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Artigo de periodico
Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining (2025)
Oliveira, Raul Vítor Ferreira de ; Garrido, Leandro Maza ; Padilla, Gabriel
Source: Brazilian Journal of Microbiology. Unidade: ICB
Subjects: MICROBIOLOGIA, GENÉTICA BACTERIANA, BIOINFORMÁTICA, PRODUTOS NATURAIS, GENÔMICA, DNA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, NUCLEOTÍDEOS, STREPTOMYCES, BACILOS GRAM-POSITIVOS
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ABNT
OLIVEIRA, Raul Vítor Ferreira de e GARRIDO, Leandro Maza e PADILLA, Gabriel. Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining. Brazilian Journal of Microbiology, v. 56, n. 1, p. 79-89, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1007/s42770-024-01598-2. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Oliveira, R. V. F. de, Garrido, L. M., & Padilla, G. (2025). Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining. Brazilian Journal of Microbiology, 56( 1), 79-89. doi:10.1007/s42770-024-01598-2
NLM
Oliveira RVF de, Garrido LM, Padilla G. Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining [Internet]. Brazilian Journal of Microbiology. 2025 ; 56( 1): 79-89.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s42770-024-01598-2
Vancouver
Oliveira RVF de, Garrido LM, Padilla G. Decontamination of DNA sequences from a Streptomyces genome for optimal genome mining [Internet]. Brazilian Journal of Microbiology. 2025 ; 56( 1): 79-89.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s42770-024-01598-2
Trabalho de evento-anais periodico
Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization (2025)
Alcantara, Leonardo Utida; Triguero, Isaac ; Cerri, Ricardo
Source: Lecture Notes in Artificial Intelligence. Conference titles: Brazilian Conference on Intelligent Systems - BRACIS. Unidade: ICMC
Subjects: BIOINFORMÁTICA, APRENDIZADO COMPUTACIONAL
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ABNT
ALCANTARA, Leonardo Utida e TRIGUERO, Isaac e CERRI, Ricardo. Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization. Lecture Notes in Artificial Intelligence. Cham: Springer. Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-3-031-79032-4_27. Acesso em: 08 out. 2025. , 2025
APA
Alcantara, L. U., Triguero, I., & Cerri, R. (2025). Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization. Lecture Notes in Artificial Intelligence. Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-031-79032-4_27
NLM
Alcantara LU, Triguero I, Cerri R. Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization [Internet]. Lecture Notes in Artificial Intelligence. 2025 ; 15413 384-399.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-031-79032-4_27
Vancouver
Alcantara LU, Triguero I, Cerri R. Semi-supervised predictive clustering trees for multi-label protein subcellular localization [Internet]. Lecture Notes in Artificial Intelligence. 2025 ; 15413 384-399.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-031-79032-4_27
Artigo de periodico
kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data (2025)
Castelli, Erick C; Pereira, Raphaela Neto; Paes, Gabriela Sato; Andrade, Heloisa S.; Ferreira, Marcel Rodrigues; Santos, Ícaro Scalisse de Freitas; Vince, Nicolas; Pollock, Nicholas R; Norman, Paul J; Meyer, Diogo
Source: HLA. Unidade: IB
Subjects: GENES, POLIMORFISMO, BIOINFORMÁTICA, IMUNOLOGIA
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ABNT
CASTELLI, Erick C et al. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data. HLA, v. 105, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1111/tan.70092. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Castelli, E. C., Pereira, R. N., Paes, G. S., Andrade, H. S., Ferreira, M. R., Santos, Í. S. de F., et al. (2025). kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data. HLA, 105. doi:10.1111/tan.70092
NLM
Castelli EC, Pereira RN, Paes GS, Andrade HS, Ferreira MR, Santos ÍS de F, Vince N, Pollock NR, Norman PJ, Meyer D. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data [Internet]. HLA. 2025 ; 105[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1111/tan.70092
