Regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum, via mapeamento associativo (2016)
- Authors:
- Autor USP: DINIZ, AUGUSTO LIMA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: FEIJÃO; GENÔMICA; MAPEAMENTO GENÉTICO; POLIMORFISMO; MACRONUTRIENTES; MICRONUTRIENTES; NUTRIÇÃO VEGETAL
- Keywords: Genotipagem por sequenciamento
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: O feijão comum é uma das principais culturas agrícolas produzidas e consumidas no Brasil e no mundo. Por isso, várias iniciativas de pesquisa buscam dar subsídios ao melhoramento da cultura, que visa a desenvolver cultivares mais produtivos e tolerantes a estresses biótico e ábiótico, além de agregar valor nutricional e tecnológico aos grãos. Nesse cenário, no presente estudo, buscou-se identificar, a partir da abordagem de mapeamento associativo, regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum. Para tanto, um painel de acessos e linhagens foi (i) genotipado por sequenciamento, cujos dados perdidos foram imputados; (ii) e fenotipados para 5 caracteres agronômicos e para o teor de 13 nutrientes, em duas condições experimentais - campo e casa de vegetação. A partir da informação genotípica, foram investigados (i) a estrutura populacional, (ii) o grau de parentesco e (iii) a extensão do desequilíbrio de ligação (DL). Para as análises fenotípicas, foi utilizada a abordagem de modelos mistos. Finalmente, o mapeamento associativo foi realizado utilizando o modelo FarmCPU. Um total de 35.527 e 9.388 SNPs, com MAF ≥ 0,05, distribuídos ao longo dos 11 cromossomos de P. vulgaris, foi obtido considerando os limites de 80 e 10% de dados perdidos, respectivamente. A análise da estrutura populacional e as estimativas de parentesco permitiram evidenciar a clara distinção entre os acessos oriundos de poolsgênicos diferentes. Tais fatores influenciaram fortemente a extensão do DL; portanto, medidas que corrigem para estes vieses foram adotadas e possibilitaram a constatação de que os maiores blocos genômicos em DL estão contidos nas regiões centroméricas e pericentroméricas dos cromossomos. Igualmente, foi detectado DL entre locos de cromossomos diferentes, sugerindo que o processo de melhoramento e o sistema de cruzamento da espécie contribuem para a magnitude do DL em feijão, uma vez que os vieses decorrentes da estrutura populacional e do parentesco foram corrigidos. Considerando os fenótipos avaliados, o painel aqui utilizado apresentou maior variabilidade fenotípica para os caracteres agronômicos 'dias para o florescimento' (DPF), 'dias para formação do legume' (DPFL), 'número de legumes por planta' (NLPP), 'número de sementes por legume' (NSPL) e 'massa de 100 grãos' (M100), e para o teor dos nutrientes cobre (Cu), ferro (Fe) e zinco (Zn) presentes nos grãos. A partir do mapeamento associativo, foram identificados 176 SNPs associados aos caracteres agronômicos e teores de macro e micronutrientes. Destes, 112 estão localizados em regiões gênicas - exons (71), introns (29), 5'-UTR (5) e 3'-UTR (7). Logo, tais polimorfismos, principalmente aqueles localizados em exons ou próximos a locos, como o Ppd, tradicionalmente apontado como envolvido no controle de DPF, são fortes candidatos para explicar as alterações fenotípicas observadas. Os demais 64 SNPs estãolocalizados em regiões inter-gênicas, em porções do cromossomo nas quais a extensão do DL pode chegar a mais de 1 Mb. Portanto, é válido recomendar a investigação da região em DL que flanqueia o SNP na busca de genes associados ao controle da variação fenotípica
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2016
- Data da defesa: 02.09.2016
-
ABNT
DINIZ, Augusto Lima. Regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum, via mapeamento associativo. 2016. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-04102016-160726/. Acesso em: 20 set. 2024. -
APA
Diniz, A. L. (2016). Regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum, via mapeamento associativo (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-04102016-160726/ -
NLM
Diniz AL. Regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum, via mapeamento associativo [Internet]. 2016 ;[citado 2024 set. 20 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-04102016-160726/ -
Vancouver
Diniz AL. Regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum, via mapeamento associativo [Internet]. 2016 ;[citado 2024 set. 20 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-04102016-160726/ - Diversidade genética entre acessos cultivados de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.): uma abordagem in silico a partir dos genes -Phs e FR01
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