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Artigo de periodico
Relating mutational signature exposures to clinical data in cancers via signeR 2.0 (2023)
Drummond, Rodrigo Duarte; Defelicibus, Alexandre; Meyenberg, Mathilde; Valieris, Renan; Dias Neto, Emmanuel; Mitrowsky, Rafael Andres Rosales ; Silva, Israel Tojal da
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: FFCLRP
Assuntos: ALGORITMOS, INFERÊNCIA BAYESIANA, MUTAÇÃO, NEOPLASIAS
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ABNT
DRUMMOND, Rodrigo Duarte et al. Relating mutational signature exposures to clinical data in cancers via signeR 2.0. BMC Bioinformatics, v. 24, n. 1, p. 1-11, 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s12859-023-05550-3. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Drummond, R. D., Defelicibus, A., Meyenberg, M., Valieris, R., Dias Neto, E., Mitrowsky, R. A. R., & Silva, I. T. da. (2023). Relating mutational signature exposures to clinical data in cancers via signeR 2.0. BMC Bioinformatics, 24( 1), 1-11. doi:10.1186/s12859-023-05550-3
NLM
Drummond RD, Defelicibus A, Meyenberg M, Valieris R, Dias Neto E, Mitrowsky RAR, Silva IT da. Relating mutational signature exposures to clinical data in cancers via signeR 2.0 [Internet]. BMC Bioinformatics. 2023 ; 24( 1): 1-11.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-023-05550-3
Vancouver
Drummond RD, Defelicibus A, Meyenberg M, Valieris R, Dias Neto E, Mitrowsky RAR, Silva IT da. Relating mutational signature exposures to clinical data in cancers via signeR 2.0 [Internet]. BMC Bioinformatics. 2023 ; 24( 1): 1-11.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-023-05550-3
Artigo de periodico
ChiMera: an easy to use pipeline for bacterial genome based metabolic network reconstruction, evaluation and visualization (2022)
Tamasco, Gustavo; Kumar, Manish; Zengler, Karsten; Silva-Rocha, Rafael ; Silva, Ricardo Roberto da
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: FMRP
Assuntos: GENOMAS, ENGENHARIA GENÉTICA, METABOLISMO
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ABNT
TAMASCO, Gustavo et al. ChiMera: an easy to use pipeline for bacterial genome based metabolic network reconstruction, evaluation and visualization. BMC Bioinformatics, v. 23, p. 1-13, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s12859-022-05056-4. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Tamasco, G., Kumar, M., Zengler, K., Silva-Rocha, R., & Silva, R. R. da. (2022). ChiMera: an easy to use pipeline for bacterial genome based metabolic network reconstruction, evaluation and visualization. BMC Bioinformatics, 23, 1-13. doi:10.1186/s12859-022-05056-4
NLM
Tamasco G, Kumar M, Zengler K, Silva-Rocha R, Silva RR da. ChiMera: an easy to use pipeline for bacterial genome based metabolic network reconstruction, evaluation and visualization [Internet]. BMC Bioinformatics. 2022 ; 23 1-13.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-022-05056-4
Vancouver
Tamasco G, Kumar M, Zengler K, Silva-Rocha R, Silva RR da. ChiMera: an easy to use pipeline for bacterial genome based metabolic network reconstruction, evaluation and visualization [Internet]. BMC Bioinformatics. 2022 ; 23 1-13.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-022-05056-4
Artigo de periodico
CEMiTool: a bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses (2018)
Russo, Pedro de Sá Tavares; Ferreira, Gustavo Rodrigues; Cardozo, Lucas Esteves; Bürger, Matheus Carvalho; Arias-Carrasco, Raul; Maruyama, Sandra Regina; Hirata, Thiago Dominguez Crespo ; Lima, Diógenes Saulo de; Passos, Fernando Marcon; Fukutani, Kiyoshi Ferreira; Lever, Melissa; Silva, João Santana da; Maracajá-Coutinho, Vinicius; Nakaya, Helder Takashi Imoto
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidades: FMRP, FCF
Assuntos: LEISHMANIA, TRANSCRIÇÃO GÊNICA, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
RUSSO, Pedro de Sá Tavares et al. CEMiTool: a bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, v. 19, n. 1, p. 1-13 art. 56, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2053-1. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Russo, P. de S. T., Ferreira, G. R., Cardozo, L. E., Bürger, M. C., Arias-Carrasco, R., Maruyama, S. R., et al. (2018). CEMiTool: a bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, 19( 1), 1-13 art. 56. doi:10.1186/s12859-018-2053-1