Vancouver
Castelli EC, Pereira RN, Paes GS, Andrade HS, Ferreira MR, Santos ÍS de F, Vince N, Pollock NR, Norman PJ, Meyer D. kir-mapper: a toolkit for killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) genotyping from short-read second-generation sequencing data [Internet]. HLA. 2025 ; 105[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1111/tan.70092
Tese (Doutorado)
Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças (2025)
Castro, Ícaro Maia Santos de ; Nakaya, Helder Takashi Imoto (Orientador) ; Amaral, Paulo de Paiva Rosa (coorient)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Subjects: BIOINFORMÁTICA, EXPRESSÃO GÊNICA, RNA
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ABNT
CASTRO, Ícaro Maia Santos de. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Castro, Í. M. S. de. (2025). Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/
NLM
Castro ÍMS de. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/
Vancouver
Castro ÍMS de. Uma abordagem integrativa de metatranscriptômica para investigar as interações micróbio-hospedeiro no contexto de doenças [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05092025-155937/
Artigo de periodico
DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance (2025)
Gupta, Shantanu ; Silveira, Daner Acunha ; Mombach, Jose Carlos M. ; Hashimoto, Ronaldo Fumio
Source: Proteomes. Unidade: IME
Subjects: BIOINFORMÁTICA, MODELAGEM COMPUTACIONAL, RNA
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ABNT
GUPTA, Shantanu et al. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance. Proteomes, v. 13, n. 1, p. 1-20, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Gupta, S., Silveira, D. A., Mombach, J. C. M., & Hashimoto, R. F. (2025). DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance. Proteomes, 13( 1), 1-20. doi:10.3390/proteomes13010006
NLM
Gupta S, Silveira DA, Mombach JCM, Hashimoto RF. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance [Internet]. Proteomes. 2025 ; 13( 1): 1-20.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006
Vancouver
Gupta S, Silveira DA, Mombach JCM, Hashimoto RF. DNA damage-induced ferroptosis: a boolean model regulating p53 and non-coding RNAs in drug resistance [Internet]. Proteomes. 2025 ; 13( 1): 1-20.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3390/proteomes13010006
Dissertação (Mestrado)
Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (2025)
Barcelos, Pedro Marçal; Marques, Otavio Cabral (Orientador)
Unidade: FCF
Subjects: GLIOMA, REGULAÇÃO GÊNICA, GENES, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
BARCELOS, Pedro Marçal. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Barcelos, P. M. (2025). Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/
NLM
Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/
Vancouver
Barcelos PM. Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-07042025-123308/
Tese (Doutorado)
Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning (2025)
Kasmanas, Jonas Coelho ; Carvalho, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de (Orientador) ; Rocha, Ulisses Nunes da
Unidade: ICMC
Subjects: ANÁLISE DE DADOS, BIOINFORMÁTICA, GENOMAS, BANCO DE DADOS, HOMEOSTASE, BANCO DE DADOS, DIETA
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ABNT
KASMANAS, Jonas Coelho e ROCHA, Ulisses Nunes da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Kasmanas, J. C., & Rocha, U. N. da. (2025). Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/
NLM
Kasmanas JC, Rocha UN da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/
Vancouver
Kasmanas JC, Rocha UN da. Analysis and classification of human microbiomes: detection of bioindicators and optimization through machine learning [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-13082025-104726/
Artigo de periodico
A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism (2025)
