Análise filogenômica e comparativa de Endotrypanum schaudinni TCC224 (2020)
- Authors:
- Autor USP: VERGARA, PERCY OMAR TÚLLUME - ICB
- Unidade: ICB
- Sigla do Departamento: BMP
- Subjects: PROTOZOA; TRYPANOSOMATIDAE; FILOGENIA; ANIMAIS PARASITOS; LEISHMANIA; GENOMAS; MEMBRANAS CELULARES; PROTEÍNAS DA MEMBRANA
- Keywords: GP63; Endotrypanum; Leishmania; amastin; amastina; Endotrypanum; filogenômica; genômica; genomics; GP63; Leishmania; phylogenomics
- Language: Português
- Abstract: Endotrypanum spp. é um protozoário parasita hemoflagelado (Ordem Kinetoplastida, Família Trypanosomatidae) com ciclo de vida digenético. Parasitas dessa família são transmitidos pelos insetos vetores, como os flebótomos, e infectam hospedeiros vertebrados, invertebrados e plantas. Tanto os parasitas Endotrypanum quanto Leishmania infectam as preguiças dos gêneros Choloepus e Bradypus. E. schaudinni apresenta um estágio promastigota flagelado móvel, associado ao trato alimentar do inseto vector, e um estágio tripomastigota, encontrado dentro da hemácia da preguiça. Estudos de filogenia molecular demonstram que o gênero Endotrypanum está relativamente próximo do grupo de Leishmania conhecidas como Paraleishmania e que contém as chamadas "leishmânias enigmáticas", que receberam esta designação por estarem mais relacionadas ao gênero Endotrypanum. O objetivo principal deste trabalho é caracterizar e comparar o novo genoma de E. schaudinni TCC224 com os de outros tripanossomatídeos através de técnicas de genômica comparativa e filogenômica. Nossos resultados indicam que a montagem está em 10.088 contigs, com N50 de 6kb, e foram preditos 9.711 genes codificadores de proteínas, 1.086 genes de RNAs não codificadores, 86 tRNAs, 6 rRNAs. A análise de microsintenia mostrou que Endotrypanum mantém relação de sintenia com Leishmania spp, com ordem de gene conservada. Identificamos 8,769 grupos ortólogos entre os 12 isolados usados neste estudo. O core genome com 6,763 genes ortólogos foram identificados, tanto como 5,594 genes únicos.A análise filogenômica usando o método de máxima verossimilhança mediante a concatenação de 5,594 genes de cópia única confirma a posição taxonômica de E. schaudinni dentro a seção Paraleishmania junto com E. monterogeii. As categorizações funcionais exibiram diferença na categoria M, envolvida na biogênese parede celular/membrana/envelope do gênero Endotrypanum em comparação com Leishmania. Além disso, a categorização de domínios da família de genes relacionados com a função da membrana celular mostrou expansão no número de cópias, especificamente de GP46 e GP63. Nós ademais achamos poucas cópias de amastina em comparação com Leishmania. Em conclusão, as expansões e contrações da família de genes no gênero Endotrypanum, especialmente aquelas famílias envolvidas em atividades de superfície de membrana, seriam sinal de importantes adaptações em interações parasita-hospedeiro que provavelmente estariam envolvidas na co-evolução da preguiça com os tripanossomatídeos.
- Imprenta:
- Data da defesa: 19.10.2020
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ABNT
VERGARA, Percy Omar Tullume. Análise filogenômica e comparativa de Endotrypanum schaudinni TCC224. 2020. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-06092024-150425/. Acesso em: 15 out. 2024. -
APA
Vergara, P. O. T. (2020). Análise filogenômica e comparativa de Endotrypanum schaudinni TCC224 (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-06092024-150425/ -
NLM
Vergara POT. Análise filogenômica e comparativa de Endotrypanum schaudinni TCC224 [Internet]. 2020 ;[citado 2024 out. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-06092024-150425/ -
Vancouver
Vergara POT. Análise filogenômica e comparativa de Endotrypanum schaudinni TCC224 [Internet]. 2020 ;[citado 2024 out. 15 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-06092024-150425/
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