Desenvolvimento de métodos analíticos e computacionais para análise estrutural de proteínas relacionadas às doenças infecciosas, com ênfase na arginil-transferase de T. cruzi e na glicoproteína SPIKE de SARS-CoV-2 (2023)
- Authors:
- Autor USP: COUTINHO, JOÃO VICTOR PACCINI - ICB
- Unidade: ICB
- Sigla do Departamento: BMP
- Subjects: PARASITOLOGIA; TRIPANOSSOMOSE; COVID-19; PROTEÔMICA; TRYPANOSOMA CRUZI; GLICOPROTEÍNAS
- Keywords: Arginilação; T. cruzi; SARS-Cov-2; glicosilação; proteômica; dinâmica molecular; Arginylation; T. cruzi; SARS-CoV-2; glycosylation; proteomics; molecular dynamics
- Language: Português
- Abstract: A interação entre o hospedeiro e o patógeno envolve uma infinidade de processos biomoleculares que envolvem um ajuste fino dos processos de sinalização metabólica e celular no hospedeiro e no patógeno. A compreensão dessa intrincada "batalha" molecular é fundamental para a identificação de marcadores tanto para o diagnóstico como para o prognóstico de doenças infecciosas, além de opções terapêuticas. O desenvolvimento atual das estratégias ômicas permitiu uma análise holística dos sistemas biológicos, como a interação patógeno-hospedeiro, o que possibilitou uma visão da biologia de sistemas de ambos os organismos ao longo da infecção. O Trypanosoma cruzi é um protozoário flagelado unicelular responsável pela doença de Chagas. Essa doença afeta mais de 6 milhões de pessoas em todo o mundo, sendo mais proeminente na América Central e na América Latina. Outra preocupação de saúde pública que foi detectada no final de 2019 é a infecção por SARS-CoV-2, um beta coronavírus que causa a COVID-19. Vários grupos aplicaram estratégias genômicas, transcriptômicas e proteômicas para elucidar as biomoléculas desse parasita e vírus em diferentes estágios.No entanto, faltava uma visão de todo o proteoma da estabilidade das proteínas e de suas modificações pós-traducionais, como a modulação da arginilação protéica e uma caracterização estrutural completa da glicoproteína SPIKE das variantes do SARS-CoV-2. Neste trabalho, são descritos os avanços alcançados da elucidação: 1) do processo enzimático de arginilação de proteínas em T. cruzi e P. falciparum, 2) a caracterização das mudanças de perfil proteômico térmico entre tripomastigotas e epimastigotas em T. cruzi e 3) a avaliação das tendências evolutivas na oclusão/blindagem de glicanos na glicoproteína SPIKE de vírus coronaviridae usando técnicas de dinâmica molecular. Os resultados são apresentados, discutidos e avaliados para as próximas etapas de desenvolvimentos futuros.
- Imprenta:
- Data da defesa: 04.12.2023
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ABNT
COUTINHO, João Victor Paccini. Desenvolvimento de métodos analíticos e computacionais para análise estrutural de proteínas relacionadas às doenças infecciosas, com ênfase na arginil-transferase de T. cruzi e na glicoproteína SPIKE de SARS-CoV-2. 2023. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-24032026-174725/. Acesso em: 12 abr. 2026. -
APA
Coutinho, J. V. P. (2023). Desenvolvimento de métodos analíticos e computacionais para análise estrutural de proteínas relacionadas às doenças infecciosas, com ênfase na arginil-transferase de T. cruzi e na glicoproteína SPIKE de SARS-CoV-2 (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-24032026-174725/ -
NLM
Coutinho JVP. Desenvolvimento de métodos analíticos e computacionais para análise estrutural de proteínas relacionadas às doenças infecciosas, com ênfase na arginil-transferase de T. cruzi e na glicoproteína SPIKE de SARS-CoV-2 [Internet]. 2023 ;[citado 2026 abr. 12 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-24032026-174725/ -
Vancouver
Coutinho JVP. Desenvolvimento de métodos analíticos e computacionais para análise estrutural de proteínas relacionadas às doenças infecciosas, com ênfase na arginil-transferase de T. cruzi e na glicoproteína SPIKE de SARS-CoV-2 [Internet]. 2023 ;[citado 2026 abr. 12 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-24032026-174725/ - Exploring COVID-19 pathogenesis on command-line: abioinformatics pipeline for handling and integrating omics data
- Glycoprotein molecular dynamics analysis
- The thermal proteome stability profile of Trypanosoma cruzi in epimastigote and trypomastigote life stages
- Systems-wide analysis of glycoprotein conformational changes by limited deglycosylation assay
- Complement system activation is a plasma biomarker signature during malaria in pregnancy
- P.1 and P.2 SARS-CoV-2 Brazilian variants activate the unfolded protein response with a time and pathway specificity
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