Sequenciamento de nova geração dos pontos de quebra do DNA para investigação dos mecanismos de formação em rearranjos genômicos (2019)
- Authors:
- Autor USP: NOVO FILHO, GIL MONTEIRO - FM
- Unidade: FM
- Sigla do Departamento: MPT
- Subjects: SEQUÊNCIA DO DNA; DNA; NUCLEOTÍDEOS; DELEÇÃO DE GENES; ANÁLISE DE SEQUÊNCIA DE DNA; GENOMAS
- Keywords: Chromosome breakpoints; Gene rearrangement; Genomic structural variation; High-throughput nucleotide sequencing; Pontos de quebra do cromossomo; Rearranjo gênico; Sequence analysis DNA; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; Variação estrutural do genoma
- Language: Português
- Abstract: Rearranjos genômicos são alterações estruturais na molécula de DNA e podem ser a causa de inúmeras doenças genéticas. O mecanismo gerador dessas alterações é bem variável. Ele pode ser recorrente, por intermédio de low copy repeats (LCRs), resultando num rearranjo causado por recombinação homóloga não-alélica (NAHR), ou não recorrente, ou seja, sem intermédio de um hotspot. Dentre os mecanismo não recorrentes temos: a junção das extremidades não-homólogas (NHEJ - non-homologous end joining) e a junção mediada por micro-homologia (MMEJ - microhomology-mediated end joining), a replicação em série por deslizamento (SRS), a SRS induzida por quebra (BISRS), a replicação induzida pela quebra de DNA por homologia (MMBIR - microhomology-mediated break induced replication), o enrolamento da forquilha de replicação e mudança de molde de DNA (FoSTeS - fork stalling and template switching). A análise dos pontos de quebra dos rearranjos genômicos pode fornecer informações importantes para uma maior compreensão da arquitetura genômica e seu papel na geração das anormalidades estruturais. O objetivo deste trabalho foi sequenciar os pontos de quebra genômicos a fim de identificar o mecanismo formador das alterações encontradas. Para isso, investigamos o panorama estrutural de 10 pacientes por sequenciamento por meio de linked reads (10X Genomics) e sequenciamos os pontos de quebra previamente identificados por array CytoSNP-12 (Illumina) de 12 pacientes com rearranjos genômicos estruturais porutilizando a captura por Nextera Rapid Capture (Illumina). A investigação por linked reads revelou rearranjos estruturais em 5 pacientes, destacando translocações encontradas em dois pacientes, impossíveis de serem detectadas por metodologias de sequenciamento que não envolva long reads. Foi possível sugerir os mecanismos causadores dessas alterações como NHEJ. O sequenciamento após a captura por Nextera foi capaz de identificar elementos que permitiram definir o mecanismo em três pacientes (NAHR E FoSTeS/MMBIR) e sugerir em mais dois pacientes (NHEJ). Com a estratégia utilizada foi possível sequenciar pontos de quebra por meio do flanqueamento das regiões identificadas por array, identificar os elementos genômicos presentes nos pontos de quebra e os mecanismos formadores dessas alterações
- Imprenta:
- Data da defesa: 25.02.2019
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ABNT
NOVO FILHO, Gil Monteiro. Sequenciamento de nova geração dos pontos de quebra do DNA para investigação dos mecanismos de formação em rearranjos genômicos. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-07052019-105038/. Acesso em: 05 out. 2024. -
APA
Novo Filho, G. M. (2019). Sequenciamento de nova geração dos pontos de quebra do DNA para investigação dos mecanismos de formação em rearranjos genômicos (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-07052019-105038/ -
NLM
Novo Filho GM. Sequenciamento de nova geração dos pontos de quebra do DNA para investigação dos mecanismos de formação em rearranjos genômicos [Internet]. 2019 ;[citado 2024 out. 05 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-07052019-105038/ -
Vancouver
Novo Filho GM. Sequenciamento de nova geração dos pontos de quebra do DNA para investigação dos mecanismos de formação em rearranjos genômicos [Internet]. 2019 ;[citado 2024 out. 05 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-07052019-105038/ - Estudo das variações no número de cópias (CNVs) das regiões subteloméricas em portadores de malformações congênitas e deficiência intelectual
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