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Artigo de periodico
Combination of differential expression and co-expression network analyses identify novel conserved age-associated changes among different tissues (2023)
Batalha, Caio M. P. F; Fujita, André ; Souza-Pinto, Nadja Cristhina de
Source: bioRxiv. Unidades: IME, IQ
Subjects: ENVELHECIMENTO, EXPRESSÃO GÊNICA
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ABNT
BATALHA, Caio M. P. F e FUJITA, André e SOUZA-PINTO, Nadja Cristhina de. Combination of differential expression and co-expression network analyses identify novel conserved age-associated changes among different tissues. bioRxiv, 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1101/2023.05.26.542445. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Batalha, C. M. P. F., Fujita, A., & Souza-Pinto, N. C. de. (2023). Combination of differential expression and co-expression network analyses identify novel conserved age-associated changes among different tissues. bioRxiv. doi:10.1101/2023.05.26.542445
NLM
Batalha CMPF, Fujita A, Souza-Pinto NC de. Combination of differential expression and co-expression network analyses identify novel conserved age-associated changes among different tissues [Internet]. bioRxiv. 2023 ;[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1101/2023.05.26.542445
Vancouver
Batalha CMPF, Fujita A, Souza-Pinto NC de. Combination of differential expression and co-expression network analyses identify novel conserved age-associated changes among different tissues [Internet]. bioRxiv. 2023 ;[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1101/2023.05.26.542445
Artigo de periodico
Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma (2022)
Paixão, Vinicius Ferreira da ; Sosa, Omar Júlio ; Pellegrina, Diogo Vieira da Silva; Dazzani, Bianca; Corrêa, Thalita Bueno; Bertoldi, Ester Risério Matos; Moraes, Luís Bruno da Cruz e Alves de; Pessoa, Diogo de Oliveira ; Oliveira, Victoria de Paiva; Zevallos, Ricardo Alberto Chiong; Russo, Lilian Cristina ; Forti, Fabio Luis ; Ferreira, João Eduardo ; Freitas, Helano Carioca; Jukemura, José ; Machado, Marcel Cerqueira Cesar ; Begnami, María Dirlei; Setubal, João Carlos ; Bassères, Daniela Sanchez ; Reis, Eduardo Moraes
Source: Cellular Oncology. Unidades: IQ, IME, FM, BIOINFORMÁTICA
Subjects: RNA, ADENOCARCINOMA
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ABNT
PAIXÃO, Vinicius Ferreira da et al. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. Cellular Oncology, v. 45, n. 3, p. 479-504, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1007/s13402-022-00678-5. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Paixão, V. F. da, Sosa, O. J., Pellegrina, D. V. da S., Dazzani, B., Corrêa, T. B., Bertoldi, E. R. M., et al. (2022). Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. Cellular Oncology, 45( 3), 479-504. doi:10.1007/s13402-022-00678-5
NLM
Paixão VF da, Sosa OJ, Pellegrina DV da S, Dazzani B, Corrêa TB, Bertoldi ERM, Moraes LB da C e A de, Pessoa D de O, Oliveira V de P, Zevallos RAC, Russo LC, Forti FL, Ferreira JE, Freitas HC, Jukemura J, Machado MCC, Begnami MD, Setubal JC, Bassères DS, Reis EM. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma [Internet]. Cellular Oncology. 2022 ; 45( 3): 479-504.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s13402-022-00678-5
Vancouver
Paixão VF da, Sosa OJ, Pellegrina DV da S, Dazzani B, Corrêa TB, Bertoldi ERM, Moraes LB da C e A de, Pessoa D de O, Oliveira V de P, Zevallos RAC, Russo LC, Forti FL, Ferreira JE, Freitas HC, Jukemura J, Machado MCC, Begnami MD, Setubal JC, Bassères DS, Reis EM. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma [Internet]. Cellular Oncology. 2022 ; 45( 3): 479-504.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s13402-022-00678-5
Artigo de periodico
Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics (2022)
Palmeira, Ondina; Matos, Larissa R. B; Naslavsky, Michel ; Bueno, Heloisa Maria Siqueira ; Soler, Júlia Maria Pavan ; Setubal, João Carlos ; Zatz, Mayana
Source: iScience. Unidades: IB, IQ, IME, BIOINFORMÁTICA
Subjects: BIOTA INTESTINAL, BEBÊS, RNA
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ABNT
