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Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento (2017)

  • Authors:
  • Autor USP: MENEGATTO, LEONARDO SARTORI - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LGN
  • Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; GENÔMICA; GENÓTIPOS; POLIMORFISMO; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; VARIAÇÃO GENÉTICA EM PLANTAS
  • Language: Português
  • Abstract: A cana-de-açúcar (Saccharum ssp.) é uma cultura valiosa na produção de alimento, fibra e energia para o Brasil e, especialmente, para o estado de São Paulo. Com o advento da biotecnologia, alternativas de melhoramento genético têm despertado a atenção da comunidade científica, sendo etapas cruciais para tais avanços o sequenciamento e a caracterização do genoma das espécies cultivadas. Dada sua natureza poliploide, com frequente aneuploidia, a cana-de-açúcar apresenta dificuldades às práticas convencionais em genômica, de maneira que é vantajoso fazer uso de recursos de sequenciamento de nova geração e de espécies próximas para elucidar de forma mais efetiva o genoma da gramínea. Uma contribuição interessante, nesse sentido, é a caracterização funcional de polimorfismos genéticos existentes entre genótipos do gênero Saccharum, auxiliando investigações relacionadas à genômica de poliploides complexos, desenvolvendo um recurso a ser utilizado futuramente por melhoristas. Esse trabalho realizou a caracterização da variabilidade genômica a partir de dados genotípicos de indivíduos do Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar, obtidos via genotipagem-por-sequenciamento, utilizando como referência o genoma já sequenciado do sorgo. Os sítios variantes (sobretudo polimorfismos de nucleotídeo único) foram detectados com o software FreeBayes e suas possíveis funções e posições foram anotadas com o programa SnpEff. Utilizaram-se estatísticas de genética de populações, como afrequência alélica para várias classes de polimorfimo, o Teste de McDonald & Kreitman (busca de evidêcias de evolução adaptativa) e a heterozigosidade combinada (busca de regiões genômicas com assinatura de seleção), de modo a identificar regiões genômicas potencialmente envolvidas em eventos evolutivos. Os resultados demonstraram a perda de variabilidade entre os genótipos melhorados em relação aos ancestrais, com evidências de assinaturas de seleção, envolvendo questões sensíveis ao funcionamento da maquinaria celular (como respiração e fotossíntese) e a características valoradas para a cultura (destacando-se a resistência a patógenos e a biossíntese da sacarose). Tais indícios fornecem subsídios à compreensão do genoma e ao melhoramento genético desse poliploide
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 24.02.2017
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      MENEGATTO, Leonardo Sartori; MARGARIDO, Gabriel Rodrigues Alves. Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento. 2017.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2017. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/ >.
    • APA

      Menegatto, L. S., & Margarido, G. R. A. (2017). Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/
    • NLM

      Menegatto LS, Margarido GRA. Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/
    • Vancouver

      Menegatto LS, Margarido GRA. Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/

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