Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error (2022)
- Authors:
- Autor USP: MOURA, LIVIA MARIA SILVA - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.11606/T.95.2022.tde-19072022-153242
- Subjects: GENOMAS; MICROBIOLOGIA
- Keywords: Bioinformática; Bioinformatics; Curadoria; Curation; Ferramenta; Genome; Metagenome; Metagenomica; Microbiology; Tool
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: Diariamente, há uma grande quantidade de dados biológicos sendo gerados que trazem uma visão mais profunda do nosso mundo. Esse crescimento exponencial de informações trouxe muitos desafios, principalmente quando se trata de dados metagenômicos. Milhares de genomas montados a partir de dados metagenômicos (MAG) são recuperados anualmente, e muitos métodos tentam alcançar o melhor resultado possível por meio de abordagens de montagem e binning. Mas a pergunta que cada vez é mais frequente é: esses MAGS são confiáveis? A importância de ter dados de boa qualidade é inegável. A recuperação de MAGs confiáveis e completos, ou quase completos, fornece dados importantes para análises futuras e propósitos de pesquisa. Dentro desse cenário, gostaríamos de saber se é possível melhorar a qualidade das métricas dos MAGs quando comparadas ao estado da arte em dados seriados no tempo. Além disso, gostaríamos de desenvolver uma ferramenta capaz de localizar e corrigir erros de montagem, dessa forma auxiliando na curadoria genômica. Aqui, nós descrevemos uma abordagem de MAGs recuperados de dados seriados no tempo chamado "método de triagem", reduzindo drasticamente a recuperação de MAGs potencialmente não confiáveis. Além disso, apresentamos FixAME, uma ferramenta capaz de auxiliar na curadoria de sequências montadas de metagenoma, genoma único, conjunto de bins, fagos, arqueias ou qualquer organismo que contenha DNA de fita simples
- Imprenta:
- Data da defesa: 14.04.2022
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
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ABNT
MOURA, Livia Maria Silva. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error. 2022. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-153242/. Acesso em: 30 set. 2024. -
APA
Moura, L. M. S. (2022). Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-153242/ -
NLM
Moura LMS. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error [Internet]. 2022 ;[citado 2024 set. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-153242/ -
Vancouver
Moura LMS. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error [Internet]. 2022 ;[citado 2024 set. 30 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-19072022-153242/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.95.2022.tde-19072022-153242 (Fonte: oaDOI API)
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