Arini, Gabriel Santos ; Borelli, Tiago Cabral ; Ferreira, Elthon Gois ; Felicio, Rafael de ; Rezende-Teixeira, Paula ; Pedrino, Matheus; Rabiço, Francienne ; Siqueira, Guilherme Marcelino Viana de; Mencucini, Luiz Gabriel Souza ; Tsuji, Henrique ; Andrade, Lucas Sousa Neves ; Garrido, Leandro Maza ; Gil-de-la-Fuente, Alberto ; Wang, Mingxun ; Trivella, Daniela Barretto Barbosa ; Guazzaroni, Maria Eugenia ; Lopes, Norberto Peporine ; Costa-Lotufo, Letícia Veras ; Silva, Ricardo Roberto da ; Padilla, Gabriel
Source: Frontiers in Molecular Biosciences. Unidades: ICB, FCFRP, FFCLRP, FMRP
Subjects: MICROBIOLOGIA, FARMACOLOGIA, PRODUTOS NATURAIS, BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, METABÓLITOS, METABOLÔMICA, ESPECTROMETRIA DE MASSAS, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
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ABNT
ARINI, Gabriel Santos et al. A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism. Frontiers in Molecular Biosciences, v. 12, p. 15 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1515276. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Arini, G. S., Borelli, T. C., Ferreira, E. G., Felicio, R. de, Rezende-Teixeira, P., Pedrino, M., et al. (2025). A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism. Frontiers in Molecular Biosciences, 12, 15 . doi:10.3389/fmolb.2025.1515276
NLM
Arini GS, Borelli TC, Ferreira EG, Felicio R de, Rezende-Teixeira P, Pedrino M, Rabiço F, Siqueira GMV de, Mencucini LGS, Tsuji H, Andrade LSN, Garrido LM, Gil-de-la-Fuente A, Wang M, Trivella DBB, Guazzaroni ME, Lopes NP, Costa-Lotufo LV, Silva RR da, Padilla G. A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism [Internet]. Frontiers in Molecular Biosciences. 2025 ; 12 15 .[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1515276
Vancouver
Arini GS, Borelli TC, Ferreira EG, Felicio R de, Rezende-Teixeira P, Pedrino M, Rabiço F, Siqueira GMV de, Mencucini LGS, Tsuji H, Andrade LSN, Garrido LM, Gil-de-la-Fuente A, Wang M, Trivella DBB, Guazzaroni ME, Lopes NP, Costa-Lotufo LV, Silva RR da, Padilla G. A multi-omics reciprocal analysis for characterization of bacterial metabolism [Internet]. Frontiers in Molecular Biosciences. 2025 ; 12 15 .[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmolb.2025.1515276
Artigo de periodico
Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp (2025)
Kasmanas, Jonas Coelho ; Magnúsdóttir, Stefanía ; Zhang, Junyan; Smalla, Kornelia ; Schloter, Michael ; Stadler, Peter Florian ; Carvalho, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de ; Rocha, Ulisses Nunes da
Source: GigaScience. Unidade: ICMC
Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, VIRULÊNCIA, RESISTÊNCIA MICROBIANA ÀS DROGAS, BIOTA INTESTINAL, DIETA
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ABNT
KASMANAS, Jonas Coelho et al. Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp. GigaScience, v. 14, p. 1-17, 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf072. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Kasmanas, J. C., Magnúsdóttir, S., Zhang, J., Smalla, K., Schloter, M., Stadler, P. F., et al. (2025). Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp. GigaScience, 14, 1-17. doi:10.1093/gigascience/giaf072
NLM
Kasmanas JC, Magnúsdóttir S, Zhang J, Smalla K, Schloter M, Stadler PF, Carvalho ACP de LF de, Rocha UN da. Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp [Internet]. GigaScience. 2025 ; 14 1-17.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf072
Vancouver
Kasmanas JC, Magnúsdóttir S, Zhang J, Smalla K, Schloter M, Stadler PF, Carvalho ACP de LF de, Rocha UN da. Integrating comparative genomics and risk classification by assessing virulence, antimicrobial resistance, and plasmid spread in microbial communities with gSpreadComp [Internet]. GigaScience. 2025 ; 14 1-17.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giaf072
Artigo de periodico
Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels (2025)
Santos, Igor Chagas ; Souza, Rebecca di Stephano de ; Tolstoy, Igor ; Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur
Source: Viruses. Unidades: ICB, IB, ICMC
