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  • Unidade: FMRP

    Subjects: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA, MATÉRIA ESCURA, ALGORITMOS

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    • ABNT

      CAMPOS, Gabriel Montenegro de. Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Campos, G. M. de. (2025). Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/
    • NLM

      Campos GM de. Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração [Internet]. 2025 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/
    • Vancouver

      Campos GM de. Aplicação de algoritmos de aprendizagem de máquina para identificação de vírus em dados provenientes da matéria escura de sequenciamento de última geração [Internet]. 2025 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17153/tde-14072025-145632/
  • Source: Molecular and Cellular Probes. Unidade: FMRP

    Subjects: ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA, ANÁLISE DE DADOS, CITOMETRIA DE FLUXO, APLICATIVOS MÓVEIS

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    • ABNT

      BONILHA, Caio Santos. BCyto: a shiny app for flow cytometry data analysis. Molecular and Cellular Probes, v. 65, p. 1-5, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.mcp.2022.101848. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Bonilha, C. S. (2022). BCyto: a shiny app for flow cytometry data analysis. Molecular and Cellular Probes, 65, 1-5. doi:10.1016/j.mcp.2022.101848
    • NLM

      Bonilha CS. BCyto: a shiny app for flow cytometry data analysis [Internet]. Molecular and Cellular Probes. 2022 ; 65 1-5.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.mcp.2022.101848
    • Vancouver

      Bonilha CS. BCyto: a shiny app for flow cytometry data analysis [Internet]. Molecular and Cellular Probes. 2022 ; 65 1-5.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.mcp.2022.101848
  • Unidade: EP

    Subjects: CIRCUITOS FPGA, COMPUTAÇÃO EM NUVEM, BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, ALGORITMOS

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    • ABNT

      TENG, Carolina. Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Teng, C. (2022). Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/
    • NLM

      Teng C. Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine [Internet]. 2022 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/
    • Vancouver

      Teng C. Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine [Internet]. 2022 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/
  • Unidade: EACH

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, TEORIA DOS GRAFOS, ALGORITMOS

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    • ABNT

      PRAZERES, Ricardo Molinari dos. Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Prazeres, R. M. dos. (2022). Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/
    • NLM

      Prazeres RM dos. Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas [Internet]. 2022 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/
    • Vancouver

      Prazeres RM dos. Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas [Internet]. 2022 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/
  • Source: Plant secondary metabolism engineering. Methods in Molecular Biology. Unidade: ESALQ

    Subjects: ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA, CAFÉ, METABÓLITOS SECUNDÁRIOS, PROTEÍNAS DE PLANTAS, TERPENOS

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    • ABNT

      DOMINGUES, Douglas Silva et al. A Bioinformatics tool for tfficient retrieval of high-confidence terpene synthases (TPS) and application to the identification of TPS in coffea and quillaja. Plant secondary metabolism engineering. Methods in Molecular Biology. Tradução . New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo, 2022. v. 2469. . . Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Domingues, D. S., Oliveira, L. S., Lemos, S. M. C., Barros, G. C. C., & Ivamoto-Suzuki, S. T. (2022). A Bioinformatics tool for tfficient retrieval of high-confidence terpene synthases (TPS) and application to the identification of TPS in coffea and quillaja. In Plant secondary metabolism engineering. Methods in Molecular Biology (Vol. 2469). New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo. doi:10.1007/978-1-0716-2185-1_4
    • NLM

      Domingues DS, Oliveira LS, Lemos SMC, Barros GCC, Ivamoto-Suzuki ST. A Bioinformatics tool for tfficient retrieval of high-confidence terpene synthases (TPS) and application to the identification of TPS in coffea and quillaja. In: Plant secondary metabolism engineering. Methods in Molecular Biology. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2022. [citado 2025 nov. 15 ]
    • Vancouver

      Domingues DS, Oliveira LS, Lemos SMC, Barros GCC, Ivamoto-Suzuki ST. A Bioinformatics tool for tfficient retrieval of high-confidence terpene synthases (TPS) and application to the identification of TPS in coffea and quillaja. In: Plant secondary metabolism engineering. Methods in Molecular Biology. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2022. [citado 2025 nov. 15 ]
  • Unidade: FM

