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  • Artigo de periodico

    Vesicle protrusion induced by antimicrobial peptides suggests common carpet mechanism for short antimicrobial peptides (2024)

    Park, Peter; Matsubara, Danilo Kiyoshi ; Barzotto, Domenico Riolfi ; Lima, Filipe S. ; Chaimovich Guralnik, Hernan ; Marrink, Siewert Jan ; Cuccovia, Iolanda Midea

    Source: Scientific Reports. Unidades: IQ, FCF

    Subjects: PEPTÍDEOS, BIOQUÍMICA, BIOINFORMÁTICA, QUÍMICA DE SUPERFÍCIE

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      PARK, Peter et al. Vesicle protrusion induced by antimicrobial peptides suggests common carpet mechanism for short antimicrobial peptides. Scientific Reports, v. 14, p. 1-13 art. 9701, 2024Tradução . . Disponível em: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-024-60601-w. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Park, P., Matsubara, D. K., Barzotto, D. R., Lima, F. S., Chaimovich Guralnik, H., Marrink, S. J., & Cuccovia, I. M. (2024). Vesicle protrusion induced by antimicrobial peptides suggests common carpet mechanism for short antimicrobial peptides. Scientific Reports, 14, 1-13 art. 9701. doi:10.1038/s41598-024-60601-w

    • NLM

      Park P, Matsubara DK, Barzotto DR, Lima FS, Chaimovich Guralnik H, Marrink SJ, Cuccovia IM. Vesicle protrusion induced by antimicrobial peptides suggests common carpet mechanism for short antimicrobial peptides [Internet]. Scientific Reports. 2024 ; 14 1-13 art. 9701.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-024-60601-w

    • Vancouver

      Park P, Matsubara DK, Barzotto DR, Lima FS, Chaimovich Guralnik H, Marrink SJ, Cuccovia IM. Vesicle protrusion induced by antimicrobial peptides suggests common carpet mechanism for short antimicrobial peptides [Internet]. Scientific Reports. 2024 ; 14 1-13 art. 9701.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-024-60601-w

  • Trabalho de evento-resumo

    Geração de células KNOCKOUTS dos genes PARP14, p62 e RNF114 via tecnologia CRISPR/Cas9 (2024)

    Cintra, Fernando Pacheco ; Hoch, Nicolas Carlos

    Source: Resumos. Conference titles: Simpósio Internacional de Iniciação Científica e Tecnológica da USP/SIICUSP. Unidade: IQ

    Subjects: BIOLOGIA MOLECULAR, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteHow to cite
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    • ABNT

      CINTRA, Fernando Pacheco e HOCH, Nicolas Carlos. Geração de células KNOCKOUTS dos genes PARP14, p62 e RNF114 via tecnologia CRISPR/Cas9. 2024, Anais.. São Paulo: Pró-Reitoria de Pesquisa da USP, 2024. Disponível em: https://uspdigital.usp.br/siicusp/siicPublicacao.jsp?codmnu=7210. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Cintra, F. P., & Hoch, N. C. (2024). Geração de células KNOCKOUTS dos genes PARP14, p62 e RNF114 via tecnologia CRISPR/Cas9. In Resumos. São Paulo: Pró-Reitoria de Pesquisa da USP. Recuperado de https://uspdigital.usp.br/siicusp/siicPublicacao.jsp?codmnu=7210

    • NLM

      Cintra FP, Hoch NC. Geração de células KNOCKOUTS dos genes PARP14, p62 e RNF114 via tecnologia CRISPR/Cas9 [Internet]. Resumos. 2024 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://uspdigital.usp.br/siicusp/siicPublicacao.jsp?codmnu=7210

    • Vancouver

      Cintra FP, Hoch NC. Geração de células KNOCKOUTS dos genes PARP14, p62 e RNF114 via tecnologia CRISPR/Cas9 [Internet]. Resumos. 2024 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://uspdigital.usp.br/siicusp/siicPublicacao.jsp?codmnu=7210

  • Artigo de periodico

    Transcriptome profile analysis reveals putative molecular mechanisms of 5-aminolevulinic acid toxicity (2023)

    Menezes, Patricia Regina ; Trufen, Carlos Eduardo Madureira ; Lichtenstein, Flávio ; Pellegrina, Diogo Vieira da Silva ; Reis, Eduardo Moraes ; Onuki, Janice

