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Artigo de periodico
Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels (2025)
Santos, Igor Chagas ; Souza, Rebecca di Stephano de ; Tolstoy, Igor ; Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur
Source: Viruses. Unidades: ICB, IB, ICMC
Subjects: PARASITOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, EVOLUÇÃO MOLECULAR, GENOMAS, FILOGENIA, VÍRUS, ZOOLOGIA (CLASSIFICAÇÃO)
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ABNT
SANTOS, Igor Chagas et al. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, v. 17, n. 5, p. 27 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v17050642. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Santos, I. C., Souza, R. di S. de, Tolstoy, I., Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2025). Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels. Viruses, 17( 5), 27 . doi:10.3390/v17050642
NLM
Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642
Vancouver
Santos IC, Souza R di S de, Tolstoy I, Oliveira LS, Gruber A. Integrating sequence- and structure-based similarity metrics for the demarcation of multiple viral taxonomic levels [Internet]. Viruses. 2025 ; 17( 5): 27 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v17050642
Artigo de periodico
RdDM-associated chromatin remodelers in soybean: evolution and stress-induced expression of CLASSY genes (2025)
Araújo, Paula Machado de ; Oliveira, Liliane Santana ; Sangi, Sara ; Olímpio, Geovanna Vitória ; Paula, Felipe Cruz ; Grativol, Clícia ; Gruber, Arthur
Source: Plants. Unidades: ICB, Interunidades em Bioinformática
Subjects: PARASITOLOGIA, CROMATINA, SOJA, EXPRESSÃO GÊNICA, EPIGÊNESE GENÉTICA, FILOGENIA, BRIÓFITAS, PLANTAS, FABACEAE
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ABNT
ARAÚJO, Paula Machado de et al. RdDM-associated chromatin remodelers in soybean: evolution and stress-induced expression of CLASSY genes. Plants, v. 14, p. 23 , 2025Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/plants14162543. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Araújo, P. M. de, Oliveira, L. S., Sangi, S., Olímpio, G. V., Paula, F. C., Grativol, C., & Gruber, A. (2025). RdDM-associated chromatin remodelers in soybean: evolution and stress-induced expression of CLASSY genes. Plants, 14, 23 . doi:10.3390/plants14162543
NLM
Araújo PM de, Oliveira LS, Sangi S, Olímpio GV, Paula FC, Grativol C, Gruber A. RdDM-associated chromatin remodelers in soybean: evolution and stress-induced expression of CLASSY genes [Internet]. Plants. 2025 ; 14 23 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/plants14162543
Vancouver
Araújo PM de, Oliveira LS, Sangi S, Olímpio GV, Paula FC, Grativol C, Gruber A. RdDM-associated chromatin remodelers in soybean: evolution and stress-induced expression of CLASSY genes [Internet]. Plants. 2025 ; 14 23 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/plants14162543
Artigo de periodico
Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons (2023)
Oliveira, Liliane Santana; Reyes, Alejandro ; Dutilh, Bas E. ; Gruber, Arthur
Source: Viruses. Unidade: ICB
Subjects: PARASITOLOGIA, BACTERIÓFAGOS, BIODIVERSIDADE, EVOLUÇÃO MOLECULAR, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, VÍRUS
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ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana et al. Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons. Viruses, v. 15, n. 2, p. 1-27, 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v15020519. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Oliveira, L. S., Reyes, A., Dutilh, B. E., & Gruber, A. (2023). Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons. Viruses, 15( 2), 1-27. doi:10.3390/v15020519
NLM
Oliveira LS, Reyes A, Dutilh BE, Gruber A. Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons [Internet]. Viruses. 2023 ; 15( 2): 1-27.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v15020519
Vancouver
Oliveira LS, Reyes A, Dutilh BE, Gruber A. Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons [Internet]. Viruses. 2023 ; 15( 2): 1-27.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v15020519
Artigo de periodico
Characterization of a novel mitovirus of the sand fly lutzomyia longipalpis using genomic and virus–host interaction signatures (2021)
Fonseca, Paula Luize Camargos ; Ferreira, Flavia; Silva, Felipe da; Kashiwabara, Liliane Santana Oliveira ; Marques, João Trindade ; Goes Neto, Aristóteles ; Aguiar, Eric ; Gruber, Arthur
Source: Viruses. Unidade: ICB
Subjects: PARASITOLOGIA, VÍRUS DE RNA, NUCLEOTÍDEOS, DNA MITOCONDRIAL, ANIMAIS PARASITOS, MITOCÔNDRIAS, RNA POLIMERASES, RNA, REAÇÃO EM CADEIA POR POLIMERASE
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ABNT