NLM
Russo P de ST, Ferreira GR, Cardozo LE, Bürger MC, Arias-Carrasco R, Maruyama SR, Hirata TDC, Lima DS de, Passos FM, Fukutani KF, Lever M, Silva JS da, Maracajá-Coutinho V, Nakaya HTI. CEMiTool: a bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses [Internet]. BMC Bioinformatics. 2018 ; 19( 1): 1-13 art. 56.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2053-1
Vancouver
Russo P de ST, Ferreira GR, Cardozo LE, Bürger MC, Arias-Carrasco R, Maruyama SR, Hirata TDC, Lima DS de, Passos FM, Fukutani KF, Lever M, Silva JS da, Maracajá-Coutinho V, Nakaya HTI. CEMiTool: a bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses [Internet]. BMC Bioinformatics. 2018 ; 19( 1): 1-13 art. 56.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2053-1
Artigo de periodico
StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction (2018)
Arias-Carrasco, Raul; Vásquez-Morán, Yessenia; Nakaya, Helder Takashi Imoto ; Maracajá-Coutinho, Vinicius
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: FCF
Assuntos: BIOINFORMÁTICA, RNA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
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ABNT
ARIAS-CARRASCO, Raul et al. StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction. BMC Bioinformatics, v. 19, n. 1, p. 1-7 art. 55, 2018Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2052-2. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Arias-Carrasco, R., Vásquez-Morán, Y., Nakaya, H. T. I., & Maracajá-Coutinho, V. (2018). StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction. BMC Bioinformatics, 19( 1), 1-7 art. 55. doi:10.1186/s12859-018-2052-2
NLM
Arias-Carrasco R, Vásquez-Morán Y, Nakaya HTI, Maracajá-Coutinho V. StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction [Internet]. BMC Bioinformatics. 2018 ; 19( 1): 1-7 art. 55.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2052-2
Vancouver
Arias-Carrasco R, Vásquez-Morán Y, Nakaya HTI, Maracajá-Coutinho V. StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction [Internet]. BMC Bioinformatics. 2018 ; 19( 1): 1-7 art. 55.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2052-2
Artigo de periodico
A multiobjective approach to the genetic code adaptability problem (2015)
Oliveira, Lariza Laura de; Oliveira, Paulo Sérgio Lopes de; Tinós, Renato
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: FFCLRP
Assuntos: ALGORITMOS, AMINOÁCIDOS (GENÉTICA), EVOLUÇÃO MOLECULAR, MUTAÇÃO GENÉTICA
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ABNT
OLIVEIRA, Lariza Laura de e OLIVEIRA, Paulo Sérgio Lopes de e TINÓS, Renato. A multiobjective approach to the genetic code adaptability problem. BMC Bioinformatics, v. 16, 2015Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s12859-015-0480-9. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Oliveira, L. L. de, Oliveira, P. S. L. de, & Tinós, R. (2015). A multiobjective approach to the genetic code adaptability problem. BMC Bioinformatics, 16. doi:10.1186/s12859-015-0480-9
NLM
Oliveira LL de, Oliveira PSL de, Tinós R. A multiobjective approach to the genetic code adaptability problem [Internet]. BMC Bioinformatics. 2015 ; 16[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-015-0480-9
Vancouver
Oliveira LL de, Oliveira PSL de, Tinós R. A multiobjective approach to the genetic code adaptability problem [Internet]. BMC Bioinformatics. 2015 ; 16[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12859-015-0480-9
Artigo de periodico
Computational framework to support integration of biomolecular and clinical data within a translational approach (2013)
Miyoshi, Newton; Pinheiro, Daniel Guariz; Silva Júnior, Wilson Araújo da; Felipe, Joaquim Cezar
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidades: FFCLRP, FMRP
Assuntos: INFORMÁTICA MÉDICA, BANCO DE DADOS, ONTOLOGIA
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ABNT
