Interações físico-químicas entre proteínas e aptâmeros: um estudo de simulações de dinâmica molecular clássica por meio da amostragem guarda-chuva (2024)
- Authors:
- Autor USP: ROMEIRO, RAFAEL RISNIK - EP
- Unidade: EP
- Sigla do Departamento: PQI
- Subjects: PROTEÍNAS; DNA; RNA
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A produção em escala industrial de biomoléculas é um dos grandes desafios da engenharia química nos últimos anos. A obtenção de proteínas, cadeias de DNA ou RNA e outras biomoléculas, em grande escala, abriu possibilidades de exploração em diversos campos científicos e tecnológicos. Não obstante, os desafios e problemas ainda existem e necessitam da investigação teórica e prática para serem superados, sendo um dos principais o processo de purificação destas moléculas ou a chamada cadeia de downstream. No presente trabalho estudou-se de forma computacional, por meio de simulações de dinâmica molecular guiada e seguida por amostragem guarda-chuva, a interação entre proteínas e aptâmeros utilizando, em particular, dois complexos formados com lisozima: os complexos 4M6D e 4M4O. Simulações computacionais foram realizados em cinco forças iônicas (de 0,1 $%&/( a 0,5 $%&/(, com incrementos de 0,1 mol/L). Os resultados, tanto da força aplicada na simulação guiada como do potencial de força média, mostraram que a estabilidade dos dois complexos é muito semelhante. A força aplicada apresenta um pico em uma distância de aproximadamente 4 a 6 ,$ entre proteína e aptâmero, decaindo até 8 ,$; o valor da força máxima decai com o aumento da força iônica. O comportamento do potencial de força média também dependente da força iônica e é compatível com o modelo de Stern, mostrando que as interações eletrostáticas são predominantes nessa formação dos complexos estudados, embora interações hidrofóbicas também aparentem desempenhar um papel relevante.
- Imprenta:
- Data da defesa: 17.10.2024
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ABNT
ROMEIRO, Rafael Risnik. Interações físico-químicas entre proteínas e aptâmeros: um estudo de simulações de dinâmica molecular clássica por meio da amostragem guarda-chuva. 2024. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-14032025-084943/pt-br.php. Acesso em: 30 dez. 2025. -
APA
Romeiro, R. R. (2024). Interações físico-químicas entre proteínas e aptâmeros: um estudo de simulações de dinâmica molecular clássica por meio da amostragem guarda-chuva (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-14032025-084943/pt-br.php -
NLM
Romeiro RR. Interações físico-químicas entre proteínas e aptâmeros: um estudo de simulações de dinâmica molecular clássica por meio da amostragem guarda-chuva [Internet]. 2024 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-14032025-084943/pt-br.php -
Vancouver
Romeiro RR. Interações físico-químicas entre proteínas e aptâmeros: um estudo de simulações de dinâmica molecular clássica por meio da amostragem guarda-chuva [Internet]. 2024 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-14032025-084943/pt-br.php - Proposta de um campo de forças coarse-grained para a previsão da estrutura nativa de baixa resolução de proteínas
- Theoretical detection of a HDA-LDA liquid-liquid transition phase for water using molecular simulation
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- Modelagem termodinâmica de sistemas associativos: avaliação da extensão da auto-associação de álcoois em misturas com compostos inertes por meio de dinâmica molecular
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