Correlação da rede de interação de resíduos de HisF com sua estabilidade térmica: perspectivas estruturais e dinâmicas (2020)
- Authors:
- Autor USP: ALMEIDA, VITOR MEDEIROS - IQ
- Unidade: IQ
- DOI: 10.11606/T.46.2020.tde-19012022-154344
- Subjects: BIOQUÍMICA; PROTEÍNAS; MOLÉCULA
- Keywords: Allostery; Alosteria; Dinâmica Proteica; Estabilidade térmica de proteínas; Protein Dynamics; Protein Themostability; Rede de Interação de Resíduos; Residue Interaction Network
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Rede de Interações de Resíduos (RIN) tem sido usadas para prever e descrever diferentes aspectos da estrutura e função proteica. Uma característica muito estudada devido às suas aplicações biotecnológica é a termo estabilidade. Usamos como modelo a subunidade HisF do complexo enzimático Imidazol Glicerol Fosfato Sintase (IGPS) de Thermotoga maritima com o objetivo de estudar se existem correlações entre estabilidade térmica e parâmetros calculados a partir da RIN. Eigenvector Centrality se mostrou a melhor medida de centralidade para prever mudanças na constante de velocidade de desnaturação causada por mutações, com R² linear de até 0.78. Aprofundando o estudo do efeito das mutações na termo estabilidade, resolvemos a estrutura do mutante Y182A por cristalografia e realizamos experimentos de dinâmica molecular e RMN. Esta mutação causou poucas diferenças estruturais. Porém, foi suficiente para diminuir a correlação de movimento entre Cα da proteína em 200ns de simulação e diminuir a covariância de deslocamento químico em diferentes temperaturas, mostrando que a mutação causou perda global de conectividade na estrutura. Por dicroísmo circular identificamos um possível intermediário na desnaturação de HisF e de alguns mutantes.Finalmente, usando Calorimetria de Titulação Isotérmica (ITC), fluorescência e simulação de dinâmica molecular mostramos que a interação de HisF e HisH é maior em maiores temperaturas. Concluindo, sugerimos que resíduos com alta centralidade possuem um papel importante na manutenção da conectividade da estrutura terciária da proteína, característica essencial para a dissipação da energia aplicada no sistema com aumento de temperatura, consequentemente sua perda diminui a termo estabilidade
- Imprenta:
- Data da defesa: 02.12.2020
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
-
ABNT
ALMEIDA, Vitor Medeiros. Correlação da rede de interação de resíduos de HisF com sua estabilidade térmica: perspectivas estruturais e dinâmicas. 2020. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-19012022-154344/. Acesso em: 13 fev. 2026. -
APA
Almeida, V. M. (2020). Correlação da rede de interação de resíduos de HisF com sua estabilidade térmica: perspectivas estruturais e dinâmicas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-19012022-154344/ -
NLM
Almeida VM. Correlação da rede de interação de resíduos de HisF com sua estabilidade térmica: perspectivas estruturais e dinâmicas [Internet]. 2020 ;[citado 2026 fev. 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-19012022-154344/ -
Vancouver
Almeida VM. Correlação da rede de interação de resíduos de HisF com sua estabilidade térmica: perspectivas estruturais e dinâmicas [Internet]. 2020 ;[citado 2026 fev. 13 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-19012022-154344/ - Identificação de domínios em β-glicosidases GH1 através da análise de sua estabilidade
- Homodimerization of a glycoside hydrolase family GH1 β-glucosidase suggests distinct activity of enzyme different states
- Ionic strength modulates dimerization and enzyme activity of A-glycosidase
- Molecular dynamics reveals complex compensatory effects of ionic strength on the severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2 Spike/human angiotensin-converting enzyme 2 interaction
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.46.2020.tde-19012022-154344 (Fonte: oaDOI API)
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