    Source: Archives of Biochemistry and Biophysics. Unidade: IQ

    Subjects: CARCINOMA HEPATOCELULAR, DOENÇAS METABÓLICAS, BIOINFORMÁTICA

    PrivadoAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      MENEZES, Patricia Regina et al. Transcriptome profile analysis reveals putative molecular mechanisms of 5-aminolevulinic acid toxicity. Archives of Biochemistry and Biophysics, v. 738, p. 1-10 art. 109540, 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.abb.2023.109540. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Menezes, P. R., Trufen, C. E. M., Lichtenstein, F., Pellegrina, D. V. da S., Reis, E. M., & Onuki, J. (2023). Transcriptome profile analysis reveals putative molecular mechanisms of 5-aminolevulinic acid toxicity. Archives of Biochemistry and Biophysics, 738, 1-10 art. 109540. doi:10.1016/j.abb.2023.109540

    • NLM

      Menezes PR, Trufen CEM, Lichtenstein F, Pellegrina DV da S, Reis EM, Onuki J. Transcriptome profile analysis reveals putative molecular mechanisms of 5-aminolevulinic acid toxicity [Internet]. Archives of Biochemistry and Biophysics. 2023 ; 738 1-10 art. 109540.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.abb.2023.109540

    • Vancouver

      Menezes PR, Trufen CEM, Lichtenstein F, Pellegrina DV da S, Reis EM, Onuki J. Transcriptome profile analysis reveals putative molecular mechanisms of 5-aminolevulinic acid toxicity [Internet]. Archives of Biochemistry and Biophysics. 2023 ; 738 1-10 art. 109540.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.abb.2023.109540

  • Trabalho de evento-resumo

    Virtual screening to discover SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain 1 ligands: a pharmacophore and molecular dynamics approach (2023)

    Matos, Isaac de Araújo ; Hoch, Nicolas Carlos

    Source: Livro de Resumos. Conference titles: Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology/SBBq. Unidade: IQ

    Subjects: COVID-19, BIOINFORMÁTICA

    PrivadoAcesso à fonteHow to cite
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    • ABNT

      MATOS, Isaac de Araújo e HOCH, Nicolas Carlos. Virtual screening to discover SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain 1 ligands: a pharmacophore and molecular dynamics approach. 2023, Anais.. São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2023. Disponível em: https://www2.sbbq.org.br/reuniao/images/livro_completo2023. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Matos, I. de A., & Hoch, N. C. (2023). Virtual screening to discover SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain 1 ligands: a pharmacophore and molecular dynamics approach. In Livro de Resumos. São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Recuperado de https://www2.sbbq.org.br/reuniao/images/livro_completo2023

    • NLM

      Matos I de A, Hoch NC. Virtual screening to discover SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain 1 ligands: a pharmacophore and molecular dynamics approach [Internet]. Livro de Resumos. 2023 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://www2.sbbq.org.br/reuniao/images/livro_completo2023

    • Vancouver

      Matos I de A, Hoch NC. Virtual screening to discover SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain 1 ligands: a pharmacophore and molecular dynamics approach [Internet]. Livro de Resumos. 2023 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://www2.sbbq.org.br/reuniao/images/livro_completo2023

  • Apresentacao sonora/cenica/entrevista

    Genoma 20+2 [Entrevista à Claudia Izique] (2022)

    Setubal, João Carlos

    Source: Canal Youtube Agência FAPESP. Unidade: IQ

    Subjects: GENOMAS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteHow to cite
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    • ABNT

      SETUBAL, João Carlos. Genoma 20+2 [Entrevista à Claudia Izique]. Canal Youtube Agência FAPESP. São Paulo: FAPESP. Disponível em: https://www.youtube.com/watch?v=l1q1gf6Du8s. Acesso em: 16 nov. 2025. , 2022

    • APA

      Setubal, J. C. (2022). Genoma 20+2 [Entrevista à Claudia Izique]. Canal Youtube Agência FAPESP. São Paulo: FAPESP. Recuperado de https://www.youtube.com/watch?v=l1q1gf6Du8s

    • NLM

      Setubal JC. Genoma 20+2 [Entrevista à Claudia Izique] [Internet]. Canal Youtube Agência FAPESP. 2022 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://www.youtube.com/watch?v=l1q1gf6Du8s

