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Inherited copy number variation in the chicken genome and association with breast muscle traits (2018)

  • Authors:
  • Autor USP: GODOY, THAíS FERNANDA - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LZT
  • Subjects: FRANGOS DE CORTE; GALINHAS; GENOMAS; GENÔMICA; HERDABILIDADE; MARCADOR MOLECULAR; MÚSCULOS; POLIMORFISMO
  • Language: Inglês
  • Abstract: A variação de número de cópias (CNV) é um polimorfismo importante que está associado a uma ampla gama de características em seres humanos, espécies selvagens e domésticas. Em frango, que é uma importante fonte de proteína e considerado um modelo biológico, CNVs foram associados a vários fenótipos e passos evolutivos. No entanto, nenhum estudo foi realizado para a identificação e caracterização da herança da CNV no genoma da galinha. Identificamos as CNVs no genoma da galinha usando duas populações experimentais e com pedigree conhecido: uma população de frangos de corte e uma F2. Em 826 frangos de corte, identificamos 25.819 CNVs (4.299 deleções e 21.520 duplicações), dos quais 21.077 foram herdados, 201 não foram herdados e 4.541 foram CNVs denominados de novo. Em 514 animais F2, identificamos 21.796 CNVs (2.254 deleções e 19.543 duplicações) das quais 18.230 foram herdadas, 587 não foram herdadas e 2.979 foram de novo CNVs. Após a etapa de filtragem nos de novo CNVs, apenas 220 (4,84%) e 430 (14,43%) permaneceram nas populações de frango de corte e F2, respectivamente. Um total de 33,11% (50 de 151) das CNV identificadas por dados de genotipagem em dez animais foram validados por dados de sequenciamento. Dos validados, 64% tinham mais de 80% do tamanho (pb) validados. Um total de 59% e 48,8% foram classificados como novas regiões de CNVs (CNVRs) nas populações de frango de corte e F2, respectivamente. Considerando os p-values corrigidos por Bonferroni para testes múltiplose estatisticamente significativos (≤ 0,01), encontramos dois segmentos de CNV significativamente associados ao peso do peito, um ao rendimento de peso de peito, seis ao peso de carne de peito, 18 ao rendimento de carne de peito, quatro ao peso de filé de peito e dois ao rendimento do filé de peito. Esses segmentos de CNV significativamente associados estão sobrepostos com 181 genes codificadores de proteínas. O CNVseg 300, que foi associado a todas as características e abrange seis CNVRs, foram sobrepostos a um total de 26 genes codificadores de proteínas. Entre estes genes, o gene MYL1 (Myosin Light Chain 1) é expresso nas fibras rápidas do músculo esquelético, e os genes MLPH (Melanophilin), PRLH (Prolactin Releasing Hormone) e RAB17 (Member RAS Oncogene Family), que foram anteiromente associados ao fenótipo de cor azul acinzentado de penas e à regulação da homeotermia e do metabolismo. O presente estudo melhora o conhecimento sobre CNVs no genoma de frango, especialmente sobre a distribuição de CNV herdadas, não herdadas e de novo, em duas populações experimentais de frango. Além disso, a associação genômica foi a primeira realizada na população de frangos de corte com características do músculo do peito, que são muito importantes para a avicultura. Os resultados do GWAS nos permitem compreender a provável relação entre alguns genes e CNVRs que foram significativamente associados às características do músculo do peito
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 08.03.2018
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      GODOY, Thaís Fernanda; COUTINHO, Luiz Lehmann. Inherited copy number variation in the chicken genome and association with breast muscle traits. 2018.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2018. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-26072018-112650/ >.
    • APA

      Godoy, T. F., & Coutinho, L. L. (2018). Inherited copy number variation in the chicken genome and association with breast muscle traits. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-26072018-112650/
    • NLM

      Godoy TF, Coutinho LL. Inherited copy number variation in the chicken genome and association with breast muscle traits [Internet]. 2018 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-26072018-112650/
    • Vancouver

      Godoy TF, Coutinho LL. Inherited copy number variation in the chicken genome and association with breast muscle traits [Internet]. 2018 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-26072018-112650/


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