Subjects: PARASITOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, EVOLUÇÃO MOLECULAR, GENOMAS, FILOGENIA, VÍRUS, ZOOLOGIA (CLASSIFICAÇÃO)
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ABNT
SANTOS, Igor Chagas et al. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, v. 17, n. 5, p. 27 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v17050642. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Santos, I. C., Souza, R. di S. de, Tolstoy, I., Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2025). Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, 17( 5), 27 . doi:10.3390/v17050642
NLM
Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642
Vancouver
Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642
Tese (Doutorado)
Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia (2025)
Yoshida, Leonardo ; Kato, Massuo Jorge (Orientador)
Unidade: IQ
Subjects: PRODUTOS NATURAIS, BIOINFORMÁTICA, BIOQUÍMICA, ECOLOGIA QUÍMICA, QUÍMICA ORGÂNICA, METABOLISMO SECUNDÁRIO
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
YOSHIDA, Leonardo. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Yoshida, L. (2025). Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/
NLM
Yoshida L. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/
Vancouver
Yoshida L. Perfil transcricional do metabolismo secundário de espécies de Piper ao longo da ontogenia [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-29092025-114830/
Tese (Doutorado)
Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes (2024)
Campos, Guillermo Uceda ; Da Silva, Allyson dos Santos (Orientador) ; Setubal, João Carlos (coorient)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, FILOGENIA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
CAMPOS, Guillermo Uceda. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes . 2024. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Campos, G. U. (2024). Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/
NLM
Campos GU. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/
Vancouver
Campos GU. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/
Artigo de periodico
MuDoGeR: multi-domain genome recovery from metagenomes made easy (2024)
Rocha, Ulisses Nunes da ; Kasmanas, Jonas Coelho ; Kallies, René ; Saraiva, João Pedro ; Toscan, Rodolfo Brizola; Štefanič, Polonca; Bicalho, Marcos Fleming; Corrêa, Felipe Borim ; Baştürk, Merve Nida; Fousekis, Efthymios; Barbosa, Luiz Miguel Viana; Plewka, Julia ; Probst, Alexander J ; Baldrian, Petr ; Stadler, Peter F
Source: Molecular Ecology Resources. Unidade: ICMC
Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
ROCHA, Ulisses Nunes da et al. MuDoGeR: multi-domain genome recovery from metagenomes made easy. Molecular Ecology Resources, v. 24, n. 2, p. 1-12, 2024Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1111/1755-0998.13904. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Rocha, U. N. da, Kasmanas, J. C., Kallies, R., Saraiva, J. P., Toscan, R. B., Štefanič, P., et al. (2024). MuDoGeR: multi-domain genome recovery from metagenomes made easy. Molecular Ecology Resources, 24( 2), 1-12. doi:10.1111/1755-0998.13904
NLM
Rocha UN da, Kasmanas JC, Kallies R, Saraiva JP, Toscan RB, Štefanič P, Bicalho MF, Corrêa FB, Baştürk MN, Fousekis E, Barbosa LMV, Plewka J, Probst AJ, Baldrian P, Stadler PF. MuDoGeR: multi-domain genome recovery from metagenomes made easy [Internet]. Molecular Ecology Resources. 2024 ; 24( 2): 1-12.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1111/1755-0998.13904
Vancouver
Rocha UN da, Kasmanas JC, Kallies R, Saraiva JP, Toscan RB, Štefanič P, Bicalho MF, Corrêa FB, Baştürk MN, Fousekis E, Barbosa LMV, Plewka J, Probst AJ, Baldrian P, Stadler PF. MuDoGeR: multi-domain genome recovery from metagenomes made easy [Internet]. Molecular Ecology Resources. 2024 ; 24( 2): 1-12.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1111/1755-0998.13904
Dissertação (Mestrado)
Indução gramatical automática para o português (2024)
Silva, Diego Pedro Gonçalves da ; Pardo, Thiago Alexandre Salgueiro (Orientador)
