Ferramentas de auxílio ao sequenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo (2000)
- Authors:
- Autor USP: ADI, SAID SADIQUE - IME
- Unidade: IME
- Sigla do Departamento: MAC
- Assunto: ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Atualmente, existe um grande número de ferramentas para montagem de fragmentos de DNA disponíveis. Neste trabalho apresentamos um estudo comparativo das ferramentas CAP2, FAKtory, TIGR e PHRAP. Para realizarmos este estudo, primeiramenteexecutamos esses sistemas de montagem sobre doze casos de testes distintos. Após isso, tomamos os resultados obtidos por cada um deles e os comparamos com as seqüências de onde os fragmentos foram originalmente obtidos. Os testes utilizadosavaliam a eficiência dos programas com relação a três problemas associados ao processo de montagem (erros no seqüenciamento, fragmentos quimeras e regiões repetidas) e pudemos ver que nenhum dos sistemas é claramente superior aos demais notratamento de todos eles. Cada ferramenta de montagem parece tratar de melhor forma um problema em especial. Além de avaliarmos os resultados, realizamos também um estudo comparativo ao tempo de CPU gasto por cada uma das ferramentas durantesuas execuções
- Imprenta:
- Data da defesa: 05.04.2000
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ABNT
ADI, Said Sadique. Ferramentas de auxílio ao sequenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo. 2000. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2000. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26112001-150157/. Acesso em: 30 mar. 2023. -
APA
Adi, S. S. (2000). Ferramentas de auxílio ao sequenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26112001-150157/ -
NLM
Adi SS. Ferramentas de auxílio ao sequenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo [Internet]. 2000 ;[citado 2023 mar. 30 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26112001-150157/ -
Vancouver
Adi SS. Ferramentas de auxílio ao sequenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo [Internet]. 2000 ;[citado 2023 mar. 30 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26112001-150157/
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