PredicTF: prediction of bacterial transcription factors in complex microbial communities using deep learning (2022)
- Authors:
- USP affiliated authors: ROCHA, RAFAEL SILVA - FMRP ; MONTEIRO, LUMMY MARIA OLIVEIRA - FMRP
- Unidade: FMRP
- DOI: 10.1186/s40793-021-00394-x
- Subjects: APRENDIZADO COMPUTACIONAL; REDES NEURAIS; REGULAÇÃO GÊNICA; FATORES DE TRANSCRIÇÃO
- Keywords: Gene regulation; Transcription factors; Deep learning; Transcription factor database; Microbial communities
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Imprenta:
- Source:
- Título: Environmental Microbiome
- ISSN: 2524-6372
- Volume/Número/Paginação/Ano: v. 17, n. 1, art. 7, p. 1-11, 2022
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
- Acessar versão aberta:
-
ABNT
MONTEIRO, Lummy Maria Oliveira et al. PredicTF: prediction of bacterial transcription factors in complex microbial communities using deep learning. Environmental Microbiome, v. 17, n. 1, p. 1-11, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s40793-021-00394-x. Acesso em: 31 mar. 2026. -
APA
Monteiro, L. M. O., Saraiva, J. P., Toscan, R. B., Stadler, P. F., Silva-Rocha, R., & Rocha, U. N. da. (2022). PredicTF: prediction of bacterial transcription factors in complex microbial communities using deep learning. Environmental Microbiome, 17( 1), 1-11. doi:10.1186/s40793-021-00394-x -
NLM
Monteiro LMO, Saraiva JP, Toscan RB, Stadler PF, Silva-Rocha R, Rocha UN da. PredicTF: prediction of bacterial transcription factors in complex microbial communities using deep learning [Internet]. Environmental Microbiome. 2022 ; 17( 1): 1-11.[citado 2026 mar. 31 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s40793-021-00394-x -
Vancouver
Monteiro LMO, Saraiva JP, Toscan RB, Stadler PF, Silva-Rocha R, Rocha UN da. PredicTF: prediction of bacterial transcription factors in complex microbial communities using deep learning [Internet]. Environmental Microbiome. 2022 ; 17( 1): 1-11.[citado 2026 mar. 31 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s40793-021-00394-x - Unraveling the complex interplay of Fis and IHF through synthetic promoter engineering
- Deciphering the architecture/function relationship in complex bacterial promoters through Synthetic Biology approaches
- Estudo bioquímico de ß-glucosidases de Malbranchea pulchella e aplicações na hidrólise de resíduos agroindustriais e de antocianinas
- Emergent properties in complex synthetic bacterial promoters
- The chromobacterium violaceum ArsR arsenite repressor exerts tighter control on its cognate promoter than the Escherichia coli system
- Deconstruction of regulatory complexity in Escherichia coli through systemic biology approaches
- Standardization of inducer-activated broad host range expression modules: debugging and refactoring an alkane-responsive AlkS/PalkB device
- Design of novel synthetic yeast promoters using in silico approaches
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- Transcription factor levels enable metabolic diversification of single cells of environmental bacteria
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