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MYOP: um arcabouço para predição de genes ab initio (2007)

  • Authors:
  • Autor USP: KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI - IME
  • Unidade: IME
  • Sigla do Departamento: MAC
  • Assunto: COMPUTAÇÃO APLICADA
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: A demanda por abordagens eficientes para o problema de reconhecer a estrutura de cada gene numa sequência genômica motivou a implementação de um grande número de programas preditores de genes. Fizemos uma análise dos programas de sucesso com abrodagem probabilística e reconhecemos semelhanças na implementação dos mesmos. A maior parte desses programas utiiza a cadeia oculta generalizada de Markov (GHMM - genaralized hidden Markov model) como um modelo de gene. Percebemos que muitos preditores têm a arquitetura da GHMM fixada no código-fonte,dificltando a investigação de novas abordagens. Devido a essa dificuldade e pelas semelhanças entre os programas atuais, implementamos o sistema MYOP (Make Your Own Predictor) que tem como objetivo fornecer um ambiente flexível o qual permite avaliar rapidamente cada modelo de gene. Mostramos a utilidade da ferramenta através da implementação e avaliação de 96 modelos de genes em que cada modelo é formado por um conjunto de estados e cada estado tem uma distribuição de duração e um modelo probabilístico. Verificamos que nem sempre um modelo probabilístico mais sofisticado fornece um preditor melhor, mostrando a relevância das experimentações e a importância de um sistema como o MYOP.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 23.03.2007
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      KASHIWABARA, André Yoshiaki; DURHAM, Alan Mitchell. MYOP: um arcabouço para predição de genes ab initio. 2007.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2007. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-25112009-151237/ >.
    • APA

      Kashiwabara, A. Y., & Durham, A. M. (2007). MYOP: um arcabouço para predição de genes ab initio. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-25112009-151237/
    • NLM

      Kashiwabara AY, Durham AM. MYOP: um arcabouço para predição de genes ab initio [Internet]. 2007 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-25112009-151237/
    • Vancouver

      Kashiwabara AY, Durham AM. MYOP: um arcabouço para predição de genes ab initio [Internet]. 2007 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-25112009-151237/

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