Unidade: ICMC
Subjects: PROCESSAMENTO DE LINGUAGEM NATURAL, BIOINFORMÁTICA, INDUÇÃO, LÍNGUA PORTUGUESA, LINGUÍSTICA COMPUTACIONAL
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SILVA, Diego Pedro Gonçalves da. Indução gramatical automática para o português. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-01082024-152437/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Silva, D. P. G. da. (2024). Indução gramatical automática para o português (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-01082024-152437/
NLM
Silva DPG da. Indução gramatical automática para o português [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-01082024-152437/
Vancouver
Silva DPG da. Indução gramatical automática para o português [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-01082024-152437/
Trabalho de evento
Classification of LTR retrotransposons via interaction prediction (2024)
Cardoso, Silvana C. S; Domingues, Douglas Silva ; Paschoal, Alexandre Rossi ; Fischer, Carlos Norberto ; Cerri, Ricardo
Source: Proceedings. Conference titles: IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology - CIBCB. Unidades: ESALQ, ICMC
Subjects: BIOINFORMÁTICA, APRENDIZADO COMPUTACIONAL, RECONHECIMENTO DE PADRÕES
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
CARDOSO, Silvana C. S et al. Classification of LTR retrotransposons via interaction prediction. 2024, Anais.. Los Alamitos: IEEE, 2024. Disponível em: https://doi.org/10.1109/CIBCB58642.2024.10702140. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Cardoso, S. C. S., Domingues, D. S., Paschoal, A. R., Fischer, C. N., & Cerri, R. (2024). Classification of LTR retrotransposons via interaction prediction. In Proceedings. Los Alamitos: IEEE. doi:10.1109/CIBCB58642.2024.10702140
NLM
Cardoso SCS, Domingues DS, Paschoal AR, Fischer CN, Cerri R. Classification of LTR retrotransposons via interaction prediction [Internet]. Proceedings. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CIBCB58642.2024.10702140
Vancouver
Cardoso SCS, Domingues DS, Paschoal AR, Fischer CN, Cerri R. Classification of LTR retrotransposons via interaction prediction [Internet]. Proceedings. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CIBCB58642.2024.10702140
Artigo de periodico
LncRNA PTENP1/miR-21/PTEN axis modulates EMT and drug resistance in cancer: dynamic Boolean modeling for cell Fates in DNA damage response (2024)
Gupta, Shantanu ; Silveira, Daner Acunha ; Lorenzoni, Pedro R. ; Mombach, Jose Carlos M. ; Hashimoto, Ronaldo Fumio
Source: International Journal of Molecular Sciences. Unidade: IME
Subjects: MEDICAMENTO, RNA, GEOMETRIA E MODELAGEM COMPUTACIONAL, NEOPLASIAS, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
GUPTA, Shantanu et al. LncRNA PTENP1/miR-21/PTEN axis modulates EMT and drug resistance in cancer: dynamic Boolean modeling for cell Fates in DNA damage response. International Journal of Molecular Sciences, v. 25, n. artigo 8264, p. 1-17, 2024Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/ijms25158264. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Gupta, S., Silveira, D. A., Lorenzoni, P. R., Mombach, J. C. M., & Hashimoto, R. F. (2024). LncRNA PTENP1/miR-21/PTEN axis modulates EMT and drug resistance in cancer: dynamic Boolean modeling for cell Fates in DNA damage response. International Journal of Molecular Sciences, 25( artigo 8264), 1-17. doi:10.3390/ijms25158264
NLM
Gupta S, Silveira DA, Lorenzoni PR, Mombach JCM, Hashimoto RF. LncRNA PTENP1/miR-21/PTEN axis modulates EMT and drug resistance in cancer: dynamic Boolean modeling for cell Fates in DNA damage response [Internet]. International Journal of Molecular Sciences. 2024 ; 25( artigo 8264): 1-17.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3390/ijms25158264
Vancouver
Gupta S, Silveira DA, Lorenzoni PR, Mombach JCM, Hashimoto RF. LncRNA PTENP1/miR-21/PTEN axis modulates EMT and drug resistance in cancer: dynamic Boolean modeling for cell Fates in DNA damage response [Internet]. International Journal of Molecular Sciences. 2024 ; 25( artigo 8264): 1-17.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.3390/ijms25158264