    • Vancouver

      Setubal JC. Genoma 20+2 [Entrevista à Claudia Izique] [Internet]. Canal Youtube Agência FAPESP. 2022 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://www.youtube.com/watch?v=l1q1gf6Du8s

  • Artigo de periodico

    Genome-wide promoter methylation profling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival (2022)

    Rius, Flávia Eichemberger ; Papaiz, Debora D'Angelo ; Azevedo, Hátylas ; Ayub, Ana Luísa P ; Pessoa, Diogo de Oliveira ; Oliveira, Tiago Franco de ; Loureiro, Ana Paula de Melo ; Andrade, Fernando; Fujita, André ; Reis, Eduardo Moraes ; Mason, Christopher E; Jasiulionis, Miriam Galvonas

    Source: Clinical Epigenetics. Unidades: IME, FCF, IQ

    Subjects: GENOMAS, MELANOMA, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      RIUS, Flávia Eichemberger et al. Genome-wide promoter methylation profling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival. Clinical Epigenetics, v. 14, n. artigo 68, p. 1-20, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s13148-022-01291-x. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Rius, F. E., Papaiz, D. D. 'A., Azevedo, H., Ayub, A. L. P., Pessoa, D. de O., Oliveira, T. F. de, et al. (2022). Genome-wide promoter methylation profling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival. Clinical Epigenetics, 14( artigo 68), 1-20. doi:10.1186/s13148-022-01291-x

    • NLM

      Rius FE, Papaiz DD'A, Azevedo H, Ayub ALP, Pessoa D de O, Oliveira TF de, Loureiro AP de M, Andrade F, Fujita A, Reis EM, Mason CE, Jasiulionis MG. Genome-wide promoter methylation profling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival [Internet]. Clinical Epigenetics. 2022 ; 14( artigo 68): 1-20.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s13148-022-01291-x

    • Vancouver

      Rius FE, Papaiz DD'A, Azevedo H, Ayub ALP, Pessoa D de O, Oliveira TF de, Loureiro AP de M, Andrade F, Fujita A, Reis EM, Mason CE, Jasiulionis MG. Genome-wide promoter methylation profling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival [Internet]. Clinical Epigenetics. 2022 ; 14( artigo 68): 1-20.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s13148-022-01291-x

  • Artigo de periodico

    An efficient, nonphylogenetic method for detecting genes sharing evolutionary signals in phylogenomic data sets (2021)

    Rangel, Luiz Thibério; Soucy, Shannon M; Setubal, João Carlos ; Gogarten, Johann Peter ; Fournier, Gregory P

    Source: Genome Biology and Evolution. Unidade: IQ

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENES, FILOGENIA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      RANGEL, Luiz Thibério et al. An efficient, nonphylogenetic method for detecting genes sharing evolutionary signals in phylogenomic data sets. Genome Biology and Evolution, v. 13, n. 9, p. 1-16, 2021Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/gbe/evab187. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Rangel, L. T., Soucy, S. M., Setubal, J. C., Gogarten, J. P., & Fournier, G. P. (2021). An efficient, nonphylogenetic method for detecting genes sharing evolutionary signals in phylogenomic data sets. Genome Biology and Evolution, 13( 9), 1-16. doi:10.1093/gbe/evab187

    • NLM

      Rangel LT, Soucy SM, Setubal JC, Gogarten JP, Fournier GP. An efficient, nonphylogenetic method for detecting genes sharing evolutionary signals in phylogenomic data sets [Internet]. Genome Biology and Evolution. 2021 ; 13( 9): 1-16.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gbe/evab187

    • Vancouver

      Rangel LT, Soucy SM, Setubal JC, Gogarten JP, Fournier GP. An efficient, nonphylogenetic method for detecting genes sharing evolutionary signals in phylogenomic data sets [Internet]. Genome Biology and Evolution. 2021 ; 13( 9): 1-16.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gbe/evab187

  • Parte de monografia/livro-apres/pref/posf

    Foreword [Prefácio] (2021)

    Setubal, João Carlos

    Source: Bioinformatics. Unidade: IQ

    Assunto: BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      SETUBAL, João Carlos. Foreword [Prefácio]. Bioinformatics. Brisbane: Exon Publications. Disponível em: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.fr. Acesso em: 16 nov. 2025. , 2021

    • APA

      Setubal, J. C. (2021). Foreword [Prefácio]. Bioinformatics. Brisbane: Exon Publications. doi:10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.fr

