Avaliação dos algaritmos utilizados pelos programas qtl cartographer e mapmaker/exp para a construção de mapas de ligação (2004)
- Authors:
- Autor USP: GARCIA, ANTONIO AUGUSTO FRANCO - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Subjects: CROMOSSOMOS; CADEIAS DE MARKOV
- Language: Português
- Abstract: Avaliar a eficiência dos algoritmos Rapid Chain Delineation (RCD) (Implementado no QTL Cartographer), ORDER, TRY e RIPPLE (presentes no MAPMAKER/EXP). Material e métodos: Foram simulados 5 cromossomos numa população F2 e 5 cromossomos numa população de retrocruzamento, ambas com 100 indivíduos e 25 marcadores codominantes em média em cada cromossomo. A ordem fornecida pelo QTL Cartohgrapher foi comparada com a ordem real conhecida, por se tratar de simulação, e com aquela fornecida pelo MAPMAKER/EXP. Resultados: Os algoritmos que utilizam análises multipontos via Cadeia de Markov escondida, contidos no programa MAPMAKER/EXP, embora necessitem de processamentos computacionais mais intensivos, têm maior probabilidade de fornecer a ordem verdadeira. O RCD pode ser recomendado para uma primeira abordagem quando se trata de um número grande de dados. Todos os algoritmos podem causar a inversão na ordem dos marcadores quando a distância entre eles é pequena, mas essa diferença não causa grandes problemas na prática. Conclusões: Todos os algoritmos analisados apresentam vantagens particulares e, dependendo da quantidade de marcadores que estão sendo mapeados, deve-se optar por utilizar o algoritmo mais indicado à situação, ou também uma combinação dos mesmos
- Imprenta:
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- Título: Agropecuária; resumos
- Conference titles: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo
-
ABNT
MOLLINARI, M. et al. Avaliação dos algaritmos utilizados pelos programas qtl cartographer e mapmaker/exp para a construção de mapas de ligação. 2004, Anais.. São Paulo: USP, 2004. . Acesso em: 04 mar. 2026. -
APA
Mollinari, M., Margarido, G. R. A., Pastina, M. M., & Garcia, A. A. F. (2004). Avaliação dos algaritmos utilizados pelos programas qtl cartographer e mapmaker/exp para a construção de mapas de ligação. In Agropecuária; resumos. São Paulo: USP. -
NLM
Mollinari M, Margarido GRA, Pastina MM, Garcia AAF. Avaliação dos algaritmos utilizados pelos programas qtl cartographer e mapmaker/exp para a construção de mapas de ligação. Agropecuária; resumos. 2004 ;[citado 2026 mar. 04 ] -
Vancouver
Mollinari M, Margarido GRA, Pastina MM, Garcia AAF. Avaliação dos algaritmos utilizados pelos programas qtl cartographer e mapmaker/exp para a construção de mapas de ligação. Agropecuária; resumos. 2004 ;[citado 2026 mar. 04 ] - Quantitative trait loci mapping and the genetic basis of heterosis in maize and rice
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