PALMEIRA, Ondina et al. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics. iScience, v. 25, n. 3, p. 1-18 art. 103861, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103861. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Palmeira, O., Matos, L. R. B., Naslavsky, M., Bueno, H. M. S., Soler, J. M. P., Setubal, J. C., & Zatz, M. (2022). Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics. iScience, 25( 3), 1-18 art. 103861. doi:10.1016/j.isci.2022.103861
NLM
Palmeira O, Matos LRB, Naslavsky M, Bueno HMS, Soler JMP, Setubal JC, Zatz M. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics [Internet]. iScience. 2022 ; 25( 3): 1-18 art. 103861.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103861
Vancouver
Palmeira O, Matos LRB, Naslavsky M, Bueno HMS, Soler JMP, Setubal JC, Zatz M. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics [Internet]. iScience. 2022 ; 25( 3): 1-18 art. 103861.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103861
Trabalho de evento-resumo
LACEN: an R package for lncRNA functional annotation using co-expression networks (2022)
Sanches, Leonardo ; Pato, Gabriel Torres Gomes; Pellegrina, Diogo Vieira da Silva ; Ferreira, João Eduardo ; Reis, Eduardo Moraes
Source: Abstract Book. Conference titles: Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology/SBBq. Unidades: IME, IQ, BIOINFORMÁTICA
Subjects: RNA, NEOPLASIAS
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ABNT
SANCHES, Leonardo et al. LACEN: an R package for lncRNA functional annotation using co-expression networks. 2022, Anais.. São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2022. Disponível em: https://www2.sbbq.org.br/reuniao/2022/images/livro_completo.pdf. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Sanches, L., Pato, G. T. G., Pellegrina, D. V. da S., Ferreira, J. E., & Reis, E. M. (2022). LACEN: an R package for lncRNA functional annotation using co-expression networks. In Abstract Book. São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Recuperado de https://www2.sbbq.org.br/reuniao/2022/images/livro_completo.pdf
NLM
Sanches L, Pato GTG, Pellegrina DV da S, Ferreira JE, Reis EM. LACEN: an R package for lncRNA functional annotation using co-expression networks [Internet]. Abstract Book. 2022 ;[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://www2.sbbq.org.br/reuniao/2022/images/livro_completo.pdf
Vancouver
Sanches L, Pato GTG, Pellegrina DV da S, Ferreira JE, Reis EM. LACEN: an R package for lncRNA functional annotation using co-expression networks [Internet]. Abstract Book. 2022 ;[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://www2.sbbq.org.br/reuniao/2022/images/livro_completo.pdf
Artigo de periodico
TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes (2021)
Oliveira, Mauro de Medeiros ; Bonadio, Ígor ; Melo, Alícia Lie de ; Souza, Gláucia Mendes ; Durham, Alan Mitchell
Source: Briefings in Bioinformatics. Unidades: IQ, IME, BIOINFORMÁTICA
Subjects: TRANSCRIÇÃO GÊNICA, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
OLIVEIRA, Mauro de Medeiros et al. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. Briefings in Bioinformatics, v. 22, n. 6, p. 1-12, 2021Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Oliveira, M. de M., Bonadio, Í., Melo, A. L. de, Souza, G. M., & Durham, A. M. (2021). TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. Briefings in Bioinformatics, 22( 6), 1-12. doi:10.1093/bib/bbab198
NLM
Oliveira M de M, Bonadio Í, Melo AL de, Souza GM, Durham AM. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 6): 1-12.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198
Vancouver
Oliveira M de M, Bonadio Í, Melo AL de, Souza GM, Durham AM. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 6): 1-12.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198
Artigo de periodico
Synchronous down-modulation of miR-17 family members is an early causative event in the retinal angiogenic switch (2015)
Nunes, Diana N.; Dias-Neto, Emmanuel; Cardó-Vila, Marina; Edwards, Julianna K.; Dobroff, Andrey S.; Giordano, Ricardo José ; Mandelin, Jami; Brentani, Helena P.; Hasselgren, Catrin; Yao, Virginia J.; Marchiò, Serena; Pereira, Carlos Alberto de Bragança ; Passetti, Fabio; Calin, George A.; Sidman, Richard L.; Arap, Wadih; Pasqualini, Renata
