Consensus gene signatures reveal the multi-organ impact of severe COVID-19 (2025)
- Authors:
- Autor USP: AVILA, JONATHAN PEÑA - FCF
- Unidade: FCF
- Sigla do Departamento: FBC
- DOI: 10.11606/T.9.2025.tde-06022026-123227
- Subjects: BIOLOGIA CELULAR; COVID-19; CORONAVIRUS; EXPRESSÃO GÊNICA
- Keywords: Assinaturas gênicas consenso; Biologia de sistemas; Consensus gene signatures; COVID-19 grave; SARS-CoV-2; SARS-CoV-2; Severe COVID-19; Systems biology; Transcriptômica; Transcriptomics
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: A COVID-19 grave é caracterizada por hiperinflamação e disfunção multiorgânica. No entanto, assinaturas de expressão gênica reprodutíveis entre diferentes tecidos permaneceram pouco definidas. Neste estudo, foram identificadas assinaturas transcriptômicas de consenso e investigados os mecanismos moleculares subjacentes à forma grave da doença. Uma análise integrativa foi conduzida a partir de 39 estudos independentes, abrangendo 11 tipos de tecido, 1.551 amostras de RNA-seq em larga escala e mais de 2 milhões de células únicas. Genes diferencialmente expressos (DEGs) de consenso foram identificados por meio de uma estratégia de contagem de votos combinada com abordagens de biologia de sistemas. As vias consistentemente enriquecidas entre os conjuntos de dados incluíram sinalização de interferon e TNF-α, respostas à hipóxia e ativação plaquetária. Entre os DEGs de consenso — como IFITM3, BCL2A1, CAMK2D e CCR1 — o regulador de tráfego vesicular RAB8B foi priorizado para investigação adicional, pois foi detectado em aproximadamente 45% dos tecidos analisados e observou-se seu vínculo funcional com a replicação viral. Um eixo SREBF2–RAB8B induzido por hipóxia foi destacado pelas análises de coexpressão e de redes regulatórias, sugerindo um mecanismo pelo qual o SARS-CoV-2 pode explorar o remodelamento metabólico e vesicular.O recrutamento da proteína v-SNARE VAMP-3 por RAB8B e a promoção de sua coalescência em agrupamentos de membrana foram sustentados por simulações de dinâmica molecular, nas quais menos agrupamentos de VAMP-3 foram observados na presença de RAB8B, uma configuração que provavelmente facilita a fusão de endossomos. A importância funcional de RAB8B foi confirmada em células Caco-2. A carga viral foi reduzida em aproximadamente 30% com shRAB8B-1 (p = 0,0302) e em aproximadamente 76% com shRAB8B-2 (p = 0,0009) após silenciamento mediado por shRNA lentiviral. Assim, o RAB8B é posicionado como um fator hospedeiro crítico que sustenta a replicação do SARS-CoV-2 e como um potencial alvo terapêutico. Investigações adicionais sobre intervenções direcionadas ao RAB8B são justificadas para avaliar sua utilidade clínica na mitigação da COVID- 19 grave.
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- Data da defesa: 02.12.2025
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
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ABNT
AVILA, Jonathan Pena. Consensus gene signatures reveal the multi-organ impact of severe COVID-19. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-06022026-123227/. Acesso em: 11 fev. 2026. -
APA
Avila, J. P. (2025). Consensus gene signatures reveal the multi-organ impact of severe COVID-19 (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-06022026-123227/ -
NLM
Avila JP. Consensus gene signatures reveal the multi-organ impact of severe COVID-19 [Internet]. 2025 ;[citado 2026 fev. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-06022026-123227/ -
Vancouver
Avila JP. Consensus gene signatures reveal the multi-organ impact of severe COVID-19 [Internet]. 2025 ;[citado 2026 fev. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9142/tde-06022026-123227/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.9.2025.tde-06022026-123227 (Fonte: oaDOI API)
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