MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes (2011)
- Authors:
- Autor USP: KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI - IME
- Unidade: IME
- Sigla do Departamento: MAC
- Assunto: COMPUTAÇÃO APLICADA
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: O desafio de encontrar corretamente genes codificadores de proteínas nas sequências genômicas é um problema em aberto. Neste trabalho, implementamos uma plataforma, com o objetivo de melhorar a forma com que preditores de genes são implementados e avaliados. ToPS (Toolkit of Probabilistic Models of Sequences) foi o primeiro arcabouço orientado a objetos que fornece ferramentas para implementação, manipulação, e combinação de modelos probabilísticos para representar sequências de símbolos. MYOP (Make Your Own Predictor ) é um sistema que tem como objetivo facilitar a construção de preditores de genes. SGEval utiliza grafos de splicing para comparar diferente anotações com eventos de splicing alternativos. Utilizamos esta plataforma para o desenvolvimentos de preditores de genes em onze genomas distintos: A. thaliana, C. elegans, Z. mays, P. falciparum, D. melanogaster, D. rerio, M. musculus, R. norvegicus, O. sativa, G. max e H. sapiens. Com esse desenvolvimento, estabelecemos um protocolo para implementação de novos preditores. Além disso, utilizando a nossa plataforma, desenvolvemos um fluxo de trabalho para predi- ção de genes no projeto do genoma da cana de açúcar, que já foi utilizado em 109 sequências de BAC geradas pelo BIOEN (FAPESP Bioenergy Program)
- Imprenta:
- Data da defesa: 10.02.2012
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ABNT
KASHIWABARA, André Yoshiaki. MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. 2011. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2011. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-02042012-184145/. Acesso em: 18 abr. 2024. -
APA
Kashiwabara, A. Y. (2011). MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-02042012-184145/ -
NLM
Kashiwabara AY. MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 18 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-02042012-184145/ -
Vancouver
Kashiwabara AY. MYOP/ToPS/SGEval: um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes [Internet]. 2011 ;[citado 2024 abr. 18 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-02042012-184145/
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