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Tese

Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar (2015)

  • Authors:
  • Autor USP: NISHIYAMA JUNIOR, MILTON YUTAKA - BIOINFORMÁTICA
  • Unidade: BIOINFORMÁTICA
  • Assunto: BIOINFORMÁTICA
  • Keywords: Anotação funcional; Banco de dados; Bioinformática; Bioinformatics; Data integration; Data mining; Database; Functional annotation; Integração de dados; Microarray platform; Plataforma de microarranjo; Prospecção de dados; Sugarcane transcriptome; Transcriptoma cana-de- açúcar
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: A identificação de genes alvos, vias de sinalização e vias metabólicas para melhoramento de cana-de-açúcar associados a características de interesse, ainda são pouco conhecidos e estudados. Alguns estudos do transcriptoma através de plataformas de microarranjo têm buscado identificar listas de genes, para experimentos tecido- específico ou submetidos a condições de estresse bióticos e abióticos. Estudos pontuais destes dados tem sido associados a vias metabólicas ou vias de sinalização já descritas na literatura, de forma a identificar alterações relacionadas a padrões de expressão gênica. Porém, estas relações em cana-de-açúcar são pouco conhecidas e estudadas. O estudo e entendimento de cana-de-açúcar por meio da diversidade genética e de sua adaptação ao ambiente é um grande desafio, principalmente pela ausência de um genoma sequenciado e por possuir um genoma complexo. Apresentamos nossos resultados para tentar superar tais limitações e desafios para estudos de expressão gênica. Foram desenvolvidas metodologias para anotação funcional do transcriptoma, centradas na transferência de anotação, identificação de vias metabólicas e enzimas pelo método de similaridade bi-direcional, predição de genes full-length, análises de ortologia e desenho de oligonucleotídeos para microarranjos customizados, resultando no ORFeoma de cana-de-açúcar, na identificação e classificação de famílias de fatores de transcrição e identificação de genes ortólogos entre gramíneas. Além disso,desenvolvemos uma plataforma para processamento e análise automatizada de experimentos por microarranjo, para armazenamento, recuperação e integração com a anotação funcional. Adicionalmente desenvolvemos e implementamos métodos para seleção de genes diferencialmente e significativamente expressos, e abordagens para análise de enriquecimento de categorias, e escores de atividade de vias metabólicas. De forma a integrar a anotação funcional do transcriptoma aos estudos por expressão gênica, desenvolvemos a plataforma CaneRegNet e uma interface para integração desta rede de dados biológicos e conhecimentos, composta por aplicativos para consulta e prospecção de dados por análises de agrupamento e correlação entre experimentos de microarranjo, possibilitando a geração de novas hipóteses e predições dentro da organização da regulação celular
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 13.04.2015
    • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      NISHIYAMA JUNIOR, Milton Yutaka. Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar. 2015. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2015. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28032016-154802/. Acesso em: 15 out. 2024.

    • APA

      Nishiyama Junior, M. Y. (2015). Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28032016-154802/

    • NLM

      Nishiyama Junior MY. Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar [Internet]. 2015 ;[citado 2024 out. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28032016-154802/

    • Vancouver

      Nishiyama Junior MY. Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar [Internet]. 2015 ;[citado 2024 out. 15 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28032016-154802/

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