MIYOSHI, Newton et al. Computational framework to support integration of biomolecular and clinical data within a translational approach. BMC Bioinformatics, v. 14, 2013Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-180. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Miyoshi, N., Pinheiro, D. G., Silva Júnior, W. A. da, & Felipe, J. C. (2013). Computational framework to support integration of biomolecular and clinical data within a translational approach. BMC Bioinformatics, 14. doi:10.1186/1471-2105-14-180
NLM
Miyoshi N, Pinheiro DG, Silva Júnior WA da, Felipe JC. Computational framework to support integration of biomolecular and clinical data within a translational approach [Internet]. BMC Bioinformatics. 2013 ; 14[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-180
Vancouver
Miyoshi N, Pinheiro DG, Silva Júnior WA da, Felipe JC. Computational framework to support integration of biomolecular and clinical data within a translational approach [Internet]. BMC Bioinformatics. 2013 ; 14[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-180
Artigo de periodico
SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes (2012)
Dias, Zanoni; Dias, Ulisses; Setubal, João Carlos
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: IQ
Assuntos: GENOMAS, SEQUÊNCIA DO DNA
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ABNT
DIAS, Zanoni e DIAS, Ulisses e SETUBAL, João Carlos. SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes. BMC Bioinformatics, v. 13, p. 1-12 art. 96, 2012Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-96. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Dias, Z., Dias, U., & Setubal, J. C. (2012). SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes. BMC Bioinformatics, 13, 1-12 art. 96. doi:10.1186/1471-2105-13-96
NLM
Dias Z, Dias U, Setubal JC. SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes [Internet]. BMC Bioinformatics. 2012 ; 13 1-12 art. 96.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-96
Vancouver
Dias Z, Dias U, Setubal JC. SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes [Internet]. BMC Bioinformatics. 2012 ; 13 1-12 art. 96.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-96
Artigo de periodico
Construct and compare gene coexpression networks with DAPfinder and DAPview (2011)
Skinner, Jeff; Kotliarov, Yuri; Varma, Sudhir; Mine, Karina L; Iambartsev, Anatoli ; Simon, Richard; Huyen, Yentram; Morgun, Andrey
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: IME
Assuntos: GENES, BIOESTATÍSTICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SKINNER, Jeff et al. Construct and compare gene coexpression networks with DAPfinder and DAPview. BMC Bioinformatics, v. 12, n. 1, p. 286, 2011Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-286. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Skinner, J., Kotliarov, Y., Varma, S., Mine, K. L., Iambartsev, A., Simon, R., et al. (2011). Construct and compare gene coexpression networks with DAPfinder and DAPview. BMC Bioinformatics, 12( 1), 286. doi:10.1186/1471-2105-12-286
NLM
Skinner J, Kotliarov Y, Varma S, Mine KL, Iambartsev A, Simon R, Huyen Y, Morgun A. Construct and compare gene coexpression networks with DAPfinder and DAPview [Internet]. BMC Bioinformatics. 2011 ; 12( 1): 286.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-286
Vancouver
Skinner J, Kotliarov Y, Varma S, Mine KL, Iambartsev A, Simon R, Huyen Y, Morgun A. Construct and compare gene coexpression networks with DAPfinder and DAPview [Internet]. BMC Bioinformatics. 2011 ; 12( 1): 286.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-286
Artigo de periodico
ProbFAST: probabilistic functional analysis system tool (2010)
Silva, Israel T.; Vêncio, Ricardo Zorzetto Nicoliello; Oliveira, Thiago Y. K.; Molfetta, Greice Andreotti de; Silva Júnior, Wilson Araújo da
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: FMRP
Assuntos: GENOMAS, BIOINFORMÁTICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SILVA, Israel T. et al. ProbFAST: probabilistic functional analysis system tool. BMC Bioinformatics, v. 11, 2010Tradução . . Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Silva, I. T., Vêncio, R. Z. N., Oliveira, T. Y. K., Molfetta, G. A. de, & Silva Júnior, W. A. da. (2010). ProbFAST: probabilistic functional analysis system tool. BMC Bioinformatics, 11.