Artigo de periodico
BioDeepfuse: a hybrid deep learning approach with integrated feature extraction techniques for enhanced non-coding RNA classification (2024)
Santos, Anderson Paulo Avila ; Almeida, Breno Lívio Silva de ; Bonidia, Robson Parmezan ; Stadler, Peter F ; Štefanič, Polonca; Mandic-Mulec, Ines; Rocha, Ulisses Nunes da ; Sanches, Danilo Sipoli ; Carvalho, Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de
Source: RNA Biology. Unidades: ICMC, EESC E ICMC
Subjects: BIOINFORMÁTICA, APRENDIZAGEM PROFUNDA, REDES NEURAIS, RNA, REGULAÇÃO GÊNICA, GENÔMICA
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ABNT
SANTOS, Anderson Paulo Avila et al. BioDeepfuse: a hybrid deep learning approach with integrated feature extraction techniques for enhanced non-coding RNA classification. RNA Biology, v. 21, n. 1, p. 1-12, 2024Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1080/15476286.2024.2329451. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Santos, A. P. A., Almeida, B. L. S. de, Bonidia, R. P., Stadler, P. F., Štefanič, P., Mandic-Mulec, I., et al. (2024). BioDeepfuse: a hybrid deep learning approach with integrated feature extraction techniques for enhanced non-coding RNA classification. RNA Biology, 21( 1), 1-12. doi:10.1080/15476286.2024.2329451
NLM
Santos APA, Almeida BLS de, Bonidia RP, Stadler PF, Štefanič P, Mandic-Mulec I, Rocha UN da, Sanches DS, Carvalho ACP de LF de. BioDeepfuse: a hybrid deep learning approach with integrated feature extraction techniques for enhanced non-coding RNA classification [Internet]. RNA Biology. 2024 ; 21( 1): 1-12.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1080/15476286.2024.2329451
Vancouver
Santos APA, Almeida BLS de, Bonidia RP, Stadler PF, Štefanič P, Mandic-Mulec I, Rocha UN da, Sanches DS, Carvalho ACP de LF de. BioDeepfuse: a hybrid deep learning approach with integrated feature extraction techniques for enhanced non-coding RNA classification [Internet]. RNA Biology. 2024 ; 21( 1): 1-12.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1080/15476286.2024.2329451
Artigo de periodico
Emerging functions of FMNL1 in myeloid neoplasms: insights from bioinformatics to biological and pharmacological landscapes (2024)
Vicari, Hugo Passos ; Silva, Jean Carlos Lipreri da ; Carvalho, Maria Fernanda Lopes ; Lima, Keli ; Machado Neto, João Agostinho
Source: Translational Cancer Research. Unidades: ICB, FM
Subjects: FARMACOLOGIA, LEUCEMIA MIELOIDE AGUDA, CITOESQUELETO, HEMATOPOESE, EXPRESSÃO GÊNICA, MONÓCITOS, MUTAÇÃO, MICRORNAS, GRANULÓCITOS, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
VICARI, Hugo Passos et al. Emerging functions of FMNL1 in myeloid neoplasms: insights from bioinformatics to biological and pharmacological landscapes. Translational Cancer Research, v. 13, n. 11, p. 6105-6116, 2024Tradução . . Disponível em: https://dx.doi.org/10.21037/tcr-24-1091. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Vicari, H. P., Silva, J. C. L. da, Carvalho, M. F. L., Lima, K., & Machado Neto, J. A. (2024). Emerging functions of FMNL1 in myeloid neoplasms: insights from bioinformatics to biological and pharmacological landscapes. Translational Cancer Research, 13( 11), 6105-6116. doi:10.21037/tcr-24-1091
NLM
Vicari HP, Silva JCL da, Carvalho MFL, Lima K, Machado Neto JA. Emerging functions of FMNL1 in myeloid neoplasms: insights from bioinformatics to biological and pharmacological landscapes [Internet]. Translational Cancer Research. 2024 ; 13( 11): 6105-6116.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.21037/tcr-24-1091
Vancouver
Vicari HP, Silva JCL da, Carvalho MFL, Lima K, Machado Neto JA. Emerging functions of FMNL1 in myeloid neoplasms: insights from bioinformatics to biological and pharmacological landscapes [Internet]. Translational Cancer Research. 2024 ; 13( 11): 6105-6116.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.21037/tcr-24-1091
Artigo de periodico
The global evolution and impact of systems biology and artificial intelligence in stem cell research and therapeutics development: a scoping review (2024)