    Subjects: RADIAÇÃO IONIZANTE, SIMULAÇÃO, SOBREVIVÊNCIA CELULAR, BIOINFORMÁTICA, ALGORITMOS

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    • ABNT

      SITTONI, Misaki Yamada. Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Sittoni, M. Y. (2019). Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/
    • NLM

      Sittoni MY. Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/
    • Vancouver

      Sittoni MY. Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade [Internet]. 2019 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/
  • Source: Cell. Unidade: FMRP

    Subjects: NEOPLASIAS, MUTAÇÃO, GENOMAS, BIOINFORMÁTICA, ENTROPIA, ALGORITMOS

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      BAILEY, Matthew H. et al. Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations. Cell, v. 173, n. 2, p. 371-385.e1-e9, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.060. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Bailey, M. H., Noushmehr, H., Carlotti Júnior, C. G., Santos, J. S. dos, Kemp, R., Sankarankutty, A. K., & Tirapelli, D. P. da C. (2018). Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations. Cell, 173( 2), 371-385.e1-e9. doi:10.1016/j.cell.2018.02.060
    • NLM

      Bailey MH, Noushmehr H, Carlotti Júnior CG, Santos JS dos, Kemp R, Sankarankutty AK, Tirapelli DP da C. Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations [Internet]. Cell. 2018 ; 173( 2): 371-385.e1-e9.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.060
    • Vancouver

      Bailey MH, Noushmehr H, Carlotti Júnior CG, Santos JS dos, Kemp R, Sankarankutty AK, Tirapelli DP da C. Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations [Internet]. Cell. 2018 ; 173( 2): 371-385.e1-e9.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.060
  • Source: Proceedings. Conference titles: International Symposium on Computing and Networking - CANDAR. Unidade: ICMC

    Subjects: COMPUTAÇÃO EM NUVEM, ALGORITMOS, APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA

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    • ABNT

      OLIVEIRA, Edvard Martins de et al. Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds. 2017, Anais.. Los Alamitos: IEEE, 2017. Disponível em: https://doi.org/10.1109/CANDAR.2017.100. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Oliveira, E. M. de, Estrella, J. C., Costa, F. G. da, Delbem, A. C. B., & Reiff-Marganiec, S. (2017). Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds. In Proceedings. Los Alamitos: IEEE. doi:10.1109/CANDAR.2017.100
    • NLM

      Oliveira EM de, Estrella JC, Costa FG da, Delbem ACB, Reiff-Marganiec S. Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds [Internet]. Proceedings. 2017 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CANDAR.2017.100
    • Vancouver

      Oliveira EM de, Estrella JC, Costa FG da, Delbem ACB, Reiff-Marganiec S. Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds [Internet]. Proceedings. 2017 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CANDAR.2017.100
  • Unidade: IME

    Subjects: ALGORITMOS, GENOMAS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      CHAVES, Laécio Freitas. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Chaves, L. F. (2016). Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/
    • NLM

      Chaves LF. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos [Internet]. 2016 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/
    • Vancouver

      Chaves LF. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos [Internet]. 2016 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/
  • Source: Journal of Biomedical Informatics. Unidade: FFCLRP

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, ALGORITMOS

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    • ABNT

      TANAKA, Erica Akemi et al. A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics. Journal of Biomedical Informatics, v. 54, p. 85–95, 2015Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jbi.2014.12.011. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Tanaka, E. A., Nozawa, S. R., Macedo, A. A., & Baranauskas, J. A. (2015). A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics. Journal of Biomedical Informatics, 54, 85–95. doi:10.1016/j.jbi.2014.12.011
    • NLM

      Tanaka EA, Nozawa SR, Macedo AA, Baranauskas JA. A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics [Internet]. Journal of Biomedical Informatics. 2015 ; 54 85–95.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.jbi.2014.12.011
    • Vancouver

      Tanaka EA, Nozawa SR, Macedo AA, Baranauskas JA. A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics [Internet]. Journal of Biomedical Informatics. 2015 ; 54 85–95.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.jbi.2014.12.011
  • Source: Proceedings. Conference titles: ACM SIGAPP Symposium on on Applied Computing - SAC. Unidade: IME

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, ALGORITMOS, BIOLOGIA MOLECULAR