NLM
Silva IT, Vêncio RZN, Oliveira TYK, Molfetta GA de, Silva Júnior WA da. ProbFAST: probabilistic functional analysis system tool. BMC Bioinformatics. 2010 ; 11[citado 2025 nov. 18 ]
Vancouver
Silva IT, Vêncio RZN, Oliveira TYK, Molfetta GA de, Silva Júnior WA da. ProbFAST: probabilistic functional analysis system tool. BMC Bioinformatics. 2010 ; 11[citado 2025 nov. 18 ]
Artigo de periodico
A score system for quality evaluation of RNA sequence tags: an improvement for gene expression profiling (2009)
Pinheiro, Daniel G.; Galante, Pedro Alexandre Favoretto; Souza, Sandro José de; Zago, Marco Antônio; Silva Júnior, Wilson Araújo da
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: FMRP
Assuntos: EXPRESSÃO GÊNICA, RNA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
PINHEIRO, Daniel G. et al. A score system for quality evaluation of RNA sequence tags: an improvement for gene expression profiling. BMC Bioinformatics, v. 10, p. art.170, 2009Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-170. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Pinheiro, D. G., Galante, P. A. F., Souza, S. J. de, Zago, M. A., & Silva Júnior, W. A. da. (2009). A score system for quality evaluation of RNA sequence tags: an improvement for gene expression profiling. BMC Bioinformatics, 10, art.170. doi:10.1186/1471-2105-10-170
NLM
Pinheiro DG, Galante PAF, Souza SJ de, Zago MA, Silva Júnior WA da. A score system for quality evaluation of RNA sequence tags: an improvement for gene expression profiling [Internet]. BMC Bioinformatics. 2009 ; 10 art.170.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-170
Vancouver
Pinheiro DG, Galante PAF, Souza SJ de, Zago MA, Silva Júnior WA da. A score system for quality evaluation of RNA sequence tags: an improvement for gene expression profiling [Internet]. BMC Bioinformatics. 2009 ; 10 art.170.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-170
Artigo de periodico
Bayesian model accounting for within-class biological variability in serial analysis of gene expression (2004)
Vêncio, Ricardo Zorzetto Nicoliello ; Brentani, Helena Paula ; Patrão, Diogo Ferreira da Costa ; Pereira, Carlos Alberto de Bragança
Fonte: BMC Bioinformatics. Unidade: IME
Assuntos: INFERÊNCIA BAYESIANA, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
VÊNCIO, Ricardo Zorzetto Nicoliello et al. Bayesian model accounting for within-class biological variability in serial analysis of gene expression. BMC Bioinformatics, v. 5, n. 1, p. 1-13, 2004Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-119. Acesso em: 18 nov. 2025.
APA
Vêncio, R. Z. N., Brentani, H. P., Patrão, D. F. da C., & Pereira, C. A. de B. (2004). Bayesian model accounting for within-class biological variability in serial analysis of gene expression. BMC Bioinformatics, 5( 1), 1-13. doi:10.1186/1471-2105-5-119
NLM
Vêncio RZN, Brentani HP, Patrão DF da C, Pereira CA de B. Bayesian model accounting for within-class biological variability in serial analysis of gene expression [Internet]. BMC Bioinformatics. 2004 ; 5( 1): 1-13.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-119
Vancouver
Vêncio RZN, Brentani HP, Patrão DF da C, Pereira CA de B. Bayesian model accounting for within-class biological variability in serial analysis of gene expression [Internet]. BMC Bioinformatics. 2004 ; 5( 1): 1-13.[citado 2025 nov. 18 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-119

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