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Tese

Análise comparativa de genomas de estirpes de Streptococcus suis isoladas de suínos no Brasil (2020)

  • Authors:
  • Autor USP: MATAJIRA, CARLOS EMILIO CABRERA - FMVZ
  • Unidade: FMVZ
  • Sigla do Departamento: VPS
  • Subjects: BRASIL; GENOMAS; STREPTOCOCCUS; SUÍNOS
  • Keywords: Antimicrobial resistance profile; Genome sequencing; Molecular genotyping; Sequenciamento de genoma; Serotyping; Virulence profile
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: Streptococcus suis é um patógeno de grande importância na indústria suína sendo capaz de provocar diferentes quadros clínicos em animais de várias idades e, além disso, também é considerado um agente zoonótico. Dessa forma, é de extrema importância a caracterização das estirpes que causam doença em suínos no Brasil. Os objetivos deste estudo foram a caracterização fenotípica e genotípica de 215 estirpes de S. suis isoladas entre os anos de 2001 e 2016, de suínos com sinais clínicos de infecção, provenientes de diferentes Estados do Brasil. Para tanto, as estirpes isoladas neste período e mantidas a -86C foram reativadas e submetidas à confirmação da identificação por PCR e espectrometria de massa MALDI-TOF. Em seguida, foi realizada sorotipagem molecular e a identificação de genes de virulência pela PCR, e a foi realizada a genotipagem pelas técnicas de AFLP e PFGE. Para a identificação dos perfis de resistência aos antimicrobianos foi utilizada a técnica de microdiluição em caldo, obtendo os valores de concentração inibitória mínima (CIM). A partir dos resultados fenotípicos e genotípicos foram selecionadas 24 estirpes para o sequenciamento do genoma utilizando a plataforma Illumina® MiSeq. O sorotipo mais frequentemente identificado foi o 2 / ½ (82,8%); seguido em menor proporção pelos sorotipos 3, 4, 6, 7, 8, 9, 18, 27, 28, 1 / 14, sendo apenas seis estirpes não tipaveis (NT). Para caracterização do perfil de virulência foram avaliados quatro genes sly, arcA, epf e asvariantes de mrp sendo identificados 11 perfis de virulência nas estirpes estudadas. A genotipagem por AFLP identificou 30 perfis genotípicos e a técnica de PFGE identificou 64 pulsotipos. Para ambas as técnicas não foi identificada uma correlação clara entre dados epidemiológicos e genotípicos, mas pode-se observar uma tendência de agrupamento das estirpes por ano de isolamento. A partir dos resultados de CIM foram identificados nove perfis de susceptibilidade aos antimicrobianos com 72,1% das estirpes classificadas como multirresistentes. Foram detectadas altas taxas de resistência às tetraciclinas, macrolídeos, clindamicina e sulfadimetoxina, enquanto beta-lactâmicos e florfenicol foram os antimicrobianos mais eficazes. A partir da análise genômica não foram detectados marcadores de plasmídeos e apenas três genes de resistência foram identificados nos genomas brasileiros; destaca-se o gene ermB, que codifica resistência à macrolídeos e lincosamidas, que foi detectado em 79,2% das estirpes estudadas. Foram identificadas oito novas sequências de alelos na MLST e uma nova combinação alélica, de tal forma que foram identificadas seis novas sequências tipo (STs) dentre os 24 genomas analisados. A partir do mapeamento das nove estirpes do sorotipo 2 foi identificado um elemento genético móvel (CMGETZ080501), relacionado à resistência aos antimicrobianos, em sete destas; as duas estirpes Brasileiras do sorotipo 2 que se diferenciam das demais (45 e 47) foram as mais sensíveis.Em relação às cinco estirpes do sorotipo 3, foi observado no mapeamento que duas destas se distanciam das demais e apresentam maior similaridade ao genoma da referência do sorotipo 4. Este resultado também foi verificado tanto na wgSNP quanto na análise da MLST, confirmando que a caraterização capsular de S. suis não deve ser utilizada como um indicativo de similaridade genética. Tendo em vista a variabilidade genética e a alta frequência de multirresistência identificada nas estirpes de S. suis circulantes no país, é possível avaliar as razões para que o controle do agente continue sendo um grande desafio para a suinocultura intensiva nacional.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 08.04.2020
    • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      MATAJIRA, Carlos Emilio Cabrera. Análise comparativa de genomas de estirpes de Streptococcus suis isoladas de suínos no Brasil. 2020. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-18012021-101329/. Acesso em: 09 out. 2024.

    • APA

      Matajira, C. E. C. (2020). Análise comparativa de genomas de estirpes de Streptococcus suis isoladas de suínos no Brasil (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-18012021-101329/

    • NLM

      Matajira CEC. Análise comparativa de genomas de estirpes de Streptococcus suis isoladas de suínos no Brasil [Internet]. 2020 ;[citado 2024 out. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-18012021-101329/

    • Vancouver

      Matajira CEC. Análise comparativa de genomas de estirpes de Streptococcus suis isoladas de suínos no Brasil [Internet]. 2020 ;[citado 2024 out. 09 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-18012021-101329/

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