    • NLM

      Setubal JC. Foreword [Prefácio] [Internet]. Bioinformatics. 2021 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.fr

    • Vancouver

      Setubal JC. Foreword [Prefácio] [Internet]. Bioinformatics. 2021 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.fr

  • Artigo de periodico

    TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes (2021)

    Oliveira, Mauro de Medeiros ; Bonadio, Ígor ; Melo, Alícia Lie de ; Souza, Gláucia Mendes ; Durham, Alan Mitchell

    Source: Briefings in Bioinformatics. Unidades: IQ, IME, Interunidades em Bioinformática

    Subjects: TRANSCRIÇÃO GÊNICA, BIOINFORMÁTICA

    PrivadoAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      OLIVEIRA, Mauro de Medeiros et al. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. Briefings in Bioinformatics, v. 22, n. 6, p. 1-12, 2021Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Oliveira, M. de M., Bonadio, Í., Melo, A. L. de, Souza, G. M., & Durham, A. M. (2021). TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. Briefings in Bioinformatics, 22( 6), 1-12. doi:10.1093/bib/bbab198

    • NLM

      Oliveira M de M, Bonadio Í, Melo AL de, Souza GM, Durham AM. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 6): 1-12.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198

    • Vancouver

      Oliveira M de M, Bonadio Í, Melo AL de, Souza GM, Durham AM. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 6): 1-12.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198

  • Trabalho de evento-resumo

    A family of T6SS antibacterial effectors related to L,D-transpeptidases targets the peptidoglycan (2021)

    Hespanhol, Julia Takuno ; Sibinelli-Souza, Stephanie ; Nicastro, Gianlucca Gonçalves ; Matsuyama, Bruno Yasui ; Mesnage, Stephane ; Patel, Ankur; Souza, Robson Francisco de ; Guzzo, Cristiane Rodrigues ; Farah, Chuck Shaker ; Santos, Ethel Bayer

    Source: Program and Abstract Book. Conference titles: Congress of the International Union for Pure Applied Biophysics/IUPAB. Unidades: ICB, IQ, IB

    Subjects: TOXINAS, BIOINFORMÁTICA, PEPTÍDEOS

    Versão PublicadaAcesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      HESPANHOL, Julia Takuno et al. A family of T6SS antibacterial effectors related to L,D-transpeptidases targets the peptidoglycan. 2021, Anais.. São Paulo: IUPAB-SBBf-SBBq, 2021. Disponível em: http://easyapp.ekmf.com.br/sg/uploads/eventos/evento8/documentos/abstract_book.pdf. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Hespanhol, J. T., Sibinelli-Souza, S., Nicastro, G. G., Matsuyama, B. Y., Mesnage, S., Patel, A., et al. (2021). A family of T6SS antibacterial effectors related to L,D-transpeptidases targets the peptidoglycan. In Program and Abstract Book. São Paulo: IUPAB-SBBf-SBBq. Recuperado de http://easyapp.ekmf.com.br/sg/uploads/eventos/evento8/documentos/abstract_book.pdf

    • NLM

      Hespanhol JT, Sibinelli-Souza S, Nicastro GG, Matsuyama BY, Mesnage S, Patel A, Souza RF de, Guzzo CR, Farah CS, Santos EB. A family of T6SS antibacterial effectors related to L,D-transpeptidases targets the peptidoglycan [Internet]. Program and Abstract Book. 2021 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: http://easyapp.ekmf.com.br/sg/uploads/eventos/evento8/documentos/abstract_book.pdf

    • Vancouver

      Hespanhol JT, Sibinelli-Souza S, Nicastro GG, Matsuyama BY, Mesnage S, Patel A, Souza RF de, Guzzo CR, Farah CS, Santos EB. A family of T6SS antibacterial effectors related to L,D-transpeptidases targets the peptidoglycan [Internet]. Program and Abstract Book. 2021 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: http://easyapp.ekmf.com.br/sg/uploads/eventos/evento8/documentos/abstract_book.pdf

  • Artigo de periodico

    Integration of an inhibitor-like rule and structure-based virtual screening for the discovery of novel myeloperoxidase inhibitors (2020)

