Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria "Burkholderia saccari" (2016)
- Authors:
- Autor USP: ALEXANDRINO, PAULO MOISÉS RADUAN - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- DOI: 10.11606/D.95.2016.tde-20230725-114604
- Assunto: BIOINFORMÁTICA
- Language: Português
- Abstract: Burkholderia sacchari é uma bactéria que naturalmente produz polihidroxialcanoatos (PHAs) como reserva de carbono e de energia. PHAs são uma classe de polímeros biodegradáveis que apre- sentam uma série de aplicações industriais e B. sacchari se mostrou um organismo promissor para a produção em larga escala do polímero. Recentemente, o genoma da bactéria foi sequenciado, abrindo a possibilidade para a reconstrução de sua rede metabólica em escala genômica, o que po- deria contribuir para o entendimento da fisiologia da bactéria, com implicações para sua melhoria genética visando a produção mais eficiente de PHAs. Desse modo, o primeiro objetivo deste tra- balho é reconstruir a rede metabólica da bactéria Burkholderia sacchari a partir de seu conteúdo genômico. Para isso, o genoma sequenciado foi montado e anotado. A montagem foi feita usando 28 tratamentos diferentes que foram avaliados de acordo com três critérios: métricas de tamanho da montagem, critério de qualidade da montagem, e completude da anotação. Os três critérios fo- ram usados como filtros para eleger a melhor montagem. O genoma eleito foi então usado para a reconstrução automática da rede metabólica usando a ferramenta ModelSEED, resultando em uma rede composta por 1512 reações e 1890 metabólitos. Em seguida, a reconstrução obtida foi sujeita à adequação de vocabulário por meio da plataforma MetaNetX, onde também foram realizadas dois tipos de análise da rede. A análise de balanço de fluxo mostrou que o modelo suporta crescimento. A análise de nocautes de reações mostrou uma inconsistência no metabolismo de trealose. Assim, curou-se manualmente a reconstrução e foi constatada uma falha na anotação da enzima fosfoglu- comutase, que foi considerada como candidata à reanotação.O processo de curadoria desta enzima indicou duas lacunas: a dificuldade em se percorrer a via de uma maneira interativa e a dificuldade em se modificar a reconstrução. Em decorrência das dificuldades encontradas, o segundo objetivo deste trabalho foi propor urna forma de representar a reconstrução de B. sacchari visando superar as lacunas encontradas. A forma proposta foi através de um banco de dados orientado a grafo e os resultados indicaram que esta representação consegue facilitar a tarefa de curadoria manual que precisará ser feita em trabalhos futuros de refinamento da reconstrução.
- Imprenta:
- Data da defesa: 15.04.2016
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo é de acesso aberto
- URL de acesso aberto
- Cor do Acesso Aberto: gold
- Licença: cc-by-nc-sa
-
ABNT
ALEXANDRINO, Paulo Moises Raduan. Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria "Burkholderia saccari". 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114604/. Acesso em: 05 out. 2024. -
APA
Alexandrino, P. M. R. (2016). Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria "Burkholderia saccari" (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114604/ -
NLM
Alexandrino PMR. Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria "Burkholderia saccari" [Internet]. 2016 ;[citado 2024 out. 05 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114604/ -
Vancouver
Alexandrino PMR. Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria "Burkholderia saccari" [Internet]. 2016 ;[citado 2024 out. 05 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114604/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.95.2016.tde-20230725-114604 (Fonte: oaDOI API)
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
