Artigo de periodico

Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos (2008)

• Authors:
  • Mollinari, Marcelo
  • Margarido, Gabriel Rodrigues Alves
  • Garcia, Antonio Augusto Franco
• Autor USP: GARCIA, ANTONIO AUGUSTO FRANCO - ESALQ
• Unidade: ESALQ
• DOI: 10.1590/S0100-204X2008000400009
• Subjects: ALGORITMOS GENÉTICOS; MAPEAMENTO GENÉTICO; MARCADOR MOLECULAR; MÉTODO DE MONTE CARLO
• Language: Português
• Abstract: O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros " ripple" . Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50% co-dominantes e 50% dominantes). Foi, também, simulada a perda de 25, 50 e 75% dos dados. Observou-se que os dois algoritmos avaliados tiveram desempenho semelhante e foram sensíveis à presença de dados perdidos e à presença de marcadores dominantes; esta última dificultou a obtenção de estimativas com boa acurácia, tanto da ordem quanto da distância. Além disso, observou-se que o algoritmo " ripple" geralmente aumenta o número de ordens corretas e pode ser combinado com os critérios soma mínima das frações de recombinação adjacentes e produto mínimo das frações de recombinação adjacentes
• Imprenta:
  • Publisher place: Brasília
  • Date published: 2008
• Source:
  • Título: Pesquisa Agropecuária Brasileira
  • Volume/Número/Paginação/Ano: v. 43, n. 4, p. 505-512, 2008

Informações sobre o DOI: 10.1590/S0100-204X2008000400009 (Fonte: oaDOI API)
• Este periódico é de acesso aberto
• Este artigo é de acesso aberto
• URL de acesso aberto
• Cor do Acesso Aberto: gold
• Licença: cc-by

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How to cite

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• ABNT

  MOLLINARI, Marcelo e MARGARIDO, Gabriel Rodrigues Alves e GARCIA, Antonio Augusto Franco. Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 43, n. 4, p. 505-512, 2008Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1590/S0100-204X2008000400009. Acesso em: 29 dez. 2025.

• APA

  Mollinari, M., Margarido, G. R. A., & Garcia, A. A. F. (2008). Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 43( 4), 505-512. doi:10.1590/S0100-204X2008000400009

• NLM

  Mollinari M, Margarido GRA, Garcia AAF. Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos [Internet]. Pesquisa Agropecuária Brasileira. 2008 ; 43( 4): 505-512.[citado 2025 dez. 29 ] Available from: https://doi.org/10.1590/S0100-204X2008000400009

• Vancouver

  Mollinari M, Margarido GRA, Garcia AAF. Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos [Internet]. Pesquisa Agropecuária Brasileira. 2008 ; 43( 4): 505-512.[citado 2025 dez. 29 ] Available from: https://doi.org/10.1590/S0100-204X2008000400009

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