Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases (2023)
- Authors:
- Autor USP: MATOS, THIAGO KELVIN BRITO - IQSC
- Unidade: IQSC
- DOI: 10.11606/T.75.2023.tde-29012024-105644
- Subjects: QUÍMICA AMBIENTAL; BIOINFORMÁTICA
- Keywords: aprendizado de máquinas; bioinformática; bioinformatics; cheminformatics; computational chemistry; data mining; descoberta e planejamento de fármacos; drug discovery and drug design; machine learning; mineração de dados; química computacional; quimioinformática
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Inibidores de cisteíno proteases têm apresentado uma grande gama de atividades farmacológicas in vitro e in vivo devido à importância desta classe de alvos para processos fisiopatológicos no organismo humano, em parasitos e vírus. Este trabalho visa estabelecer modelos computacionais para a predição da atividade biológica e modo de interação de novos inibidores de cisteíno proteases, além da aplicação da quimioinformática usando modelos de aprendizado de máquinas para predizer a solubilidade em água de novas estruturas químicas. O trabalho foi baseado na mineração de dados referentes a inibidores de cisteíno catepsinas humanas (B, K, L, S) com definição de modelos qualitativos e/ou quantitativos para a predição da potência de novos inibidores de cisteíno proteases a serem sintetizados no grupo de pesquisa usando análise de fragmentos moleculares, docagem covalente e dinâmica molecular. Deste estudo, duas estruturas químicas foram selecionadas como mais promissoras para a inibição da catepsina L, a partir da modificação da região P3 da molécula visando a formação de uma ligação hidrogênio com o resíduo Gly61 no subsítio S3 da enzima. Outro estudo aplicou a docagem covalente em peptoides contendo nitrila, com a descrição da informação das interações intermoleculares e regiões com impedimento estérico que auxiliaram a compreensão do perfil bioativo desta série de inibidores de cisteíno proteases. A mesma estratégia foi aplicada em inibidor covalente da CALB, em um trabalho emcolaboração que descreveu pela primeira vez o sítio ativo desta enzima. Este trabalho também envolveu aprendizado de máquina com a utilização de um software generativo chamado DeepFrag, modelagem molecular, análise de ligantes e macromoléculas de forma a integrar um fluxograma de análise de uma nova estrutura química visando uma predição automatizada de alguns parâmetros farmacodinâmicos e farmacocinéticos a partir da representação estrutural inicial na qual uma nova série de inibidores foi gerada para melhorar a seletividade da inibição de catepsina L
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2023
- Data da defesa: 24.11.2023
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
- Acessar versão aberta:
-
ABNT
MATOS, Thiago Kelvin Brito. Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases. 2023. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2023. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/. Acesso em: 12 abr. 2026. -
APA
Matos, T. K. B. (2023). Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/ -
NLM
Matos TKB. Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases [Internet]. 2023 ;[citado 2026 abr. 12 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/ -
Vancouver
Matos TKB. Integração de ferramentas em bio e quimioinformática para o estudo de inibidores de cisteíno proteases [Internet]. 2023 ;[citado 2026 abr. 12 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-29012024-105644/ - Síntese de inibidores reversíveis de cisteíno proteases para avaliação da atividade antileishmaniose
- Synthesis of Covalent Reversible Inhibitors of Cysteine Protease CPB
- Biocatalytic kinetic resolution to access enantiomerically enriched dihydropyrimidinone/thiones via recognition of a remote stereocentre
- Synthesis and matched molecular pair analysis of covalent reversible inhibitors of the cysteine protease CPB
- Nitrile-based peptoids as cysteine protease inhibitors
- Putative in silico binding modes of nitrile-based peptoids as cysteine protease inhibitors
Informações sobre a disponibilidade de versões do artigo em acesso aberto coletadas automaticamente via oaDOI API (Unpaywall).
Por se tratar de integração com serviço externo, podem existir diferentes versões do trabalho (como preprints ou postprints), que podem diferir da versão publicada.
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