FONSECA, Paula Luize Camargos et al. Characterization of a novel mitovirus of the sand fly lutzomyia longipalpis using genomic and virus–host interaction signatures. Viruses, v. 13, n. 1, p. 20 , 2021Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v13010009. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Fonseca, P. L. C., Ferreira, F., Silva, F. da, Kashiwabara, L. S. O., Marques, J. T., Goes Neto, A., et al. (2021). Characterization of a novel mitovirus of the sand fly lutzomyia longipalpis using genomic and virus–host interaction signatures. Viruses, 13( 1), 20 . doi:10.3390/v13010009
NLM
Fonseca PLC, Ferreira F, Silva F da, Kashiwabara LSO, Marques JT, Goes Neto A, Aguiar E, Gruber A. Characterization of a novel mitovirus of the sand fly lutzomyia longipalpis using genomic and virus–host interaction signatures [Internet]. Viruses. 2021 ; 13( 1): 20 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v13010009
Vancouver
Fonseca PLC, Ferreira F, Silva F da, Kashiwabara LSO, Marques JT, Goes Neto A, Aguiar E, Gruber A. Characterization of a novel mitovirus of the sand fly lutzomyia longipalpis using genomic and virus–host interaction signatures [Internet]. Viruses. 2021 ; 13( 1): 20 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v13010009
Parte de monografia/livro
Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery (2021)
Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur
Source: Bioinformatics [Internet]. Unidade: ICB
Subjects: PARASITOLOGIA, VIROLOGIA MOLECULAR, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS, VÍRUS, BIOINFORMÁTICA, DIVERSIDADE GENÉTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, MUTAÇÃO GENÉTICA
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ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana e GRUBER, Arthur. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery. Bioinformatics [Internet]. Tradução . Brisbane: Exon Publication, 2021. p. ca 9. Disponível em: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2021). Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery. In Bioinformatics [Internet] (p. ca 9). Brisbane: Exon Publication. doi:10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
NLM
Oliveira LS, Gruber A. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery [Internet]. In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane: Exon Publication; 2021. p. ca 9.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
Vancouver
Oliveira LS, Gruber A. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery [Internet]. In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane: Exon Publication; 2021. p. ca 9.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
Artigo de periodico
A single unidirectional piRNA cluster similar to the flamenco locus is the major source of EVE-derived transcription and small RNAs in Aedes aegypti mosquitoes (2020)
Aguiar, Eric Roberto Guimarães Rocha ; Almeida, João Paulo Pereira de ; Queiroz, Lucio Rezende ; Kashiwabara, Liliane Santana Oliveira ; Olmo, Roenick Proveti ; Faria, Isaque João da Silva de ; Imler, Jean-Luc ; Gruber, Arthur ; Matthews, Benjamin J. ; João Trindade Marques, João Trindade
Source: RNA. Unidade: ICB
Subjects: PARASITOLOGIA, AEDES, RNA VIRAL, GENOMAS, RETROVIRIDAE, TRANSCRIÇÃO GÊNICA
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ABNT
AGUIAR, Eric Roberto Guimarães Rocha et al. A single unidirectional piRNA cluster similar to the flamenco locus is the major source of EVE-derived transcription and small RNAs in Aedes aegypti mosquitoes. RNA, v. 26, n. 5, p. 581-594, 2020Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1261/rna.073965.119. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Aguiar, E. R. G. R., Almeida, J. P. P. de, Queiroz, L. R., Kashiwabara, L. S. O., Olmo, R. P., Faria, I. J. da S. de, et al. (2020). A single unidirectional piRNA cluster similar to the flamenco locus is the major source of EVE-derived transcription and small RNAs in Aedes aegypti mosquitoes. RNA, 26( 5), 581-594. doi:10.1261/rna.073965.119
NLM
Aguiar ERGR, Almeida JPP de, Queiroz LR, Kashiwabara LSO, Olmo RP, Faria IJ da S de, Imler J-L, Gruber A, Matthews BJ, João Trindade Marques JT. A single unidirectional piRNA cluster similar to the flamenco locus is the major source of EVE-derived transcription and small RNAs in Aedes aegypti mosquitoes [Internet]. RNA. 2020 ; 26( 5): 581-594.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1261/rna.073965.119
Vancouver
Aguiar ERGR, Almeida JPP de, Queiroz LR, Kashiwabara LSO, Olmo RP, Faria IJ da S de, Imler J-L, Gruber A, Matthews BJ, João Trindade Marques JT. A single unidirectional piRNA cluster similar to the flamenco locus is the major source of EVE-derived transcription and small RNAs in Aedes aegypti mosquitoes [Internet]. RNA. 2020 ; 26( 5): 581-594.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1261/rna.073965.119