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    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      HÜBLER, Patricia et al. P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model. 2015, Anais.. New York: ACM, 2015. Disponível em: https://doi.org/10.1145/2695664.2695962. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Hübler, P., Ruiz, D. D., Ferreira, J. E., & Souza, O. N. de. (2015). P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model. In Proceedings. New York: ACM. doi:10.1145/2695664.2695962
    • NLM

      Hübler P, Ruiz DD, Ferreira JE, Souza ON de. P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model [Internet]. Proceedings. 2015 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1145/2695664.2695962
    • Vancouver

      Hübler P, Ruiz DD, Ferreira JE, Souza ON de. P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model [Internet]. Proceedings. 2015 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1145/2695664.2695962
  • Source: Proceedings. Conference titles: International Symposium on Biocomputing. Unidades: IME, EACH

    Subjects: ÁLGEBRA, ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      CANTÃO, Maurício E et al. Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects. 2010, Anais.. New York: ACM, 2010. Disponível em: https://doi.org/10.1145/1722024.1722066. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Cantão, M. E., Araújo, L. V. de, Lemos , E. G. M., & Ferreira, J. E. (2010). Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects. In Proceedings. New York: ACM. doi:10.1145/1722024.1722066
    • NLM

      Cantão ME, Araújo LV de, Lemos EGM, Ferreira JE. Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects [Internet]. Proceedings. 2010 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1145/1722024.1722066
    • Vancouver

      Cantão ME, Araújo LV de, Lemos EGM, Ferreira JE. Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects [Internet]. Proceedings. 2010 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1145/1722024.1722066
  • Unidade: EESC

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, ALGORITMOS, LÓGICA FUZZY

    Acesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      FACCIOLI, Rodrigo Antonio. Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas. 2007. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Faccioli, R. A. (2007). Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/
    • NLM

      Faccioli RA. Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas [Internet]. 2007 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/
    • Vancouver

      Faccioli RA. Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas [Internet]. 2007 ;[citado 2025 nov. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/
  • Source: JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. Unidades: IME, Interunidades em Bioinformática

    Subjects: HIV, DOADORES DE SANGUE, RESISTÊNCIA MICROBIANA ÀS DROGAS, ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      BARRETO, Claudia C et al. Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, v. 41, n. 3, p. 388-341, 2006Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1097/01.qai.0000199097.88344.50. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Barreto, C. C., Nishyia, A., Araújo, L. V. de, Ferreira, J. E., Busch, M. P., & Sabino, E. C. (2006). Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, 41( 3), 388-341. doi:10.1097/01.qai.0000199097.88344.50
    • NLM

      Barreto CC, Nishyia A, Araújo LV de, Ferreira JE, Busch MP, Sabino EC. Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil [Internet]. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. 2006 ; 41( 3): 388-341.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1097/01.qai.0000199097.88344.50
    • Vancouver

      Barreto CC, Nishyia A, Araújo LV de, Ferreira JE, Busch MP, Sabino EC. Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil [Internet]. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. 2006 ; 41( 3): 388-341.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://doi.org/10.1097/01.qai.0000199097.88344.50
  • Source: Genetics and Molecular Research. Unidades: IME, Interunidades em Bioinformática

    Subjects: HIV, BANCO DE DADOS RELACIONAIS, ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
    • ABNT

      ARAÚJO, Luciano Vieira de et al. DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 203-2153, 2006Tradução . . Disponível em: https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf. Acesso em: 15 nov. 2025.
    • APA

      Araújo, L. V. de, Soares, M. A., Oliveira, S. M., Chequer, P., Tanuri, A., Sabino, E. C., & Ferreira, J. E. (2006). DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil. Genetics and Molecular Research, 5( 1), 203-2153. Recuperado de https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf
    • NLM

      Araújo LV de, Soares MA, Oliveira SM, Chequer P, Tanuri A, Sabino EC, Ferreira JE. DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil [Internet]. Genetics and Molecular Research. 2006 ; 5( 1): 203-2153.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf
    • Vancouver

      Araújo LV de, Soares MA, Oliveira SM, Chequer P, Tanuri A, Sabino EC, Ferreira JE. DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil [Internet]. Genetics and Molecular Research. 2006 ; 5( 1): 203-2153.[citado 2025 nov. 15 ] Available from: https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf

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