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  • Dissertação (Mestrado)

    Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine (2022)

    Teng, Carolina; Fonseca, Fernando Josepetti (Orientador)

    Unidade: EP

    Subjects: CIRCUITOS FPGA, COMPUTAÇÃO EM NUVEM, BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, ALGORITMOS

    Acesso à fonteHow to cite
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    • ABNT

      TENG, Carolina. Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Teng, C. (2022). Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/

    • NLM

      Teng C. Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine [Internet]. 2022 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/

    • Vancouver

      Teng C. Accelerating the alignment phase of Minimap2 genome assembly algorithm Using GACT-X in a commercial Cloud FPGA machine [Internet]. 2022 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3140/tde-05092022-084236/

  • Dissertação (Mestrado)

    Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas (2022)

    Prazeres, Ricardo Molinari dos; Freire, Alexandre da Silva (Orientador)

    Unidade: EACH

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, TEORIA DOS GRAFOS, ALGORITMOS

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      PRAZERES, Ricardo Molinari dos. Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas. 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Prazeres, R. M. dos. (2022). Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/

    • NLM

      Prazeres RM dos. Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas [Internet]. 2022 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/

    • Vancouver

      Prazeres RM dos. Modelos de programação inteira para o problema de busca de motivos em redes biológicas [Internet]. 2022 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/100/100131/tde-24082022-162352/

  • Dissertação (Mestrado)

    Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade (2019)

    Sittoni, Misaki Yamada; Ramos, Alexandre Ferreira (Orientador)

    Unidade: FM

    Subjects: RADIAÇÃO IONIZANTE, SIMULAÇÃO, SOBREVIVÊNCIA CELULAR, BIOINFORMÁTICA, ALGORITMOS

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
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    • ABNT

      SITTONI, Misaki Yamada. Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Sittoni, M. Y. (2019). Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/

    • NLM

      Sittoni MY. Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade [Internet]. 2019 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/

    • Vancouver

      Sittoni MY. Modelagem estocástica dos efeitos biológicos de radiação ionizante de baixa intensidade [Internet]. 2019 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-30032022-112556/

  • Artigo de periodico

    Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations (2018)

    Bailey, Matthew H.; Noushmehr, Houtan; Carlotti Júnior, Carlos Gilberto; Santos, José Sebastião dos; Kemp, Rafael; Sankarankutty, Ajith Kumar; Tirapelli, Daniela Pretti da Cunha

    Source: Cell. Unidade: FMRP

    Subjects: NEOPLASIAS, MUTAÇÃO, GENOMAS, BIOINFORMÁTICA, ENTROPIA, ALGORITMOS

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      BAILEY, Matthew H. et al. Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations. Cell, v. 173, n. 2, p. 371-385.e1-e9, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.060. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Bailey, M. H., Noushmehr, H., Carlotti Júnior, C. G., Santos, J. S. dos, Kemp, R., Sankarankutty, A. K., & Tirapelli, D. P. da C. (2018). Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations. Cell, 173( 2), 371-385.e1-e9. doi:10.1016/j.cell.2018.02.060

    • NLM

      Bailey MH, Noushmehr H, Carlotti Júnior CG, Santos JS dos, Kemp R, Sankarankutty AK, Tirapelli DP da C. Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations [Internet]. Cell. 2018 ; 173( 2): 371-385.e1-e9.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.060

    • Vancouver

      Bailey MH, Noushmehr H, Carlotti Júnior CG, Santos JS dos, Kemp R, Sankarankutty AK, Tirapelli DP da C. Comprehensive characterization of cancer driver genes and mutations [Internet]. Cell. 2018 ; 173( 2): 371-385.e1-e9.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.060

  • Trabalho de evento

    Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds (2017)

    Oliveira, Edvard Martins de; Estrella, Júlio Cezar ; Costa, Fausto Guzzo da; Delbem, Alexandre Cláudio Botazzo ; Reiff-Marganiec, Stephan

    Source: Proceedings. Conference titles: International Symposium on Computing and Networking - CANDAR. Unidade: ICMC

