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Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop (2019)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: SOUZA, GLAUCIA MENDES - IQ ; SLUYS, MARIE ANNE VAN - IB ; HORTA, CAROLINA GIMILIANI LEMBKE - IQ ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES - ESALQ ; HOTTA, CARLOS TAKESHI - IQ ; SOUZA, ROBSON FRANCISCO DE - ICB ; DURHAM, ALAN MITCHELL - IME ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN - IB ; DINIZ, AUGUSTO LIMA - IQ ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS - BIOINFORMÁTICA ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA - IB ; NISHIYAMA JUNIOR, MILTON YUTAKA - BIOINFORMÁTICA ; CATEN, FELIPE TEN - BIOINFORMÁTICA ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO - BIOTECNOLOGIA ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS - BIOINFORMÁTICA ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES - ICB
  • Unidades: IQ; IB; ESALQ; ICB; IME; BIOINFORMÁTICA; BIOTECNOLOGIA
  • DOI: 10.1093/gigascience/giz129
  • Subjects: MICROBIOLOGIA; GENOMAS; CANA-DE-AÇÚCAR; DIVERSIDADE GENÉTICA; BIOMASSA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; SACAROSE; EXPRESSÃO GÊNICA
  • Agências de fomento:
  • Language: Inglês
  • Imprenta:
  • Source:
    • Título do periódico: GigaScience
    • ISSN: 2047-217X
    • Volume/Número/Paginação/Ano: v. 8, n. 12, art. giz129, 18 p., 2019
  • Versão PublicadaAcesso à fonteDOI
    Informações sobre o DOI: 10.1093/gigascience/giz129 (Fonte: oaDOI API)
    • Este periódico é de acesso aberto
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    • URL de acesso aberto
    • Cor do Acesso Aberto: gold
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    • ABNT

      SOUZA, Gláucia Mendes; SLUYS, Marie-Anne Van; LEMBKE, Carolina Gimiliani; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience, London, BioMed Central Ltd, v. 8, n. 12, p. 18 , 2019. Disponível em: < https://doi.org/10.1093/gigascience/giz129 > DOI: 10.1093/gigascience/giz129.
    • APA

      Souza, G. M., Sluys, M. -A. V., Lembke, C. G., Lee, H., Margarido, G. R. A., Diniz, A. L., et al. (2019). Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience, 8( 12), 18 . doi:10.1093/gigascience/giz129
    • NLM

      Souza GM, Sluys M-AV, Lembke CG, Lee H, Margarido GRA, Diniz AL, Oliveira M de M, Ferreira S de S, Nishiyama Junior MY, Caten FT, Ragagnin GT, Andrade P de M, Souza RF de, Nicastro GG, Pandya R, Kim C, Guo H, Durham AM, Carneiro MS, Zhang J, Zhang X, Zhang Q, Ming R, Schatz MC, Davidson B, Hotta CT, Gaiarsa JW, Paterson AH, Heckerman D. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop [Internet]. GigaScience. 2019 ; 8( 12): 18 .Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giz129
    • Vancouver

      Souza GM, Sluys M-AV, Lembke CG, Lee H, Margarido GRA, Diniz AL, Oliveira M de M, Ferreira S de S, Nishiyama Junior MY, Caten FT, Ragagnin GT, Andrade P de M, Souza RF de, Nicastro GG, Pandya R, Kim C, Guo H, Durham AM, Carneiro MS, Zhang J, Zhang X, Zhang Q, Ming R, Schatz MC, Davidson B, Hotta CT, Gaiarsa JW, Paterson AH, Heckerman D. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop [Internet]. GigaScience. 2019 ; 8( 12): 18 .Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giz129

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    Título: Phytozome: a comparative platform for green plant genomics
    Título do periódico: Nucleic Acids Res
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    Ano: 2012
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    Autor: Keller
    Título: A novel hybrid gene prediction method employing protein multiple sequence alignments
    Título do periódico: Bioinformatics
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    Primeira página: 757
    Ano: 2011
    DOI: 10.1093/bioinformatics/btr010
    Autor: Eddy
    Título: Accelerated profile HMM searches
    Título do periódico: PLoS Comput Biol
    Volume: 7
    Primeira página: e1002195
    Ano: 2011
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    Autor: Knudsen
    Ano: 2013
    Autor: Quinlan
    Título: BEDTOOLS: a flexible suite of utilities for comparing genomic features
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    Ano: 2010
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    Autor: Smit
    Autor: Jurka
    Título: Repbase Update, a database of eukaryotic repetitive elements
    Título do periódico: Cytogenet Genome Res
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    Autor: Majoros
    Título: TigrScan and GlimmerHMM: two open source ab initio eukaryotic gene-finders
    Título do periódico: Bioinformatics
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    Título: GeneMark: web software for gene finding in prokaryotes, eukaryotes and viruses
    Título do periódico: Nucleic Acids Res
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    Autor: Haas
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    Título do periódico: Nucleic Acids Res
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    Autor: Slater
    Título: Automated generation of heuristics for biological sequence comparison
    Título do periódico: BMC Bioinformatics
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    Autor: Haas
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    Título do periódico: Genome Biol
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    Título: InterProScan 5: genome-scale protein function classification
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    Título: Blast2GO: a universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research
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    Título do periódico: Nucleic Acids Res
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    Ano: 2004
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    Autor: Kim
    Título: TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
    Título do periódico: Genome Biol
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    Autor: Calabrese
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    Autor: Pilbák
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    Título do periódico: FEBS J
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    Título: topGO: enrichment analysis for gene ontology
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    Título do periódico: Plant J
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    Autor: Lê
    Título: FactoMineR : an R package for multivariate analysis
    Título do periódico: J Stat Softw
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    Autor: Josse
    Título: missMDA: a package for handling missing values in multivariate data analysis
    Título do periódico: J Stat Softw
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    Ano: 2016
    DOI: 10.18637/jss.v070.i01
    Autor: Souza
    Título: Supporting data for “Assembly of the 373K gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop."
    Título do periódico: GigaScience Database
    Ano: 2019
    DOI: 10.1093/gigascience/giz129
    Autor: Souza
    Título: Github repository for “Assembly of the 373K gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop.”

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