Dissertação (Mestrado)
Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus (2019)
Guimarães, Miriã Nunes; Gruber, Arthur (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Subjects: BIOINFORMÁTICA, VÍRUS, MARCADOR MOLECULAR, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS, GENOMAS
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ABNT
GUIMARÃES, Miriã Nunes. Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Guimarães, M. N. (2019). Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/
NLM
Guimarães MN. Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/
Vancouver
Guimarães MN. Construção e aplicação de HMMs de perfil para a detecção e classificação de vírus [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-24042019-115926/
Tese (Doutorado)
Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas (2019)
Kashiwabara, Liliane Santana Oliveira; Durham, Alan Mitchell (Orientador) ; Gruber, Arthur (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Subjects: BIOINFORMÁTICA, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS, DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARE, MARCADOR MOLECULAR
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ABNT
KASHIWABARA, Liliane Santana Oliveira. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Kashiwabara, L. S. O. (2019). Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
NLM
Kashiwabara LSO. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
Vancouver
Kashiwabara LSO. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
Artigo de periodico
Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting (2018)
Ibrahim, Bashar; Arkhipova, Ksenia; Andeweg, Arno C.; Posada-Céspedes, Susana; Enault, François; Gruber, Arthur ; Koonin, Eugene V.; Kupczok, Anne; Lemey, Philippe; McHardy, Alice C.; McMahon, Dino P.; Pickett, Brett E.; Robertson, David L.; Scheuermann, Richard H.; Zhernakova, Alexandra; Zwart, Mark P.; Schönhuth, Alexander; Dutilh, Bas E.; Marz, Manja
Source: Viruses. Unidade: ICB
Subjects: PARASITOLOGIA, BIOINFORMÁTICA, VÍRUS
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ABNT
IBRAHIM, Bashar et al. Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting. Viruses, v. 10, n. 5, p. 1-19, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v10050256. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Ibrahim, B., Arkhipova, K., Andeweg, A. C., Posada-Céspedes, S., Enault, F., Gruber, A., et al. (2018). Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting. Viruses, 10( 5), 1-19. doi:10.3390/v10050256
NLM
Ibrahim B, Arkhipova K, Andeweg AC, Posada-Céspedes S, Enault F, Gruber A, Koonin EV, Kupczok A, Lemey P, McHardy AC, McMahon DP, Pickett BE, Robertson DL, Scheuermann RH, Zhernakova A, Zwart MP, Schönhuth A, Dutilh BE, Marz M. Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting [Internet]. Viruses. 2018 ; 10( 5): 1-19.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v10050256
Vancouver
Ibrahim B, Arkhipova K, Andeweg AC, Posada-Céspedes S, Enault F, Gruber A, Koonin EV, Kupczok A, Lemey P, McHardy AC, McMahon DP, Pickett BE, Robertson DL, Scheuermann RH, Zhernakova A, Zwart MP, Schönhuth A, Dutilh BE, Marz M. Bioinformatics meets virology: the european virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting [Internet]. Viruses. 2018 ; 10( 5): 1-19.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v10050256
Artigo de periodico
Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights (2017)
Reyes, Alejandro; Alves, João Marcelo Pereira ; Durham, Alan Mitchell ; Gruber, Arthur
Source: Advances in Genomics and Genetics. Unidades: ICB, IME
Assunto: PARASITOLOGIA
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ABNT
REYES, Alejandro et al. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics, v. 7, p. 29-45, 2017Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.2147/AGG.S136574. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Reyes, A., Alves, J. M. P., Durham, A. M., & Gruber, A. (2017). Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics, 7, 29-45. doi:10.2147/AGG.S136574
NLM
Reyes A, Alves JMP, Durham AM, Gruber A. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights [Internet]. Advances in Genomics and Genetics. 2017 ; 7 29-45.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.2147/AGG.S136574
Vancouver
Reyes A, Alves JMP, Durham AM, Gruber A. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights [Internet]. Advances in Genomics and Genetics. 2017 ; 7 29-45.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.2147/AGG.S136574
Artigo de periodico
GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data (2016)