    Subjects: COMPUTAÇÃO EM NUVEM, ALGORITMOS, APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      OLIVEIRA, Edvard Martins de et al. Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds. 2017, Anais.. Los Alamitos: IEEE, 2017. Disponível em: https://doi.org/10.1109/CANDAR.2017.100. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Oliveira, E. M. de, Estrella, J. C., Costa, F. G. da, Delbem, A. C. B., & Reiff-Marganiec, S. (2017). Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds. In Proceedings. Los Alamitos: IEEE. doi:10.1109/CANDAR.2017.100

    • NLM

      Oliveira EM de, Estrella JC, Costa FG da, Delbem ACB, Reiff-Marganiec S. Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds [Internet]. Proceedings. 2017 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CANDAR.2017.100

    • Vancouver

      Oliveira EM de, Estrella JC, Costa FG da, Delbem ACB, Reiff-Marganiec S. Optimising scientific workflow execution using desktops, clusters and clouds [Internet]. Proceedings. 2017 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1109/CANDAR.2017.100

  • Dissertação (Mestrado)

    Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos (2016)

    Chaves, Laécio Freitas; Durham, Alan Mitchell (Orientador)

    Unidade: IME

    Subjects: ALGORITMOS, GENOMAS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      CHAVES, Laécio Freitas. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Chaves, L. F. (2016). Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/

    • NLM

      Chaves LF. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos [Internet]. 2016 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/

    • Vancouver

      Chaves LF. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos [Internet]. 2016 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/

  • Artigo de periodico

    A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics (2015)

    Tanaka, Erica Akemi; Nozawa, Sérgio Ricardo; Macedo, Alessandra Alaniz; Baranauskas, José Augusto

    Source: Journal of Biomedical Informatics. Unidade: FFCLRP

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, ALGORITMOS

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      TANAKA, Erica Akemi et al. A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics. Journal of Biomedical Informatics, v. 54, p. 85–95, 2015Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jbi.2014.12.011. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Tanaka, E. A., Nozawa, S. R., Macedo, A. A., & Baranauskas, J. A. (2015). A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics. Journal of Biomedical Informatics, 54, 85–95. doi:10.1016/j.jbi.2014.12.011

    • NLM

      Tanaka EA, Nozawa SR, Macedo AA, Baranauskas JA. A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics [Internet]. Journal of Biomedical Informatics. 2015 ; 54 85–95.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.jbi.2014.12.011

    • Vancouver

      Tanaka EA, Nozawa SR, Macedo AA, Baranauskas JA. A multi-label approach using binary relevance and decision trees applied to functional genomics [Internet]. Journal of Biomedical Informatics. 2015 ; 54 85–95.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.jbi.2014.12.011

  • Trabalho de evento

    P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model (2015)

    Hübler, Patricia; Ruiz, Duncan D; Ferreira, João Eduardo ; Souza, Osmar Norberto de

    Source: Proceedings. Conference titles: ACM SIGAPP Symposium on on Applied Computing - SAC. Unidade: IME

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, ALGORITMOS, BIOLOGIA MOLECULAR

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      HÜBLER, Patricia et al. P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model. 2015, Anais.. New York: ACM, 2015. Disponível em: https://doi.org/10.1145/2695664.2695962. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Hübler, P., Ruiz, D. D., Ferreira, J. E., & Souza, O. N. de. (2015). P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model. In Proceedings. New York: ACM. doi:10.1145/2695664.2695962

    • NLM

      Hübler P, Ruiz DD, Ferreira JE, Souza ON de. P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model [Internet]. Proceedings. 2015 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1145/2695664.2695962

    • Vancouver

      Hübler P, Ruiz DD, Ferreira JE, Souza ON de. P-SaMI: a data-flow pattern to perform massively-parallel molecular docking experiments using a fully-flexible receptor model [Internet]. Proceedings. 2015 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1145/2695664.2695962

  • Trabalho de evento

    Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects (2010)

    Cantão, Maurício E; Araújo, Luciano Vieira de; Lemos , Eliana Gertrudes Macedo; Ferreira, João Eduardo

    Source: Proceedings. Conference titles: International Symposium on Biocomputing. Unidades: IME, EACH

    Subjects: ÁLGEBRA, ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA

    Acesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      CANTÃO, Maurício E et al. Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects. 2010, Anais.. New York: ACM, 2010. Disponível em: https://doi.org/10.1145/1722024.1722066. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Cantão, M. E., Araújo, L. V. de, Lemos , E. G. M., & Ferreira, J. E. (2010). Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects. In Proceedings. New York: ACM. doi:10.1145/1722024.1722066