    Matos, Isaac de Araújo; Costa Júnior, Nivan Bezerra da ; Meotti, Flavia Carla

    Source: Journal of Chemical Information and Modeling. Unidade: IQ

    Subjects: PEPTÍDEOS, PROTEÍNAS, BIOINFORMÁTICA, INIBIDORES DE ENZIMAS

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      MATOS, Isaac de Araújo e COSTA JÚNIOR, Nivan Bezerra da e MEOTTI, Flavia Carla. Integration of an inhibitor-like rule and structure-based virtual screening for the discovery of novel myeloperoxidase inhibitors. Journal of Chemical Information and Modeling, v. 60, p. 6408−6418, 2020Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00813. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Matos, I. de A., Costa Júnior, N. B. da, & Meotti, F. C. (2020). Integration of an inhibitor-like rule and structure-based virtual screening for the discovery of novel myeloperoxidase inhibitors. Journal of Chemical Information and Modeling, 60, 6408−6418. doi:10.1021/acs.jcim.0c00813

    • NLM

      Matos I de A, Costa Júnior NB da, Meotti FC. Integration of an inhibitor-like rule and structure-based virtual screening for the discovery of novel myeloperoxidase inhibitors [Internet]. Journal of Chemical Information and Modeling. 2020 ; 60 6408−6418.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00813

    • Vancouver

      Matos I de A, Costa Júnior NB da, Meotti FC. Integration of an inhibitor-like rule and structure-based virtual screening for the discovery of novel myeloperoxidase inhibitors [Internet]. Journal of Chemical Information and Modeling. 2020 ; 60 6408−6418.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00813

  • Artigo de periodico

    X-ray structure, bioinformatics analysis, and substrate specificity of a 6-phospho-β-glucosidase glycoside hydrolase 1 enzyme from Bacillus licheniformis (2020)

    Veldman, Wayde ; Liberato, Marcelo Vizoná; Almeida, Vitor Medeiros ; Souza, Valquiria P; Frutuoso, Maira Artischeff; Marana, Sandro Roberto ; Moses, Vuyani; Bishop, Ozlem Tastan ; Polikarpov, Igor

    Source: Journal of Chemical Information and Modeling. Unidades: IQ, IFSC, FO

    Subjects: RAIOS X, BIOINFORMÁTICA

    PrivadoAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      VELDMAN, Wayde et al. X-ray structure, bioinformatics analysis, and substrate specificity of a 6-phospho-β-glucosidase glycoside hydrolase 1 enzyme from Bacillus licheniformis. Journal of Chemical Information and Modeling, v. 60, n. 12, p. 6392-6407, 2020Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00759. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Veldman, W., Liberato, M. V., Almeida, V. M., Souza, V. P., Frutuoso, M. A., Marana, S. R., et al. (2020). X-ray structure, bioinformatics analysis, and substrate specificity of a 6-phospho-β-glucosidase glycoside hydrolase 1 enzyme from Bacillus licheniformis. Journal of Chemical Information and Modeling, 60( 12), 6392-6407. doi:10.1021/acs.jcim.0c00759

    • NLM

      Veldman W, Liberato MV, Almeida VM, Souza VP, Frutuoso MA, Marana SR, Moses V, Bishop OT, Polikarpov I. X-ray structure, bioinformatics analysis, and substrate specificity of a 6-phospho-β-glucosidase glycoside hydrolase 1 enzyme from Bacillus licheniformis [Internet]. Journal of Chemical Information and Modeling. 2020 ; 60( 12): 6392-6407.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00759

    • Vancouver

      Veldman W, Liberato MV, Almeida VM, Souza VP, Frutuoso MA, Marana SR, Moses V, Bishop OT, Polikarpov I. X-ray structure, bioinformatics analysis, and substrate specificity of a 6-phospho-β-glucosidase glycoside hydrolase 1 enzyme from Bacillus licheniformis [Internet]. Journal of Chemical Information and Modeling. 2020 ; 60( 12): 6392-6407.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00759

  • Artigo de jornal-dep/entr

    Doutorando da USP desenvolve teste genético para vírus que causa febre hemorrágica [Depoimento a Fabiana Mariz] (2020)

    Amgarten, Deyvid ; Setubal, João Carlos ; Da Silva, Aline Maria ; Romano, Camila

    Source: Jornal da USP. Unidades: IQ, Interunidades em Bioinformática, Interunidades em Biotecnologia