Alves, João Marcelo Pereira ; Oliveira, Andre L. de; Sandberg, Tatiana Orli Milkewitz ; Moreno-Gallego, Jaime L; Toledo, Marcelo A. F. de; Moura, Elisabeth M. M. de; Oliveira, Liliane S; Durham, Alan Mitchell ; Mehnert, Dolores Ursula; Zanotto, Paolo Marinho de Andrade ; Reyes, Alejandro; Gruber, Arthur
Source: Frontiers in Microbiology. Unidades: ICB, IME, IB
Subjects: BIOINFORMÁTICA, PROCESSOS DE MARKOV
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
ALVES, João Marcelo Pereira et al. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data. Frontiers in Microbiology, v. 7, n. article º 269, p. 15 , 2016Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Alves, J. M. P., Oliveira, A. L. de, Sandberg, T. O. M., Moreno-Gallego, J. L., Toledo, M. A. F. de, Moura, E. M. M. de, et al. (2016). GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data. Frontiers in Microbiology, 7( article º 269), 15 . doi:10.3389/fmicb.2016.00269
NLM
Alves JMP, Oliveira AL de, Sandberg TOM, Moreno-Gallego JL, Toledo MAF de, Moura EMM de, Oliveira LS, Durham AM, Mehnert DU, Zanotto PM de A, Reyes A, Gruber A. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data [Internet]. Frontiers in Microbiology. 2016 ; 7( article º 269): 15 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269
Vancouver
Alves JMP, Oliveira AL de, Sandberg TOM, Moreno-Gallego JL, Toledo MAF de, Moura EMM de, Oliveira LS, Durham AM, Mehnert DU, Zanotto PM de A, Reyes A, Gruber A. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data [Internet]. Frontiers in Microbiology. 2016 ; 7( article º 269): 15 .[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269
Artigo de periodico
Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent (2016)
Garrido, Leandro Maza; Alves, João Marcelo Pereira ; Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur ; Padilla, Gabriel ; Araújo, Welington Luiz de
Source: Genome Announcements. Unidade: ICB
Subjects: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, BACTÉRIAS, CONTROLE BIOLÓGICO, FITOPATÓGENOS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
GARRIDO, Leandro Maza et al. Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent. Genome Announcements, v. 4, n. 6, p. e01264-16, 2016Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1128/genomeA.01264-16. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Garrido, L. M., Alves, J. M. P., Oliveira, L. S., Gruber, A., Padilla, G., & Araújo, W. L. de. (2016). Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent. Genome Announcements, 4( 6), e01264-16. doi:10.1128/genomeA.01264-16
NLM
Garrido LM, Alves JMP, Oliveira LS, Gruber A, Padilla G, Araújo WL de. Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent [Internet]. Genome Announcements. 2016 ; 4( 6): e01264-16.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1128/genomeA.01264-16
Vancouver
Garrido LM, Alves JMP, Oliveira LS, Gruber A, Padilla G, Araújo WL de. Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent [Internet]. Genome Announcements. 2016 ; 4( 6): e01264-16.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1128/genomeA.01264-16
Artigo de periodico
The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) (2015)
Brito, Anderson Fernandes de; Braconi, Carla Torres; Weidmann, Manfred; Dilcher, Meik; Alves, João Marcelo Pereira ; Gruber, Arthur ; Zanotto, Paolo Marinho de Andrade
Source: Genome Biology and Evolution. Unidade: ICB
Subjects: MICROBIOLOGIA, PARASITOLOGIA, LAGARTAS, GENES
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
BRITO, Anderson Fernandes de et al. The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV). Genome Biology and Evolution, v. 8, n. 1, p. 94-108, 2015Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/gbe/evv231. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Brito, A. F. de, Braconi, C. T., Weidmann, M., Dilcher, M., Alves, J. M. P., Gruber, A., & Zanotto, P. M. de A. (2015). The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV). Genome Biology and Evolution, 8( 1), 94-108. doi:10.1093/gbe/evv231
NLM
Brito AF de, Braconi CT, Weidmann M, Dilcher M, Alves JMP, Gruber A, Zanotto PM de A. The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) [Internet]. Genome Biology and Evolution. 2015 ; 8( 1): 94-108.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gbe/evv231
Vancouver
Brito AF de, Braconi CT, Weidmann M, Dilcher M, Alves JMP, Gruber A, Zanotto PM de A. The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) [Internet]. Genome Biology and Evolution. 2015 ; 8( 1): 94-108.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gbe/evv231
Artigo de periodico
Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens (2014)