    • NLM

      Cantão ME, Araújo LV de, Lemos EGM, Ferreira JE. Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects [Internet]. Proceedings. 2010 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1145/1722024.1722066

    • Vancouver

      Cantão ME, Araújo LV de, Lemos EGM, Ferreira JE. Algebraic approach to optimal clone selection applied in metagenomic projects [Internet]. Proceedings. 2010 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1145/1722024.1722066

  • Dissertação (Mestrado)

    Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas (2007)

    Faccioli, Rodrigo Antonio; Silva, Ivan Nunes da (Orientador)

    Unidade: EESC

    Subjects: BIOINFORMÁTICA, ALGORITMOS, LÓGICA FUZZY

    Acesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      FACCIOLI, Rodrigo Antonio. Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas. 2007. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Faccioli, R. A. (2007). Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/

    • NLM

      Faccioli RA. Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas [Internet]. 2007 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/

    • Vancouver

      Faccioli RA. Algoritmo híbrido multi-objetivo para predição de estrutura terciária de proteínas [Internet]. 2007 ;[citado 2024 set. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18153/tde-15052007-153736/

  • Artigo de periodico

    Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil (2006)

    Barreto, Claudia C; Nishyia, Anna; Araújo, Luciano Vieira de; Ferreira, João Eduardo; Busch, Michael P; Sabino, Ester Cerdeira

    Source: JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. Unidades: IME, BIOINFORMÁTICA

    Subjects: HIV, DOADORES DE SANGUE, RESISTÊNCIA MICROBIANA ÀS DROGAS, ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteDOIHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      BARRETO, Claudia C et al. Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, v. 41, n. 3, p. 388-341, 2006Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1097/01.qai.0000199097.88344.50. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Barreto, C. C., Nishyia, A., Araújo, L. V. de, Ferreira, J. E., Busch, M. P., & Sabino, E. C. (2006). Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, 41( 3), 388-341. doi:10.1097/01.qai.0000199097.88344.50

    • NLM

      Barreto CC, Nishyia A, Araújo LV de, Ferreira JE, Busch MP, Sabino EC. Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil [Internet]. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. 2006 ; 41( 3): 388-341.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1097/01.qai.0000199097.88344.50

    • Vancouver

      Barreto CC, Nishyia A, Araújo LV de, Ferreira JE, Busch MP, Sabino EC. Trends in antiretroviral drug resistance and clade distributions among HIV-1-infected blood donors in Sao Paulo, Brazil [Internet]. JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. 2006 ; 41( 3): 388-341.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://doi.org/10.1097/01.qai.0000199097.88344.50

  • Artigo de periodico

    DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil (2006)

    Araújo, Luciano Vieira de; Soares, Marcelo A; Oliveira, Suelene Mamede; Chequer, Pedro; Tanuri, Amilcar; Sabino, Ester Cerdeira; Ferreira, João Eduardo

    Source: Genetics and Molecular Research. Unidades: IME, BIOINFORMÁTICA

    Subjects: HIV, BANCO DE DADOS RELACIONAIS, ALGORITMOS, BIOINFORMÁTICA

    Versão PublicadaAcesso à fonteHow to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      ARAÚJO, Luciano Vieira de et al. DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 203-2153, 2006Tradução . . Disponível em: https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf. Acesso em: 27 set. 2024.

    • APA

      Araújo, L. V. de, Soares, M. A., Oliveira, S. M., Chequer, P., Tanuri, A., Sabino, E. C., & Ferreira, J. E. (2006). DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil. Genetics and Molecular Research, 5( 1), 203-2153. Recuperado de https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf

    • NLM

      Araújo LV de, Soares MA, Oliveira SM, Chequer P, Tanuri A, Sabino EC, Ferreira JE. DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil [Internet]. Genetics and Molecular Research. 2006 ; 5( 1): 203-2153.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf

    • Vancouver

      Araújo LV de, Soares MA, Oliveira SM, Chequer P, Tanuri A, Sabino EC, Ferreira JE. DBCollHIV: a database system for collaborative HIV analysis in Brazil [Internet]. Genetics and Molecular Research. 2006 ; 5( 1): 203-2153.[citado 2024 set. 27 ] Available from: https://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/pdf/xm0011.pdf
  • 1

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