Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila <i>Thermotoga maritima</i> (2016)
- Authors:
- Autor USP: SALCEDO, DAVID LEANDRO PALOMINO - IFSC
- Unidade: IFSC
- Sigla do Departamento: FCI
- Subjects: PROTEÍNAS; SIMULAÇÃO; CRISTALOGRAFIA
- Keywords: Analises de modos normais; Crytallographic temperature factors; Dinâmica molecular de proteínas; Fatores de temperatura cristalográficos; Normal mode analysis; Protein molecular dynamics; RMSD; Thermotoga maritima; TM1030
- Language: Português
- Abstract: A Thermotoga marítima (Tm) é uma bactéria que vive em temperaturas na faixa dos 65 até 90°C, com temperatura ótima do redor dos 80°C. A proteína TM1030 de Tm, é um regulador transcricional da família TetR (Tetracycline repressor protein) reguladores da expressão génica das proteínas TetA e TetB (Tetracycline resistance protein). Neste trabalho se rodarem 200ns de trajetória de dinâmica molecular a três temperaturas (293, 323 e 353K) da proteína TM1030 (PDB-1Z77) usando o pacote GROMACS com o potencial Amber99 e solvente explicito numa caixa cúbica com 90Å de comprimento, observando que RMSD da estrutura média da trajetória é menor em relação à estrutura cristalográfica, além disso que num primer momento esse RMSD tem uma mudança grande e que se estabiliza com uma maior velocidade nas maiores temperaturas. Também foi feito um analise de modos normais na mesma estrutura usando o mesmo potencial, mas com solvente implícito, usando o modelo GBSA, minimizando a estrutura até ter um coeficiente de força média de 6,4x10-8J·mol-1·cm-1 que assegura um bom mínimo local. Das trajetórias simuladas a partir das 6 menores frequências se achou uma relação com os movimentos observados nas dinâmicas moleculares e os esperados na transição alostérica entre as duas estruturas cristalográficas. Finalmente se calculam os fatores de temperatura das três trajetórias de dinâmica molecular, observando que seus esses fatores de temperatura aumentam com o aumento datemperatura, contrario do esperado da cristalografia onde diminuam com o aumento da temperatura do sistema
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2016
- Data da defesa: 19.01.2016
-
ABNT
SALCEDO, David Leandro Palomino. Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila <i>Thermotoga maritima</i>. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-04052016-160345/. Acesso em: 26 abr. 2024. -
APA
Salcedo, D. L. P. (2016). Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila <i>Thermotoga maritima</i> (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-04052016-160345/ -
NLM
Salcedo DLP. Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila <i>Thermotoga maritima</i> [Internet]. 2016 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-04052016-160345/ -
Vancouver
Salcedo DLP. Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila <i>Thermotoga maritima</i> [Internet]. 2016 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-04052016-160345/ - Simulações computacionais na proteína TM1030 da bactéria hipertermófila <i>Thermotoga maritima</i>
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