Métodos para a avaliação da integração entre caracteres filogenéticos discretos (2024)
- Authors:
- Autor USP: SILVA, MARIA LUIZA MATOS - Interinstitucional de Pós-Graduação em Estatística
- Unidade: Interinstitucional de Pós-Graduação em Estatística
- Sigla do Departamento: SME
- DOI: 10.11606/D.104.2024.tde-03122025-115505
- Subjects: INTEGRAÇÃO; FILOGENIA; BIOESTATÍSTICA; REGRESSÃO LOGÍSTICA; INFERÊNCIA NÃO PARAMÉTRICA
- Keywords: Cluster; Cluster; Integration; Phylogenetic logistic regression; Phylogenetic logistic regression; Phylogeny; Threshold model
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Filogenética é a área que busca compreender as relações existentes entre diferentes organismos no que diz respeito ao seu desenvolvimento e evolução. Uma questão fundamental é avaliar a integração e a modularidade de diferentes características de indivíduos. A integração refere-se a associação entre as características e a modularidade trata da investigação de grupos de caracteres que possuem mais dependência com uns do que com outros. Dentro desse campo de estudo, existem uma abundância de trabalhos com dados contínuos, porém há poucos artigos para o caso discreto. Neste trabalho propomos uma abordagem para avaliar a integração entre caracteres filogenéticos discretos, e para isso a metodologia consiste em dois passos. A primeira etapa é calcular a similaridade entre os caracteres, utilizando correlações simples (Pearson e Spearman) e com a utilização da topologia (Threshold Model e Phylogenetic Logistic Regression - PLR). Na utilização da PLR consideramos os valores absolutos dos coeficientes e o valor-p como medidas de associação. O segundo passo consiste em utilizar a informação obtida anteriormente para construir o Cluster hierárquico, a fim de se obter a visualização dos módulos. Utilizamos base de dados simulados dos modelos de Markov e Threshold. Para confrontar os resultados de cada técnica, empregamos três métricas: Rand Index (RI), Normalized Mutual nformation (NMI) e o Fowlkes Mallows Index (FMI). Assim, pudemos avaliar como a incorporação da informação sobre afilogenia impacta nas análises por meio da simulação dos dados.
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2024
- Data da defesa: 24.09.2024
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
-
ABNT
SILVA, Maria Luiza Matos. Métodos para a avaliação da integração entre caracteres filogenéticos discretos. 2024. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/104/104131/tde-03122025-115505/. Acesso em: 20 jan. 2026. -
APA
Silva, M. L. M. (2024). Métodos para a avaliação da integração entre caracteres filogenéticos discretos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/104/104131/tde-03122025-115505/ -
NLM
Silva MLM. Métodos para a avaliação da integração entre caracteres filogenéticos discretos [Internet]. 2024 ;[citado 2026 jan. 20 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/104/104131/tde-03122025-115505/ -
Vancouver
Silva MLM. Métodos para a avaliação da integração entre caracteres filogenéticos discretos [Internet]. 2024 ;[citado 2026 jan. 20 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/104/104131/tde-03122025-115505/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.104.2024.tde-03122025-115505 (Fonte: oaDOI API)
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