Reid, Adam J.; Blake, Damer P.; Ansari, Hifzur R.; Billington, Karen; Browne, Hilary P.; Bryant, Josephine; Dunn, Matt; Hung, Stacy S.; Kawahara, Fumiya; Miranda-Saavedra, Diego; Malas, Tareq B.; Mourier, Tobias; Naghra, Hardeep; Nair, Mridul; Otto, Thomas D.; Rawlings, Neil D.; Rivailler, Pierre; Sanchez-Flores, Alejandro; Sanders, Mandy; Subramaniam, Chandra; Tay, Yea-Ling; Woo, Yong; Wu, Xikun; Barrell, Bart; Dear, Paul H.; Doering, Christian; Gruber, Arthur ; Ivens, Alasdair C.; Parkinson, John; Rajandream, Marie-Adèle; Shirley, Martin W.; Wan, Kiew-Lian; Berriman, Matthew; Tomley, Fiona M.; Pain, Arnab
Source: Geonome Research. Unidade: ICB
Assunto: PARASITOLOGIA
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ABNT
REID, Adam J. et al. Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens. Geonome Research, v. 24, n. 10, p. 1676-1685, 2014Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1101/gr.168955.113. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Reid, A. J., Blake, D. P., Ansari, H. R., Billington, K., Browne, H. P., Bryant, J., et al. (2014). Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens. Geonome Research, 24( 10), 1676-1685. doi:10.1101/gr.168955.113
NLM
Reid AJ, Blake DP, Ansari HR, Billington K, Browne HP, Bryant J, Dunn M, Hung SS, Kawahara F, Miranda-Saavedra D, Malas TB, Mourier T, Naghra H, Nair M, Otto TD, Rawlings ND, Rivailler P, Sanchez-Flores A, Sanders M, Subramaniam C, Tay Y-L, Woo Y, Wu X, Barrell B, Dear PH, Doering C, Gruber A, Ivens AC, Parkinson J, Rajandream M-A, Shirley MW, Wan K-L, Berriman M, Tomley FM, Pain A. Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens [Internet]. Geonome Research. 2014 ; 24( 10): 1676-1685.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1101/gr.168955.113
Vancouver
Reid AJ, Blake DP, Ansari HR, Billington K, Browne HP, Bryant J, Dunn M, Hung SS, Kawahara F, Miranda-Saavedra D, Malas TB, Mourier T, Naghra H, Nair M, Otto TD, Rawlings ND, Rivailler P, Sanchez-Flores A, Sanders M, Subramaniam C, Tay Y-L, Woo Y, Wu X, Barrell B, Dear PH, Doering C, Gruber A, Ivens AC, Parkinson J, Rajandream M-A, Shirley MW, Wan K-L, Berriman M, Tomley FM, Pain A. Genomic analysis of the causative agents of coccidiosis in domestic chickens [Internet]. Geonome Research. 2014 ; 24( 10): 1676-1685.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1101/gr.168955.113
Artigo de periodico
The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria (2013)
Rangel, Luiz Thibério; Novaes, Jeniffer; Durham, Alan Mitchell ; Madeira, Alda Maria Backx Noronha ; Gruber, Arthur
Source: Database. Unidades: IME, ICB
Assunto: PARASITOLOGIA
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ABNT
RANGEL, Luiz Thibério et al. The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. Database, v. 2013, p. 1-8, 2013Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/database/bat006. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Rangel, L. T., Novaes, J., Durham, A. M., Madeira, A. M. B. N., & Gruber, A. (2013). The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. Database, 2013, 1-8. doi:10.1093/database/bat006
NLM
Rangel LT, Novaes J, Durham AM, Madeira AMBN, Gruber A. The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria [Internet]. Database. 2013 ; 2013 1-8.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1093/database/bat006
Vancouver
Rangel LT, Novaes J, Durham AM, Madeira AMBN, Gruber A. The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria [Internet]. Database. 2013 ; 2013 1-8.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1093/database/bat006
Dissertação (Mestrado)
GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração (2012)
Oliveira, André Luiz de; Gruber, Arthur (Orientador)
Unidade: ICB
Subjects: BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, SEQUÊNCIA DO DNA, DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARE, BIOLOGIA MOLECULAR, VÍRUS
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ABNT
OLIVEIRA, André Luiz de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2012. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Oliveira, A. L. de. (2012). GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/
NLM
Oliveira AL de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/
Vancouver
Oliveira AL de. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para reconstrução de sequências e sua aplicação em dados de sequenciamento de nova geração [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-09112012-111833/
Dissertação (Mestrado)
Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica (2012)
Rangel, Luiz Thibério Lira Diniz; Gruber, Arthur (Orientador)
Unidade: ICB
Subjects: BIOINFORMÁTICA, EIMERIA, AVES DOMÉSTICAS, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
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ABNT
RANGEL, Luiz Thibério Lira Diniz. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2012. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Rangel, L. T. L. D. (2012). Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/
