINK (PLINK), 2) Sliding Windows (SW) e 3) Consecutive Runs (CR), ambos via pacote R, Detect Runs. O número e tamanho de ROH obtidos foram diferentes conforme a densidade dos painéis utilizados, bem como a estimativa de coeficientes endogâmicos. Os métodos analisados apresentaram grande semelhança quando comparados dentro de um mesmo painel de genotipagem, com maiores diferenças reportadas pelo método CR no painel HD. Este trabalho demonstrou como diferentes densidades de painel podem culminar em resultados divergentes na identificação de ROH e na estimativa de coeficientes de endogamia genômica. A realização de estudos adicionais com dados simulados podem contribuir na identificação de uma densidade ideal para tais fins
• Imprenta:
  • Publisher: 5D Editora
  • Publisher place: Pirassununga
  • Date published: 2020
• Source:
  • Título: Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal
  • Volume/Número/Paginação/Ano: 426 p

---

How to cite

A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

• ABNT

  SELLI, Alana et al. Métodos de detecção de corridas de homozigose (ROH) sob diferentes densidades de marcadores genéticos em bovinos leiteiros. Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Tradução . Pirassununga: 5D Editora, 2020. . . Acesso em: 27 dez. 2025.

• APA

  Selli, A., Bussiman, F. de O., Souza, W. L. de, Andrietta, L. T., Pinto, D. L., Balieiro, J. C. de C., & Ventura, R. V. (2020). Métodos de detecção de corridas de homozigose (ROH) sob diferentes densidades de marcadores genéticos em bovinos leiteiros. In Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Pirassununga: 5D Editora.

• NLM

  Selli A, Bussiman F de O, Souza WL de, Andrietta LT, Pinto DL, Balieiro JC de C, Ventura RV. Métodos de detecção de corridas de homozigose (ROH) sob diferentes densidades de marcadores genéticos em bovinos leiteiros. In: Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Pirassununga: 5D Editora; 2020. [citado 2025 dez. 27 ]

• Vancouver

  Selli A, Bussiman F de O, Souza WL de, Andrietta LT, Pinto DL, Balieiro JC de C, Ventura RV. Métodos de detecção de corridas de homozigose (ROH) sob diferentes densidades de marcadores genéticos em bovinos leiteiros. In: Novos desafios da pesquisa em nutrição e produção animal. Pirassununga: 5D Editora; 2020. [citado 2025 dez. 27 ]

Últimas obras dos mesmos autores vinculados com a USP cadastradas na BDPI:

• Aplicação de árvores de decisão em atributos extraídos via método local binary patterns (LBP) para classificação do escore de marmoreio em bovinos de corte
• Integrating audio signal processing and deep learning algorithms for gait pattern classification in Brazilian gaited horses
• Ferramentas de visualização para validação de dados genômicos simulados
• Perfis de corridas de homozigosidade e heterozigosidade em populações bovinas com diferentes combinações genotípicas provenientes de dados simulados
• Detection and visualization of heterozygosity-rich regions and runs of homozygosity in worldwide sheep populations
• Visão computacional aplicada ao reconhecimento em tempo real de animais de produção
• Caracterização gênica de regiões de alta heterozigosidade em populações ovinas selecionadas para lã ou carne
• Audio information retrieval for describing gait patterns in Brazilian horses
• Genomic analysis of the population structure in horses of the Brazilian Mangalarga Marchador breed
• Genome-wide scans for signatures of selection in Mangalarga Marchador horses using high-throughput SNP genotyping