Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases (2023)
- Authors:
- Autor USP: MATOS, THIAGO KELVIN BRITO - IQSC
- Unidade: IQSC
- DOI: 10.11606/T.75.2023.tde-29012024-105644
- Subjects: QUÍMICA AMBIENTAL; BIOINFORMÁTICA
- Keywords: aprendizado de máquinas; bioinformática; bioinformatics; cheminformatics; computational chemistry; data mining; descoberta e planejamento de fármacos; drug discovery and drug design; machine learning; mineração de dados; química computacional; quimioinformática
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Inibidores de cisteíno proteases têm apresentado uma grande gama de atividades farmacológicas in vitro e in vivo devido à importância desta classe de alvos para processos fisiopatológicos no organismo humano, em parasitos e vírus. Este trabalho visa estabelecer modelos computacionais para a predição da atividade biológica e modo de interação de novos inibidores de cisteíno proteases, além da aplicação da quimioinformática usando modelos de aprendizado de máquinas para predizer a solubilidade em água de novas estruturas químicas. O trabalho foi baseado na mineração de dados referentes a inibidores de cisteíno catepsinas humanas (B, K, L, S) com definição de modelos qualitativos e/ou quantitativos para a predição da potência de novos inibidores de cisteíno proteases a serem sintetizados no grupo de pesquisa usando análise de fragmentos moleculares, docagem covalente e dinâmica molecular. Deste estudo, duas estruturas químicas foram selecionadas como mais promissoras para a inibição da catepsina L, a partir da modificação da região P3 da molécula visando a formação de uma ligação hidrogênio com o resíduo Gly61 no subsítio S3 da enzima. Outro estudo aplicou a docagem covalente em peptoides contendo nitrila, com a descrição da informação das interações intermoleculares e regiões com impedimento estérico que auxiliaram a compreensão do perfil bioativo desta série de inibidores de cisteíno proteases. A mesma estratégia foi aplicada em inibidor covalente da CALB, em um trabalho emcolaboração que descreveu pela primeira vez o sítio ativo desta enzima. Este trabalho também envolveu aprendizado de máquina com a utilização de um software generativo chamado DeepFrag, modelagem molecular, análise de ligantes e macromoléculas de forma a integrar um fluxograma de análise de uma nova estrutura química visando uma predição automatizada de alguns parâmetros farmacodinâmicos e farmacocinéticos a partir da representação estrutural inicial na qual uma nova série de inibidores foi gerada para melhorar a seletividade da inibição de catepsina L
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2023
- Data da defesa: 24.11.2023
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
MATOS, Thiago Kelvin Brito. Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases. 2023. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/. Acesso em: 29 dez. 2025. -
APA
Matos, T. K. B. (2023). Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/ -
NLM
Matos TKB. Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases [Internet]. 2023 ;[citado 2025 dez. 29 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/ -
Vancouver
Matos TKB. Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases [Internet]. 2023 ;[citado 2025 dez. 29 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/ - Síntese de inibidores reversíveis de cisteíno proteases para avaliação da atividade antileishmaniose
- Synthesis of Covalent Reversible Inhibitors of Cysteine Protease CPB
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Informações sobre o DOI: 10.11606/T.75.2023.tde-29012024-105644 (Fonte: oaDOI API)
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