BASC: Um programa para calcular coeficientes de similaridade utilizando reamostragem bootstrap (2003)
- Authors:
- Autor USP: GARCIA, ANTONIO AUGUSTO FRANCO - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Subjects: GENÉTICA VEGETAL; MARCADOR MOLECULAR; REAMOSTRAGEM BOOTSTRAP
- Language: Português
- Abstract: O desenvolvimento dos marcadores moleculares possibilitou um grande crescimento nos estudos de divergência e relações filogenéticas entre as espécies vegetais de importância agronômica. Neste tipo de estudo, calcula-se o coeficiente de similaridade para todas as combinações de genótipos, para posterior realização de análises de agrupamento. Existem vários programas que permitem realizar estas análises, porém os mesmos não realizam cálculos de medidas de acurácia como variância e intervalos de confiança, dos valores de similaridade. O presente trabalho teve por objetivo desenvolver um programa em linguagem C, denominado BASC, que calcula os coeficientes de similaridade e realiza, através de reamostragens bootstrap, as estimativas de média, variância, coeficiente de variação e intervalo de confiança a 90%, 95% e 99% para marcadores dominantes. Também é possivel realizar simulação de redução amostral, para estudos que visem verificar a suficiência amostral. Conjuntamente, foi desenvolvido um script em R, que permite visualizar graficamente os resultados obtidos com BASC. Dentre os gráficos construídos destacam-se o dendrograma obtido com os coeficientes de variação médios para cada tamanho amostral simulado. Os resultados fornecidos permitem inferir sobre a relevância da informação gerada pelos marcadores. O uso do programa em várias situações indicaram que o mesmo é robusto, confiável e rápido. O programa será disponbilizado para download em breve
- Imprenta:
- Source:
- Título: Agropecuária; resumos
- Conference titles: Simposio Internacional de Iniciação Cientifica da Universidade de São Paulo
-
ABNT
GAZAFFI, R. e MOLLINARI, M. e GARCIA, Antonio Augusto Franco. BASC: Um programa para calcular coeficientes de similaridade utilizando reamostragem bootstrap. 2003, Anais.. São Paulo: USP, 2003. . Acesso em: 06 nov. 2024. -
APA
Gazaffi, R., Mollinari, M., & Garcia, A. A. F. (2003). BASC: Um programa para calcular coeficientes de similaridade utilizando reamostragem bootstrap. In Agropecuária; resumos. São Paulo: USP. -
NLM
Gazaffi R, Mollinari M, Garcia AAF. BASC: Um programa para calcular coeficientes de similaridade utilizando reamostragem bootstrap. Agropecuária; resumos. 2003 ;[citado 2024 nov. 06 ] -
Vancouver
Gazaffi R, Mollinari M, Garcia AAF. BASC: Um programa para calcular coeficientes de similaridade utilizando reamostragem bootstrap. Agropecuária; resumos. 2003 ;[citado 2024 nov. 06 ] - Obtenção dos estimadores de máxima verossimilhança das distâncias entre locos com distorção nas segregações em cana-de-açúcar
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