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Genome-wide association studies reveal genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in chickens (2018)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: MOREIRA, GABRIEL COSTA MONTEIRO - ESALQ
  • Unidades: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LZT
  • Subjects: CARCAÇA; GALINHAS; GENES; GENÔMICA; GORDURAS; HERDABILIDADE; MARCADOR MOLECULAR; MAPEAMENTO GENÉTICO
  • Language: Inglês
  • Abstract: O excesso de deposição de gordura é um fator negativo para a produção de aves, o que afeta a eficiência alimentar e consequentemente os custos da produção de carne. A incorporação das ferramentas genômicas em programas de melhoramento de aves pode ajudar a acelerar a seleção para aumentar a eficiência da produção. Neste contexto, genotipamos cerca de 2.000 aves de 42 dias de duas populações diferentes (população F2 experimental brasileira e população de corte referência TT) usando um chip de SNPs de alta densidade (600K, Affymetrix) para estimar a herdabilidade genômica de características relacionadas à deposição de gordura, para identificar regiões genômicas e genes candidatos posicionais (PCGs) associados a essas características. Realizamos análises de associação genômica ampla (GWAS) usando o programa GenSel (abordagem Bayesiana) para identificar janelas genômicas de 1 Mb associadas com características de gordura abdominal, pele e conteúdo de gordura na carcaça. A busca por PCGs foi feita dentro de cada janela genômica associada, considerando os Gene Ontology (GO) terms e também a informação da literatura. Integramos neste estudo NGS-SNPs identificados em animais parentais de ambas as populações, e além disso, regiões de assinaturas de seleção identificadas na população F2 experimental brasileira para refinar a lista de PCGs. Os valores de herdabilidade genômica para as características relacionadas à gordura foram de moderado a alto (maior que 0,30). Identificamos QTLpara características de gordura abdominal, pele e conteúdo de gordura na carcaça contendo PCGs envolvidos em processos biológicos de deposição de gordura. Identificamos vários NGS-SNPs anotados em regiões potencialmente funcionais em nossos PCGs e alguns desses foram preditos como mutações deletérias e de alto impacto. Além disso, alguns genes se sobrepuseram com regiões de assinatura de seleção na população F2 experimental brasileira. Foram identificados importantes genes candidatos para a deposição de gordura, fornecendo novos insights para alcançar uma melhor compreensão do controle genético da deposição de gordura em frangos
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 09.03.2018
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    • ABNT

      MOREIRA, Gabriel Costa Monteiro; COUTINHO, Luiz Lehmann. Genome-wide association studies reveal genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in chickens. 2018.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2018. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-17072018-191146/ >.
    • APA

      Moreira, G. C. M., & Coutinho, L. L. (2018). Genome-wide association studies reveal genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in chickens. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-17072018-191146/
    • NLM

      Moreira GCM, Coutinho LL. Genome-wide association studies reveal genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in chickens [Internet]. 2018 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-17072018-191146/
    • Vancouver

      Moreira GCM, Coutinho LL. Genome-wide association studies reveal genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in chickens [Internet]. 2018 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-17072018-191146/


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