Source: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Unidades: FM, IQ, IME
Subjects: RNA MENSAGEIRO, RETINA (FISIOPATOLOGIA), RATOS, NEOVASCULARIZAÇÃO RETINIANA
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ABNT
NUNES, Diana N. et al. Synchronous down-modulation of miR-17 family members is an early causative event in the retinal angiogenic switch. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 112, n. 12, p. 3770-3775, 2015Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1073/pnas.1500008112. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Nunes, D. N., Dias-Neto, E., Cardó-Vila, M., Edwards, J. K., Dobroff, A. S., Giordano, R. J., et al. (2015). Synchronous down-modulation of miR-17 family members is an early causative event in the retinal angiogenic switch. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112( 12), 3770-3775. doi:10.1073/pnas.1500008112
NLM
Nunes DN, Dias-Neto E, Cardó-Vila M, Edwards JK, Dobroff AS, Giordano RJ, Mandelin J, Brentani HP, Hasselgren C, Yao VJ, Marchiò S, Pereira CA de B, Passetti F, Calin GA, Sidman RL, Arap W, Pasqualini R. Synchronous down-modulation of miR-17 family members is an early causative event in the retinal angiogenic switch [Internet]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2015 ; 112( 12): 3770-3775.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1073/pnas.1500008112
Vancouver
Nunes DN, Dias-Neto E, Cardó-Vila M, Edwards JK, Dobroff AS, Giordano RJ, Mandelin J, Brentani HP, Hasselgren C, Yao VJ, Marchiò S, Pereira CA de B, Passetti F, Calin GA, Sidman RL, Arap W, Pasqualini R. Synchronous down-modulation of miR-17 family members is an early causative event in the retinal angiogenic switch [Internet]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2015 ; 112( 12): 3770-3775.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1073/pnas.1500008112
Artigo de periodico
RECK is not an independent prognostic marker for breast cancer (2015)
Gomes, Luciana Rodrigues; Fujita, André ; Mott, Joni D ; Soares, Fernando Augusto ; Labriola, Leticia ; Sogayar, Mari Cleide
Source: BMC Cancer. Unidades: IME, FO, IQ
Subjects: IMUNOHISTOQUÍMICA, NEOPLASIAS MAMÁRIAS
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ABNT
GOMES, Luciana Rodrigues et al. RECK is not an independent prognostic marker for breast cancer. BMC Cancer, v. 15, p. 1-11 art. 660, 2015Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s12885-015-1666-2. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Gomes, L. R., Fujita, A., Mott, J. D., Soares, F. A., Labriola, L., & Sogayar, M. C. (2015). RECK is not an independent prognostic marker for breast cancer. BMC Cancer, 15, 1-11 art. 660. doi:10.1186/s12885-015-1666-2
NLM
Gomes LR, Fujita A, Mott JD, Soares FA, Labriola L, Sogayar MC. RECK is not an independent prognostic marker for breast cancer [Internet]. BMC Cancer. 2015 ; 15 1-11 art. 660.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12885-015-1666-2
Vancouver
Gomes LR, Fujita A, Mott JD, Soares FA, Labriola L, Sogayar MC. RECK is not an independent prognostic marker for breast cancer [Internet]. BMC Cancer. 2015 ; 15 1-11 art. 660.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12885-015-1666-2
Parte de monografia/livro
Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em Bioinformática (2015)
Durham, Alan Mitchell ; Setubal, João Carlos ; Barrera, Júnior
Source: Práticas da interdisciplinaridade no ensino e pesquisa. Unidades: IME, IQ
Subjects: BIOINFORMÁTICA, INTERDISCIPLINARIDADE
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
DURHAM, Alan Mitchell e SETUBAL, João Carlos e BARRERA, Júnior. Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em Bioinformática. Práticas da interdisciplinaridade no ensino e pesquisa. Tradução . Barueri: Manole, 2015. . . Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Durham, A. M., Setubal, J. C., & Barrera, J. (2015). Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em Bioinformática. In Práticas da interdisciplinaridade no ensino e pesquisa. Barueri: Manole.