    Subjects: VÍRUS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      AMGARTEN, Deyvid et al. Doutorando da USP desenvolve teste genético para vírus que causa febre hemorrágica [Depoimento a Fabiana Mariz]. Jornal da USP. São Paulo: Instituto de Química, Universidade de São Paulo. Disponível em: https://jornal.usp.br/ciencias/ciencias-da-saude/doutorando-da-usp-desenvolve-teste-genetico-para-virus-que-causa-febre-hemorragica. Acesso em: 16 nov. 2025. , 2020

    • APA

      Amgarten, D., Setubal, J. C., Da Silva, A. M., & Romano, C. (2020). Doutorando da USP desenvolve teste genético para vírus que causa febre hemorrágica [Depoimento a Fabiana Mariz]. Jornal da USP. São Paulo: Instituto de Química, Universidade de São Paulo. Recuperado de https://jornal.usp.br/ciencias/ciencias-da-saude/doutorando-da-usp-desenvolve-teste-genetico-para-virus-que-causa-febre-hemorragica

    • NLM

      Amgarten D, Setubal JC, Da Silva AM, Romano C. Doutorando da USP desenvolve teste genético para vírus que causa febre hemorrágica [Depoimento a Fabiana Mariz] [Internet]. Jornal da USP. 2020 ;(30 ja 2020. on-line):[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://jornal.usp.br/ciencias/ciencias-da-saude/doutorando-da-usp-desenvolve-teste-genetico-para-virus-que-causa-febre-hemorragica

    • Vancouver

      Amgarten D, Setubal JC, Da Silva AM, Romano C. Doutorando da USP desenvolve teste genético para vírus que causa febre hemorrágica [Depoimento a Fabiana Mariz] [Internet]. Jornal da USP. 2020 ;(30 ja 2020. on-line):[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://jornal.usp.br/ciencias/ciencias-da-saude/doutorando-da-usp-desenvolve-teste-genetico-para-virus-que-causa-febre-hemorragica

  • Editor de periodico

    BMC Bioinformatics (2020)

    Alison Cuff (Editor); Setubal, João Carlos (Editor)

    Unidade: IQ

    Assunto: BIOINFORMÁTICA

    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      BMC Bioinformatics. . London: Instituto de Química, Universidade de São Paulo. . Acesso em: 16 nov. 2025. , 2020

    • APA

      BMC Bioinformatics. (2020). BMC Bioinformatics. London: Instituto de Química, Universidade de São Paulo.

    • NLM

      BMC Bioinformatics. 2020 ;[citado 2025 nov. 16 ]

    • Vancouver

      BMC Bioinformatics. 2020 ;[citado 2025 nov. 16 ]

  • Trabalho de evento-resumo

    The role of host genetic variability in the development and establishment of human gut microbiome diversity (2019)

    Palmeira, Ondina Fonseca de Jesus; Matos, Larissa; Naslavsky, Michel ; Bueno, Heloisa; Zatz, Mayana ; Setubal, João Carlos

    Source: Proceedings. Conference titles: International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology/AB3C. Unidades: IB, IQ

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÉTICA

    How to cite
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    • ABNT

      PALMEIRA, Ondina Fonseca de Jesus et al. The role of host genetic variability in the development and establishment of human gut microbiome diversity. 2019, Anais.. Campos do Jordão: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional/AB3C, 2019. . Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Palmeira, O. F. de J., Matos, L., Naslavsky, M., Bueno, H., Zatz, M., & Setubal, J. C. (2019). The role of host genetic variability in the development and establishment of human gut microbiome diversity. In Proceedings. Campos do Jordão: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional/AB3C.

    • NLM

      Palmeira OF de J, Matos L, Naslavsky M, Bueno H, Zatz M, Setubal JC. The role of host genetic variability in the development and establishment of human gut microbiome diversity. Proceedings. 2019 ;[citado 2025 nov. 16 ]

    • Vancouver

      Palmeira OF de J, Matos L, Naslavsky M, Bueno H, Zatz M, Setubal JC. The role of host genetic variability in the development and establishment of human gut microbiome diversity. Proceedings. 2019 ;[citado 2025 nov. 16 ]

  • Trabalho de evento

    Bioinformática e biodiversidade (2019)

    Setubal, João Carlos

    Source: Resumos. Conference titles: Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência. Unidade: IQ

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, BIODIVERSIDADE

    Acesso à fonteHow to cite
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    • ABNT

