Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento (2017)
- Authors:
- Autor USP: MENEGATTO, LEONARDO SARTORI - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; GENÔMICA; GENÓTIPOS; POLIMORFISMO; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; VARIAÇÃO GENÉTICA EM PLANTAS
- Language: Português
- Abstract: A cana-de-açúcar (Saccharum ssp.) é uma cultura valiosa na produção de alimento, fibra e energia para o Brasil e, especialmente, para o estado de São Paulo. Com o advento da biotecnologia, alternativas de melhoramento genético têm despertado a atenção da comunidade científica, sendo etapas cruciais para tais avanços o sequenciamento e a caracterização do genoma das espécies cultivadas. Dada sua natureza poliploide, com frequente aneuploidia, a cana-de-açúcar apresenta dificuldades às práticas convencionais em genômica, de maneira que é vantajoso fazer uso de recursos de sequenciamento de nova geração e de espécies próximas para elucidar de forma mais efetiva o genoma da gramínea. Uma contribuição interessante, nesse sentido, é a caracterização funcional de polimorfismos genéticos existentes entre genótipos do gênero Saccharum, auxiliando investigações relacionadas à genômica de poliploides complexos, desenvolvendo um recurso a ser utilizado futuramente por melhoristas. Esse trabalho realizou a caracterização da variabilidade genômica a partir de dados genotípicos de indivíduos do Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar, obtidos via genotipagem-por-sequenciamento, utilizando como referência o genoma já sequenciado do sorgo. Os sítios variantes (sobretudo polimorfismos de nucleotídeo único) foram detectados com o software FreeBayes e suas possíveis funções e posições foram anotadas com o programa SnpEff. Utilizaram-se estatísticas de genética de populações, como afrequência alélica para várias classes de polimorfimo, o Teste de McDonald & Kreitman (busca de evidêcias de evolução adaptativa) e a heterozigosidade combinada (busca de regiões genômicas com assinatura de seleção), de modo a identificar regiões genômicas potencialmente envolvidas em eventos evolutivos. Os resultados demonstraram a perda de variabilidade entre os genótipos melhorados em relação aos ancestrais, com evidências de assinaturas de seleção, envolvendo questões sensíveis ao funcionamento da maquinaria celular (como respiração e fotossíntese) e a características valoradas para a cultura (destacando-se a resistência a patógenos e a biossíntese da sacarose). Tais indícios fornecem subsídios à compreensão do genoma e ao melhoramento genético desse poliploide
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2017
- Data da defesa: 24.02.2017
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ABNT
MENEGATTO, Leonardo Sartori. Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/. Acesso em: 18 set. 2024. -
APA
Menegatto, L. S. (2017). Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/ -
NLM
Menegatto LS. Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento [Internet]. 2017 ;[citado 2024 set. 18 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/ -
Vancouver
Menegatto LS. Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar Saccharum spp. através de genotipagem-por-sequenciamento [Internet]. 2017 ;[citado 2024 set. 18 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-03082017-111357/
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