NLM
Rangel LTLD. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/
Vancouver
Rangel LTLD. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica [Internet]. 2012 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/
Artigo de periodico
A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages (2012)
Novaes, Jeniffer; Rangel, Luiz Thiberio Lira Diniz; Ferro, Milene; Abe, Ricardo Y; Manha, Alessandra Popov dos Santos; de Mello, Joana C. M; Varuzza, , Leonardo; Durham, Alan Mitchell ; Madeira, Alda Maria Backx Noronha ; Gruber, Arthur
Source: International Journal of Parasitology. Unidades: IME, ICB
Assunto: PARASITOLOGIA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
NOVAES, Jeniffer et al. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal of Parasitology, v. 42, p. 3948, 2012Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.ijpara.2011.10.008. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Novaes, J., Rangel, L. T. L. D., Ferro, M., Abe, R. Y., Manha, A. P. dos S., de Mello, J. C. M., et al. (2012). A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal of Parasitology, 42, 3948. doi:10.1016/j.ijpara.2011.10.008
NLM
Novaes J, Rangel LTLD, Ferro M, Abe RY, Manha AP dos S, de Mello JCM, Varuzza, Durham AM, Madeira AMBN, Gruber A. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages [Internet]. International Journal of Parasitology. 2012 ; 42 3948.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.ijpara.2011.10.008
Vancouver
Novaes J, Rangel LTLD, Ferro M, Abe RY, Manha AP dos S, de Mello JCM, Varuzza, Durham AM, Madeira AMBN, Gruber A. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages [Internet]. International Journal of Parasitology. 2012 ; 42 3948.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.ijpara.2011.10.008
Artigo de periodico
Development of molecular assays for the identification of the 11 Eimeria species of the domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus) (2011)
Oliveira, Ursula Castro de; Fraga, Jane Silveira; Licois, Dominique; Pakandl, Michal; Gruber, Arthur
Source: Veterinary Parasitology. Unidade: ICB
Assunto: PARASITOLOGIA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
OLIVEIRA, Ursula Castro de et al. Development of molecular assays for the identification of the 11 Eimeria species of the domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus). Veterinary Parasitology, v. 176, n. 2-3, p. 275-280, 2011Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.vetpar.2010.10.054. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Oliveira, U. C. de, Fraga, J. S., Licois, D., Pakandl, M., & Gruber, A. (2011). Development of molecular assays for the identification of the 11 Eimeria species of the domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus). Veterinary Parasitology, 176( 2-3), 275-280. doi:10.1016/j.vetpar.2010.10.054
NLM
Oliveira UC de, Fraga JS, Licois D, Pakandl M, Gruber A. Development of molecular assays for the identification of the 11 Eimeria species of the domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus) [Internet]. Veterinary Parasitology. 2011 ; 176( 2-3): 275-280.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.vetpar.2010.10.054
Vancouver
Oliveira UC de, Fraga JS, Licois D, Pakandl M, Gruber A. Development of molecular assays for the identification of the 11 Eimeria species of the domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus) [Internet]. Veterinary Parasitology. 2011 ; 176( 2-3): 275-280.[citado 2025 nov. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.vetpar.2010.10.054
Tese (Doutorado)
Eimeria spp. de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética (2011)
Oliveira, Ursula Castro; Gruber, Arthur (Orientador)
Unidade: ICB
Subjects: FILOGENIA (GENÉTICA), GENÉTICA ANIMAL, GENÉTICA MOLECULAR, EVOLUÇÃO ANIMAL, ANIMAIS DOMÉSTICOS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
OLIVEIRA, Ursula Castro. Eimeria spp. de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética. 2011. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2011. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-04082011-112039/. Acesso em: 27 nov. 2025.
APA
Oliveira, U. C. (2011). Eimeria spp. de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-04082011-112039/
NLM
Oliveira UC. Eimeria spp. de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética [Internet]. 2011 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-04082011-112039/
Vancouver
Oliveira UC. Eimeria spp. de coelho e galinha domésticos: desenvolvimento de ensaios moleculares e caracterização filogenética [Internet]. 2011 ;[citado 2025 nov. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-04082011-112039/

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