      SETUBAL, João Carlos. Bioinformática e biodiversidade. 2019, Anais.. São Paulo: SBPC, 2019. Disponível em: http://livro.sbpcnet.org.br/71ra/trabalhos/trabalhos.htm. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Setubal, J. C. (2019). Bioinformática e biodiversidade. In Resumos. São Paulo: SBPC. Recuperado de http://livro.sbpcnet.org.br/71ra/trabalhos/trabalhos.htm

    • NLM

      Setubal JC. Bioinformática e biodiversidade [Internet]. Resumos. 2019 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: http://livro.sbpcnet.org.br/71ra/trabalhos/trabalhos.htm

    • Vancouver

      Setubal JC. Bioinformática e biodiversidade [Internet]. Resumos. 2019 ;[citado 2025 nov. 16 ] Available from: http://livro.sbpcnet.org.br/71ra/trabalhos/trabalhos.htm

  • Artigo de periodico

    Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors (2019)

    Rangel, Luiz Thibério; Marden, Jeremiah; Colston, Sophie; Setubal, João Carlos ; Graf, Joerg; Gogarten, Johann Peter

    Source: Plos One. Unidade: IQ

    Subjects: AEROMONAS, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      RANGEL, Luiz Thibério et al. Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors. Plos One, v. 14, n. 6, p. 1-20 art. 0214035, 2019Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0214035. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Rangel, L. T., Marden, J., Colston, S., Setubal, J. C., Graf, J., & Gogarten, J. P. (2019). Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors. Plos One, 14( 6), 1-20 art. 0214035. doi:10.1371/journal.pone.0214035

    • NLM

      Rangel LT, Marden J, Colston S, Setubal JC, Graf J, Gogarten JP. Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors [Internet]. Plos One. 2019 ; 14( 6): 1-20 art. 0214035.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0214035

    • Vancouver

      Rangel LT, Marden J, Colston S, Setubal JC, Graf J, Gogarten JP. Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors [Internet]. Plos One. 2019 ; 14( 6): 1-20 art. 0214035.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0214035

  • Artigo de periodico

    In silico selection approach to develop DNA aptamers for a stem-like cell subpopulation of non-small lung cancer adenocarcinoma cell line A549 (2018)

    Vidic, Mateja; Smuc, Tina; Blank, Michael; Michael Blank; Accetto, Tomaz; Mavri, Jan; Nascimento, Isis C; Nery, Arthur A; Ulrich, Henning ; Lah, Tamara T

    Source: Radiology and Oncology. Unidade: IQ

    Subjects: ADENOCARCINOMA, CÉLULAS-TRONCO, NEOPLASIAS DO TRATO RESPIRATÓRIO, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      VIDIC, Mateja et al. In silico selection approach to develop DNA aptamers for a stem-like cell subpopulation of non-small lung cancer adenocarcinoma cell line A549. Radiology and Oncology, v. 52, n. 2, p. 152-159, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.2478/raon-2018-0014. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Vidic, M., Smuc, T., Blank, M., Michael Blank,, Accetto, T., Mavri, J., et al. (2018). In silico selection approach to develop DNA aptamers for a stem-like cell subpopulation of non-small lung cancer adenocarcinoma cell line A549. Radiology and Oncology, 52( 2), 152-159. doi:10.2478/raon-2018-0014

    • NLM

      Vidic M, Smuc T, Blank M, Michael Blank, Accetto T, Mavri J, Nascimento IC, Nery AA, Ulrich H, Lah TT. In silico selection approach to develop DNA aptamers for a stem-like cell subpopulation of non-small lung cancer adenocarcinoma cell line A549 [Internet]. Radiology and Oncology. 2018 ; 52( 2): 152-159.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.2478/raon-2018-0014

    • Vancouver

      Vidic M, Smuc T, Blank M, Michael Blank, Accetto T, Mavri J, Nascimento IC, Nery AA, Ulrich H, Lah TT. In silico selection approach to develop DNA aptamers for a stem-like cell subpopulation of non-small lung cancer adenocarcinoma cell line A549 [Internet]. Radiology and Oncology. 2018 ; 52( 2): 152-159.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.2478/raon-2018-0014

  • Artigo de periodico

    TabPath: interactive Tables for Metabolic Pathway analysis (2018)

    Moraes, Lauro Ângelo Gonçalves de; Felestrino, Érica Barbosa; Assis, Renata de Almeida Barbosa; Matos, Diogo; Lima, Joubert de Castro; Lima, Leandro de Araújo; Almeida, Nalvo Franco; Setubal, João Carlos ; Garcia, Camila Carriao Machado; Moreira, Leandro Marcio

    Source: Bioinformatics. Unidade: IQ

    Subjects: GENOMAS, FENÓTIPOS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      MORAES, Lauro Ângelo Gonçalves de et al. TabPath: interactive Tables for Metabolic Pathway analysis. Bioinformatics, v. 34, n. 6, p. 1040-1042, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx714. Acesso em: 16 nov. 2025.

