Anotação probabilística de perfis de metabólitos obtidos por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas (2014)
- Authors:
- Autor USP: SILVA, RICARDO ROBERTO DA - FMRP
- Unidade: FMRP
- Sigla do Departamento: RGE
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; ANÁLISE MULTIVARIADA; ESTATÍSTICA; ESPECTROMETRIA DE MASSAS
- Language: Português
- Abstract: A metabolômica é uma ciência emergente na era pós-genômica que almeja a análise abrangente de pequenas moléculas orgânicas em sistemas biológicos. Técnicas de cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas (LC-MS) figuram como as abordagens de amostragem mais difundidas. A extração e detecção simultânea de metabólitos por LC-MS produz conjuntos de dados complexos que requerem uma série de etapas de pré-processamento para que a informação possa ser extraída com eficiência e precisão. Para que as abordagens de perfil metabólico não direcionado possam ser efetivamente relacionadas às alterações de interesse no metabolismo, é estritamente necessário que os metabólitos amestrados sejam anotados com confiabilidade e que a sua inter-relação seja interpretada sob a pressuposição de uma amostra conectada do metabolismo. Diante do desafio apresentado, a presente tese teve por objetivo desenvolver um arcabouço de software, que tem como componente central um método probabilístico de anotação de metabólitos que permite a incorporação de fontes independentes de informações espectrais e conhecimento prévio acerca do metabolismo. Após a classificação probabilística, um novo método para representar a distribuição de probabilidades a posteriori em forma de grafo foi proposto. Uma biblioteca de métodos para o ambiente R, denominada ProbMetab (Probilistic Metabolomics), foi criada e disponibilizada de forma aberta e gratuita. Utilizando o software ProbMetab para analisar um conjunto de dados benchmark com identidades dos compostos conhecidas de antemão, demonstramos que até 90% das identidades corretas dos metabólitos estão presentes entre as três maiores probabilidades. Portanto, pode-se enfatizar a eficiência da disponibilização da distribuição de probabilidades a posteriori em lugar da classificação simplista usualmente adotada na área de metabolômica,em que se usa apenas o candidato de maior probabilidade. Numa aplicação à dados reais, mudanças em uma via metabólica reconhecidamente relacionada a estresses abióticos em plantas (Biossíntese de Flavona e Flavonol) foram automaticamente detectadas em dados de cana-de-açúcar, demonstrando a importância de uma visualização centrada na distribuição a posteriori da rede de anotações dos metabólitos.
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2014
- Data da defesa: 16.04.2014
-
ABNT
SILVA, Ricardo Roberto da. Anotação probabilística de perfis de metabólitos obtidos por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas. 2014. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2014. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-21052014-140921/. Acesso em: 02 out. 2024. -
APA
Silva, R. R. da. (2014). Anotação probabilística de perfis de metabólitos obtidos por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-21052014-140921/ -
NLM
Silva RR da. Anotação probabilística de perfis de metabólitos obtidos por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas [Internet]. 2014 ;[citado 2024 out. 02 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-21052014-140921/ -
Vancouver
Silva RR da. Anotação probabilística de perfis de metabólitos obtidos por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas [Internet]. 2014 ;[citado 2024 out. 02 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-21052014-140921/ - A multi-omics characterization of the natural product potential of tropical filamentous marine cyanobacteria
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