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Agrupamento in silico de genes por fatores de transcrição e expressão diferencial (2010)

  • Authors:
  • Autor USP: BERNARDES, LUCIANO ANGELO DE SOUZA - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGE
  • Subjects: BIOINFORMÁTICA; GENES; FATORES DE TRANSCRIÇÃO
  • Language: Português
  • Abstract: Os organismos vivos apresentam milhares de genes, os quais, geralmente de forma conjunta, são continuamente modulados. Entretanto, em resposta as alterações do ambiente, utilizando sua capacidade bioquímica, podem se reprogramarem em função da disponibilidade de nutrientes e as condições físicas e químicas do meio. Assim, se torna uma questão de suma importância compreender os mecanismos que controlam e os elementos característicos envolvidos na modulação dos genes das diferentes fases do desenvolvimento. Pouco ainda é conhecido sobre o complexo que envolve a regulação gênica, mas os fatores de transcrição são um desses elementos. A hipótese levantada é que se os fatores de transcrição são um dos responsáveis pelo perfil de modulação gênica ao longo do tempo, os genes deveriam ser agrupados pelos fatores induzidos que compartilham a cada tempo amostral observado, permitindo um acompanhamento mais dinâmico e não somente pelo perfil de expressão. Desenvolver métodos computacionais eficientes para analisar grande quantidade de dados obtidas em experimentas é um problema desafiante para a computação/bioinformática. Os métodos de agrupamento, atualmente, consideram todos os pontos do perfil de modulação dos genes e quanto maior for a quantidade destes pontos melhor para o agrupamento. O objetivo do projeto proposto foi agrupar genes utilizando fatores de transcrição e perfis de modulação. Para permitir o agrupamento desta forma foi criada uma matriz de presença/ausência de fatores de transcrição para genes, e perfis de modulação foram temporalmente acumulados. Os resultados obtidas mostraram-se melhores que aqueles do método de agrupamento por expressão, estes foram observados pelas interações dos fatores com os genes em subgrupos analisados, chegando em sua maioria a abranger todos eles. A correlação dos subgrupos dos dois métodos mostrou-se parcial, isto é,alguns genes em alguns subgrupos compartilham mesmos TFs e tem perfil de expressão bastante similar
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 14.10.2010

  • How to cite
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    • ABNT

      BERNARDES, Luciano Angelo de Souza; GIULIATTI, Silvana. Agrupamento in silico de genes por fatores de transcrição e expressão diferencial. 2010.Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010.
    • APA

      Bernardes, L. A. de S., & Giuliatti, S. (2010). Agrupamento in silico de genes por fatores de transcrição e expressão diferencial. Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto.
    • NLM

      Bernardes LA de S, Giuliatti S. Agrupamento in silico de genes por fatores de transcrição e expressão diferencial. 2010 ;
    • Vancouver

      Bernardes LA de S, Giuliatti S. Agrupamento in silico de genes por fatores de transcrição e expressão diferencial. 2010 ;


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