Single-nucleotide polymorphism analysis to select conserved regions for an improved real-time reverse transcription–PCR test specific for Newcastle disease virus (2019)
- Authors:
- Autor USP: FERREIRA, HELENA LAGE - FZEA
- Unidade: FZEA
- DOI: 10.1637/aviandiseases-D-19-00071
- Subjects: DOENÇA DE NEWCASTLE; VÍRUS; DIAGNÓSTICO; REAÇÃO EM CADEIA POR POLIMERASE; POLIMORFISMO
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: Se llevó a cabo un enfoque bioinformático utilizando el análisis del polimorfismo de un nucleótido simple (SNP) para mejorar las pruebas actuales de transcripción reversa y PCR en tiempo real (RRT-PCR) para la detección rápida del virus de la enfermedad de Newcastle (NDV). Se analizaron un total de 422 genomas completos del virus de Newcastle utilizando la base de datos llamada Recursos en Patógenos Virales (Virus Pathogen Resource) para comparar la conservación de las secuencias de iniciadores y de sondas y para seleccionar regiones adecuadas para desarrollar nuevas pruebas de transcripción reversa y PCR en tiempo real. La sensibilidad y especificidad de las tres nuevas pruebas dirigidas a los genes de la nucleoproteína (NP) y de la polimerasa (L) se optimizaron y se compararon con las pruebas establecidas para la detección del virus de Newcastle. El análisis del polimorfismo de un nucleótido simple también se usó para identificar el número de discrepancias entre los iniciadores y sondas seleccionados con las secuencias completas del genoma del virus de Newcastle. El análisis del polimorfismo de un nucleótido simple, promediado sobre el iniciador o sonda completos, mostro que las secuencias de iniciadores y sondas de las tres pruebas nuevas estaban más conservadas que las secuencias de iniciadores y sondas de la prueba comúnmente utilizada dirigida al gene de la matriz (M). La prueba dirigida para la matriz se comparó con las pruebas nuevas mediante un panel de 46 virus, que comprendió 31 virus de Newcastle. El límite de detección (LOD) mostró un rango de 1.3 a 3.7 logaritmos de dosis infecciosas de embrión de pollo 50% usando cinco aislamientos de diferentes genotipos en todas las pruebas. Las dos pruebas dirigidas a los genes L y M detectaron tres de cinco aislamientos con los límites de detección más bajos. Las pruebas dirigidas a los genes NP y M mostraron las tasas más bajas ylas más altas de variantes genéticas, respectivamente, de entre todas las sondas. Debido a que es probable que las pruebas utilizadas actualmente pueden omitir algunos aislamientos, la disponibilidad de pruebas alternativas validadas proporciona alternativas para la detección de variantes virales que se pueden establecer rápidamente en los laboratorios de diagnóstico
- Imprenta:
- Publisher place: Jacksonville, FL
- Date published: 2019
- Source:
- Título: Avian Diseases
- ISSN: 0005-2086
- Volume/Número/Paginação/Ano: v. 63, n. 4, p. 625-633, 2019
- Status:
- Artigo possui versão em acesso aberto em repositório (Green Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão submetida (Pré-print)
- Acessar versão aberta:
-
ABNT
FERREIRA, Helena Lage e SUAREZ, David L. Single-nucleotide polymorphism analysis to select conserved regions for an improved real-time reverse transcription–PCR test specific for Newcastle disease virus. Avian Diseases, v. 63, n. 4, p. 625-633, 2019Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1637/aviandiseases-D-19-00071. Acesso em: 13 abr. 2026. -
APA
Ferreira, H. L., & Suarez, D. L. (2019). Single-nucleotide polymorphism analysis to select conserved regions for an improved real-time reverse transcription–PCR test specific for Newcastle disease virus. Avian Diseases, 63( 4), 625-633. doi:10.1637/aviandiseases-D-19-00071 -
NLM
Ferreira HL, Suarez DL. Single-nucleotide polymorphism analysis to select conserved regions for an improved real-time reverse transcription–PCR test specific for Newcastle disease virus [Internet]. Avian Diseases. 2019 ; 63( 4): 625-633.[citado 2026 abr. 13 ] Available from: https://doi.org/10.1637/aviandiseases-D-19-00071 -
Vancouver
Ferreira HL, Suarez DL. Single-nucleotide polymorphism analysis to select conserved regions for an improved real-time reverse transcription–PCR test specific for Newcastle disease virus [Internet]. Avian Diseases. 2019 ; 63( 4): 625-633.[citado 2026 abr. 13 ] Available from: https://doi.org/10.1637/aviandiseases-D-19-00071 - Identification of avian paramyxoviruses by a conventional RT-PCR in oropharyngeal and cloacal swabs from wild birds
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