Identificação de RNAs longos não-codificadores associados ao desenvolvimento celular de trofoblastos humanos e à sua infecção pelo vírus Zika (2025)
- Authors:
- Autor USP: LOPES, THALLES SOUZA - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- DOI: 10.11606/T.95.2025.tde-22122025-181144
- Subjects: TROFOBLASTO; PLACENTA; ZIKA VÍRUS; EXPRESSÃO GÊNICA; IMPRINTING GENÔMICO
- Keywords: Expressão gênica; Gene expression; Genomic imprinting; hiPSC; hiPSC; Imprinting genômico; lncRNAs; lncRNAs; Placenta; Placenta; Trofoblasto; Trophoblast; Vírus Zika; Zika virus
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A placenta humana desempenha um papel relevante como barreira imune e mecânica. Apesar disso, patógenos virais ainda conseguem atravessar essa barreira, desregulando a homeostase fetal e a embriogênese. Ao avaliar pacientes com gestação gemelar infectadas com o vírus Zika, Amaral et al. (2020) (DOI:10.1371/journal.pntd.0008424) revelaram a expressão gênica diferencial de genes codificadores de proteína em trofoblastos (TFB) da placenta derivados de gêmeos dizigóticos discordantes para a Síndrome Congênita do Zika (SCZ). Entretanto, o papel dos RNAs longos não-codificadores (lncRNAs) no desenvolvimento de TFB não foi explorado. O objetivo deste estudo é identificar lncRNAs envolvidos na diferenciação de células-tronco pluripotentes humanas induzidas (hiPSC) para TFB, bem como envolvidos na infecção pelo ZIKV e desenvolvimento de microcefalia. Dados de RNA-Seq de Amaral et al. foram re-mapeados no genoma de referência humano (GRCh38) utilizando um transcriptoma específico para hiPSC-TB, a ferramenta STAR, e um pipeline dedicado para identificar a expressão de lncRNAs. GffCompare foi usado para anotar novos transcritos, CPC2, CPAT e FEELnc, para predizer o potencial codificador de novos lncRNAs, e edgeR e limma, para análises de expressão diferencial.WGCNA foi usado para análises de redes de co-expressão, Metascape, para enriquecimento de termos de Ontologia Gênica (GO) e Cytoscape, para visualização das redes de módulos funcionais. O pipeline otimizado identificou 247 novos lncRNAs antissenso, 393 novos lncRNAs intrônicos e 102 novos lncRNAs intergênicos. Ao comparar hiPSC e TFB, foram encontrados 218 lncRNAs conhecidos e 26 novos com expressão diferencial em TFB (FDR < 0,001). A análise de redes de co-expressão revelou um módulo com correlação positiva significativa (0,99***) com a diferenciação de TFB, enriquecido com termos GO relacionados a “epithelial cell differentiation”, “tissue morphogenesis”, dentre outros; e um com correlação negativa significativa (-1,00***) relacionado a “brain development”, “circulatory system process”, dentre outros. Esses dois módulos concentraram 99,5% dos lncRNAs diferencialmente expressos (DE) em TFB. Ao comparar TFB dos gêmeos, antes e após a infecção pelo ZIKV, foram encontrados 96 lncRNAs conhecidos e seis novos com expressão diferencial em TFB infectados (FDR < 0,05). A análise de redes de co-expressão revelou dois módulos com correlação positiva significativa (0,99*** e 0,93**) com a infecção in vitro de TFB por ZIKV, concentrando 10,8% dos lncRNAs DE, alguns classificados como hub-genes. Esses módulos apresentaram enriquecimento de termos GO relacionados à “regulation of defense response to virus”, “response to interferon”, dentre outros.Notavelmente, nos TFBs infectados de gêmeos afetados pela microcefalia, foram detectados oito “imprinted genes” como DEGs, incluindo lncRNAs como H19 e MEG3. Esses achados demonstram uma reprogramação transcriptômica global na diferenciação de TFB e sugerem que a infecção dessas células por ZIKV desregula imprinted genes em gêmeos afetados pela microcefalia, indicando uma capacidade reduzida de resposta celular e um mecanismo de suscetibilidade ao desfecho neurológico grave. Os dados aqui registrados poderão subsidiar investigações adicionais visando a identificação de redes gênicas da placenta para melhor compreensão das bases moleculares do desenvolvimento e diferenciação de TFB e a identificação de modelos que descrevam os perfis de expressão de diferentes populações de células desse tecido
- Imprenta:
- Data da defesa: 18.12.2025
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
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ABNT
LOPES, Thalles Souza. Identificação de RNAs longos não-codificadores associados ao desenvolvimento celular de trofoblastos humanos e à sua infecção pelo vírus Zika. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22122025-181144/. Acesso em: 11 jan. 2026. -
APA
Lopes, T. S. (2025). Identificação de RNAs longos não-codificadores associados ao desenvolvimento celular de trofoblastos humanos e à sua infecção pelo vírus Zika (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22122025-181144/ -
NLM
Lopes TS. Identificação de RNAs longos não-codificadores associados ao desenvolvimento celular de trofoblastos humanos e à sua infecção pelo vírus Zika [Internet]. 2025 ;[citado 2026 jan. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22122025-181144/ -
Vancouver
Lopes TS. Identificação de RNAs longos não-codificadores associados ao desenvolvimento celular de trofoblastos humanos e à sua infecção pelo vírus Zika [Internet]. 2025 ;[citado 2026 jan. 11 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22122025-181144/
Informações sobre o DOI: 10.11606/T.95.2025.tde-22122025-181144 (Fonte: oaDOI API)
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