NLM
Durham AM, Setubal JC, Barrera J. Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em Bioinformática. In: Práticas da interdisciplinaridade no ensino e pesquisa. Barueri: Manole; 2015. [citado 2024 nov. 19 ]
Vancouver
Durham AM, Setubal JC, Barrera J. Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em Bioinformática. In: Práticas da interdisciplinaridade no ensino e pesquisa. Barueri: Manole; 2015. [citado 2024 nov. 19 ]
Artigo de periodico
Non-coding transcription characterization and annotation (2012)
Paschoal, Alexandre Rossi; Maracajá-Coutinho, Vinicius Ramos Henriques; Setubal, João Carlos ; Simões, Zila Luz Paulino; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell
Source: RNA Biology. Unidades: IQ, FFCLRP, IME
Subjects: BIOINFORMÁTICA, RNA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
PASCHOAL, Alexandre Rossi et al. Non-coding transcription characterization and annotation. RNA Biology, v. 9, n. 3, p. 274-282 : + Supplementary materials ( S1-S92), 2012Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.4161/rna.19352. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Paschoal, A. R., Maracajá-Coutinho, V. R. H., Setubal, J. C., Simões, Z. L. P., Verjovski-Almeida, S., & Durham, A. M. (2012). Non-coding transcription characterization and annotation. RNA Biology, 9( 3), 274-282 : + Supplementary materials ( S1-S92). doi:10.4161/rna.19352
NLM
Paschoal AR, Maracajá-Coutinho VRH, Setubal JC, Simões ZLP, Verjovski-Almeida S, Durham AM. Non-coding transcription characterization and annotation [Internet]. RNA Biology. 2012 ; 9( 3): 274-282 : + Supplementary materials ( S1-S92).[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.4161/rna.19352
Vancouver
Paschoal AR, Maracajá-Coutinho VRH, Setubal JC, Simões ZLP, Verjovski-Almeida S, Durham AM. Non-coding transcription characterization and annotation [Internet]. RNA Biology. 2012 ; 9( 3): 274-282 : + Supplementary materials ( S1-S92).[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.4161/rna.19352
Artigo de periodico
The sugarcane genome challenge: strategies for sequencing a highly complex genome (2011)
Souza, Gláucia Mendes ; Berges, Helene; Bocs, Stephanie; Casu, Rosanne; D'Hont, Angelique; Ferreira, João Eduardo ; Henry, Robert; Ming, Ray; Potier, Bernard; Van Sluys, Marie-Anne ; Vincentz, Michel; Paterson, Andrew H
Source: Tropical Plant Biology. Unidades: IQ, IME, IB
Subjects: ALIMENTOS TRANSGÊNICOS, CANA-DE-AÇÚCAR, GENOMAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SOUZA, Gláucia Mendes et al. The sugarcane genome challenge: strategies for sequencing a highly complex genome. Tropical Plant Biology, 2011Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1007/s12042-011-9079-0. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Souza, G. M., Berges, H., Bocs, S., Casu, R., D'Hont, A., Ferreira, J. E., et al. (2011). The sugarcane genome challenge: strategies for sequencing a highly complex genome. Tropical Plant Biology. doi:10.1007/s12042-011-9079-0
NLM
Souza GM, Berges H, Bocs S, Casu R, D'Hont A, Ferreira JE, Henry R, Ming R, Potier B, Van Sluys M-A, Vincentz M, Paterson AH. The sugarcane genome challenge: strategies for sequencing a highly complex genome [Internet]. Tropical Plant Biology. 2011 ;[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s12042-011-9079-0
Vancouver
Souza GM, Berges H, Bocs S, Casu R, D'Hont A, Ferreira JE, Henry R, Ming R, Potier B, Van Sluys M-A, Vincentz M, Paterson AH. The sugarcane genome challenge: strategies for sequencing a highly complex genome [Internet]. Tropical Plant Biology. 2011 ;[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s12042-011-9079-0
Artigo de periodico
Inferring contagion in regulatory networks (2011)
Fujita, André ; Sato, João Ricardo ; Demasi, Marcos Angelo Almeida ; Yamaguchi, Rui ; Shimamura, Teppei ; Ferreira, Carlos Eduardo ; Sogayar, Mari Cleide ; Miyano, Satoru
Source: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Unidades: IME, IQ
Subjects: REGULAÇÃO GÊNICA, BIOQUÍMICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
FUJITA, André et al. Inferring contagion in regulatory networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, v. 8, n. 2, p. 570-576, 2011Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1109/tcbb.2010.40. Acesso em: 19 nov. 2024.
APA
Fujita, A., Sato, J. R., Demasi, M. A. A., Yamaguchi, R., Shimamura, T., Ferreira, C. E., et al. (2011). Inferring contagion in regulatory networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 8( 2), 570-576. doi:10.1109/tcbb.2010.40
NLM
Fujita A, Sato JR, Demasi MAA, Yamaguchi R, Shimamura T, Ferreira CE, Sogayar MC, Miyano S. Inferring contagion in regulatory networks [Internet]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2011 ; 8( 2): 570-576.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1109/tcbb.2010.40
Vancouver
Fujita A, Sato JR, Demasi MAA, Yamaguchi R, Shimamura T, Ferreira CE, Sogayar MC, Miyano S. Inferring contagion in regulatory networks [Internet]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2011 ; 8( 2): 570-576.[citado 2024 nov. 19 ] Available from: https://doi.org/10.1109/tcbb.2010.40

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