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Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais (2014)

  • Authors:
  • Autor USP: RIBEIRO, ADÈLE HELENA - IME
  • Unidade: IME
  • Sigla do Departamento: MAC
  • Assunto: COMPUTAÇÃO GRÁFICA
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: Toda medida, desde que feita por um instrumento real, tem uma imprecisão associada. Neste trabalho, abordamos a questão das imprecisões em experimentos de microarranjos de cDNA de dois canais, uma tecnologia que tem sido muito explorada nos últimos anos e que ainda é um importante auxiliar nos estudos de expressões gênicas. Dezenas de milhares de representantes de genes são impressos em uma lâmina de vidro e hibridizados simultaneamente com RNA mensageiro de duas amostras diferentes de células. Essas amostras são marcadas com corantes uorescentes diferentes e a lâmina, após a hibridização, é digitalizada, obtendo-se duas imagens. As imagens são analisadas com programas especiais que segmentam os locais que estavam os genes e extraem estatísticas dos píxeis de cada local. Por exemplo, a média, a mediana e a variância das intensidades do conjunto de píxeis de cada local (o mesmo é feito normalmente para uma área em volta de cada local, chamada de fundo). Estimadores estatísticos como o da variância nos dão uma estimativa de quão precisa é uma certa medida. Uma vez de posse das estimativas das intensidades de cada local, para se obter a efetiva express ão de um gene, algumas transformações são feitas nos dados de forma a eliminar variabilidades sistemáticas. Neste trabalho, mostramos como podem ser feitas as análises a partir de uma medida de expressão gênica com um erro estimado. Mostramos como estimar essa imprecisão e estudamos, em termos de propagação da imprecisão, os efeitos de algumas transformações realizadas nos dados, por exemplo, a remoção do viés estimado pelo método de regressão local robusta, mais conhecido como lowess. Uma vez obtidas as estimativas das imprecisões propagadas, mostramos também como utilizá-las na determinação dos genes diferencialmente expressos entre as amostras estudadas.Por fim, comparamos os resultados com osresultados com os obtidos por formas clássicas de análise, em que são desconsideradas as imprecisões das medidas. Concluímos que a modelagem das imprecisões das medidas pode favorecer as análises, já que os resultados obtidos em uma aplicação com dados reais de expressões gênicas foram condizentes com os que encontramos na literatura.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 03.06.2014
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      RIBEIRO, Adèle Helena; HIRATA JÚNIOR, Roberto. Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais. 2014.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2014. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616 >.
    • APA

      Ribeiro, A. H., & Hirata Júnior, R. (2014). Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616
    • NLM

      Ribeiro AH, Hirata Júnior R. Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616
    • Vancouver

      Ribeiro AH, Hirata Júnior R. Análise de expressões gênicas com erros de medida e aplicação em dados reais [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04082014-163616


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