    • APA

      Moraes, L. Â. G. de, Felestrino, É. B., Assis, R. de A. B., Matos, D., Lima, J. de C., Lima, L. de A., et al. (2018). TabPath: interactive Tables for Metabolic Pathway analysis. Bioinformatics, 34( 6), 1040-1042. doi:10.1093/bioinformatics/btx714

    • NLM

      Moraes LÂG de, Felestrino ÉB, Assis R de AB, Matos D, Lima J de C, Lima L de A, Almeida NF, Setubal JC, Garcia CCM, Moreira LM. TabPath: interactive Tables for Metabolic Pathway analysis [Internet]. Bioinformatics. 2018 ; 34( 6): 1040-1042.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx714

    • Vancouver

      Moraes LÂG de, Felestrino ÉB, Assis R de AB, Matos D, Lima J de C, Lima L de A, Almeida NF, Setubal JC, Garcia CCM, Moreira LM. TabPath: interactive Tables for Metabolic Pathway analysis [Internet]. Bioinformatics. 2018 ; 34( 6): 1040-1042.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx714

  • Artigo de periodico-dep/entr

    Aliados improváveis. [Depoimento a Maria Guimarães] (2017)

    Da Silva, Aline Maria ; Setubal, João Carlos ; Schooley, Robert; Leão, Sylvia Cardoso; Balcão, Victor; Chammas, Roger; Fontes, Aparecida Maria; Zanelli, Cleslei; Pedrolli, Danielle; Danino, Tal; Harimoto, Tetsuhiro; Rocha, Rafael Silva; Heringer, Otto; Westmann, Cauã; Buckeridge, Marcos

    Source: Pesquisa FAPESP. Unidades: IQ, FM, FMRP, IB

    Subjects: VÍRUS, BACTÉRIAS PATOGÊNICAS, BIOLOGIA MOLECULAR, BACTERIÓFAGOS, GENÔMICA, BIOINFORMÁTICA, BIOTECNOLOGIA, PAREDE CELULAR VEGETAL, FÁRMACOS, PROJETOS DE PESQUISA

    Acesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      DA SILVA, Aline Maria et al. Aliados improváveis. [Depoimento a Maria Guimarães]. Pesquisa FAPESP. São Paulo: Instituto de Química, Universidade de São Paulo. Disponível em: http://revistapesquisa.fapesp.br/2017/07/17/aliados-improvaveis/. Acesso em: 16 nov. 2025. , 2017

    • APA

      Da Silva, A. M., Setubal, J. C., Schooley, R., Leão, S. C., Balcão, V., Chammas, R., et al. (2017). Aliados improváveis. [Depoimento a Maria Guimarães]. Pesquisa FAPESP. São Paulo: Instituto de Química, Universidade de São Paulo. Recuperado de http://revistapesquisa.fapesp.br/2017/07/17/aliados-improvaveis/

    • NLM

      Da Silva AM, Setubal JC, Schooley R, Leão SC, Balcão V, Chammas R, Fontes AM, Zanelli C, Pedrolli D, Danino T, Harimoto T, Rocha RS, Heringer O, Westmann C, Buckeridge M. Aliados improváveis. [Depoimento a Maria Guimarães] [Internet]. Pesquisa FAPESP. 2017 ; 19-25.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: http://revistapesquisa.fapesp.br/2017/07/17/aliados-improvaveis/

    • Vancouver

      Da Silva AM, Setubal JC, Schooley R, Leão SC, Balcão V, Chammas R, Fontes AM, Zanelli C, Pedrolli D, Danino T, Harimoto T, Rocha RS, Heringer O, Westmann C, Buckeridge M. Aliados improváveis. [Depoimento a Maria Guimarães] [Internet]. Pesquisa FAPESP. 2017 ; 19-25.[citado 2025 nov. 16 ] Available from: http://revistapesquisa.fapesp.br/2017/07/17/aliados-improvaveis/

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