Diversidade genética entre acessos cultivados de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.): uma abordagem in silico a partir dos genes -Phs e FR01 (2012)
- Authors:
- Autor USP: DINIZ, AUGUSTO LIMA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: ABSORÇÃO; AMINOÁCIDOS; FEIJÃO; FERRO; DIVERSIDADE GENÉTICA; POLIMORFISMO; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Language: Português
- Abstract: Análises de diversidade em feijão comum (Phaseolus vulgaris L.), envolvendo caracteres morfológicos e marcadores moleculares, têm mostrado uma estruturação em dois pools gênicos principais, um Mesoamericano e outro Andino, os quais diferem, dentre vários aspectos, quanto à morfologia e fisiologia do grão. Uma nova abordagem que vem sendo usada para estimar a variabilidade genética entre acessos de feijoeiro é a prospecção de polimorfismos de base única (SNPs), tanto em sequências arbitrárias do genoma quanto em sequências gênicas de interesse. Também, o estudo de sequências nucleotídicas que codificam proteínas importantes, tais como a faseolina e a ferro redutase, codificadas, respectivamente, pelos genes Phs e FRO1, deve permitir a geração de novos e informativos marcadores e promover um melhor entendimento da variação existente em P. vulgaris. Assim, os objetivos deste trabalho foram obter as sequências dos genes - Phs e FRO1, acessar a frequência de SNPs em regiões codantes e não-codantes de ambos os genes, e avaliar a utilidade desses polimorfismos para investigar a diversidade genética em 31 genótipos cultivados de feijão comum e um acesso de P. lunatus. Para tanto, primers específicos foram desenhados e as sequências obtidas foram alinhadas, permitindo a identificação de vários sítios polimórficos. Parâmetros moleculares foram estimados pelo software Arlequin e MEGA. As análises de agrupamento foram conduzidas através do método Neighbor-joining. Foram detectadas 361bases polimórficas, das quais 260 foram do tipo substituição e 101, indel. A frequência de SNPs em regiões não codantes foi duas vezes maior do que em regiões traduzidas, em ambos os genes; também, a substituições do tipo transição foram mais freqüentes do que as do tipo transversão. Os polimorfismos em regiões codantes levaram à substituição de 17 aminoácidos na proteína faseolina, e 14 na enzima ferro redutase. Tais modificações incluem, na maioria das vezes, alterações de aminoácidos com propriedades similares. Vale destacar que sequência predita de aminoácidos da faseolina exibiu uma diversidade elevada entre os acessos investigados, sendo que alguns desses polimorfismos se prestaram para tipificar alguns acessos. Em contrapartida, a enzima ferro redutase exibiu um padrão de aminoácidos mais homogêneo, principalmente para os acessos andinos. As análises de agrupamento revelaram dois clusters bem definidos: um que agrupou os acessos Mesoamericanos e as cultivares brasileiras, e outro que agrupou os Andinos, sugerindo que sequências gênicas são úteis na distinção dos pools gênicos de Phaseolus. Todavia, os polimorfismos do gene -Phs permitiram uma melhor resolução das relações entre os acessos dentro de cada pool gênico, em comparação com os do gene FRO1
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2012
- Data da defesa: 19.07.2012
-
ABNT
DINIZ, Augusto Lima. Diversidade genética entre acessos cultivados de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.): uma abordagem in silico a partir dos genes -Phs e FR01. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2012. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-09082012-090709/. Acesso em: 29 set. 2024. -
APA
Diniz, A. L. (2012). Diversidade genética entre acessos cultivados de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.): uma abordagem in silico a partir dos genes -Phs e FR01 (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-09082012-090709/ -
NLM
Diniz AL. Diversidade genética entre acessos cultivados de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.): uma abordagem in silico a partir dos genes -Phs e FR01 [Internet]. 2012 ;[citado 2024 set. 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-09082012-090709/ -
Vancouver
Diniz AL. Diversidade genética entre acessos cultivados de feijão comum (Phaseolus vulgaris L.): uma abordagem in silico a partir dos genes -Phs e FR01 [Internet]. 2012 ;[citado 2024 set. 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-09082012-090709/ - Regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum, via mapeamento associativo
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