Silva-Sousa, Thayna; Usuda, Julia Nakanishi ; Al-Arawe, Nada ; Frias, Francisca; Hinterseher, Irene ; Catar, Rusan ; Luecht, Christian; Riesner, Katarina ; Hackel, Alexander; Schimke, Lena Friederike ; Dias, Haroldo Dutra ; Filgueiras, Igor Salerno ; Fischer, Stefan; Riemekasten, Gabriela ; Ringdén, Olle ; Penack, Olaf ; Winkler, Tobias; Duda, Georg ; Moll, Guido ; Aakaya, Helder Takashi Imoto ; Fonseca, Dennyson Leandro Mathias da ; Cabral-Marques, Otávio ; Camara, Niels Olsen Saraiva
Source: Stem Cells. Unidades: FCF, ICB, FM
Subjects: IMUNOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL, CÉLULAS-TRONCO
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SILVA-SOUSA, Thayna et al. The global evolution and impact of systems biology and artificial intelligence in stem cell research and therapeutics development: a scoping review. Stem Cells, v. 42, n. 11, p. 929-944, 2024Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/stmcls/sxae054. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Silva-Sousa, T., Usuda, J. N., Al-Arawe, N., Frias, F., Hinterseher, I., Catar, R., et al. (2024). The global evolution and impact of systems biology and artificial intelligence in stem cell research and therapeutics development: a scoping review. Stem Cells, 42( 11), 929-944. doi:10.1093/stmcls/sxae054
NLM
Silva-Sousa T, Usuda JN, Al-Arawe N, Frias F, Hinterseher I, Catar R, Luecht C, Riesner K, Hackel A, Schimke LF, Dias HD, Filgueiras IS, Fischer S, Riemekasten G, Ringdén O, Penack O, Winkler T, Duda G, Moll G, Aakaya HTI, Fonseca DLM da, Cabral-Marques O, Camara NOS. The global evolution and impact of systems biology and artificial intelligence in stem cell research and therapeutics development: a scoping review [Internet]. Stem Cells. 2024 ; 42( 11): 929-944.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1093/stmcls/sxae054
Vancouver
Silva-Sousa T, Usuda JN, Al-Arawe N, Frias F, Hinterseher I, Catar R, Luecht C, Riesner K, Hackel A, Schimke LF, Dias HD, Filgueiras IS, Fischer S, Riemekasten G, Ringdén O, Penack O, Winkler T, Duda G, Moll G, Aakaya HTI, Fonseca DLM da, Cabral-Marques O, Camara NOS. The global evolution and impact of systems biology and artificial intelligence in stem cell research and therapeutics development: a scoping review [Internet]. Stem Cells. 2024 ; 42( 11): 929-944.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1093/stmcls/sxae054
Dissertação (Mestrado)
Impacto da análise de isoalelos em marcadores STRs por sequenciamento de nova geração na estimativa de parâmetros forenses em amostra populacional brasileira (2024)
Ferrari, Matheus de Sousa; Mendes Junior, Celso Teixeira (Orientador) ; Recalde, Tamara Soledad Frontanilla (coorient)
Unidade: FFCLRP
Subjects: ALELOS, BIOINFORMÁTICA, GENÉTICA FORENSE, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
FERRARI, Matheus de Sousa. Impacto da análise de isoalelos em marcadores STRs por sequenciamento de nova geração na estimativa de parâmetros forenses em amostra populacional brasileira. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59138/tde-29102024-114430/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Ferrari, M. de S. (2024). Impacto da análise de isoalelos em marcadores STRs por sequenciamento de nova geração na estimativa de parâmetros forenses em amostra populacional brasileira (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59138/tde-29102024-114430/
NLM
Ferrari M de S. Impacto da análise de isoalelos em marcadores STRs por sequenciamento de nova geração na estimativa de parâmetros forenses em amostra populacional brasileira [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59138/tde-29102024-114430/
Vancouver
Ferrari M de S. Impacto da análise de isoalelos em marcadores STRs por sequenciamento de nova geração na estimativa de parâmetros forenses em amostra populacional brasileira [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59138/tde-29102024-114430/

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