Análise de RNAs longos não codificantes intergênicos de Sporisorium scitamineum em interação com a cana-de-açúcar (2025)
- Authors:
- Autor USP: DELESPOSTI, JULIA MARTINS VIEIRA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- DOI: 10.11606/D.11.2025.tde-11112025-114442
- Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; CARVÃO (DOENÇA DE PLANTA); FUNGOS FITOPATOGÊNICOS; RNA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Keywords: Transcritos não codificantes
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: RNAs longos não codificantes (lncRNAs) constituem uma classe de transcritos funcionais que não codificam proteínas, mas desempenham papéis centrais na regulação transcricional e pós-transcricional em eucariotos. Em fungos fitopatogênicos, estudos sobre lncRNAs ainda são limitados, especialmente no contexto de interações com hospedeiros vegetais. A doença do carvão da cana-de-açúcar, causada pelo fungo Sporisorium scitamineum, é um dos principais desafios fitossanitários da cultura, com impacto direto na produtividade agrícola. Embora diversas abordagens transcriptômicas tenham sido empregadas para estudar a interação planta-patógeno, a maioria dos estudos até hoje concentrou-se em genes codificadores de proteínas. O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar transcricionalmente RNAs longos não codificantes intergênicos (lincRNAs) de S. scitamineum, visando compreender seu potencial papel regulatório na patogenicidade do fungo e na interação com cultivares de cana-de-açúcar contrastantes em resistência. Foram analisados transcriptomas derivados de culturas in vitro e de tecidos de cana-de-açúcar infectados, abrangendo dois isolados do fungo com diferentes graus de agressividade (SSC39 e SSC04). A partir da reconstrução do transcriptoma de S. scitamineum, foram identificados 469 lncRNAs por critérios computacionais baseados em ausência de potencial codificador, falta de domínios conservados e ausência de similaridade com proteínas conhecidas. Um dos lncRNAs,IAC_00002508, apresentou sobreposição com um gene candidato a efetor previamente descrito (g3890/g3876), sugerindo possível papel regulador cis-associado à virulência. Destes, 70 foram classificados como lncRNAs intergênicos (lincRNAs), distribuídos de forma desigual entre os cromossomos e com predomínio de transcritos com 200400 nucleotídeos. A quantificação transcricional in silico indicou que 61 lincRNAs do isolado SSC39 e 68 do isolado SSC04 apresentaram expressão robusta in vitro (TPM > 10 e ≥ 3 leituras por réplica). Em condições in planta, observou-se expressão mais restrita: 10 lincRNAs foram expressos em SSC39 e 51 em SSC04. A interação com o hospedeiro impôs um filtro transcricional, modulando o repertório de lincRNAs expressos. Seis transcritos foram selecionados para validação transcricional por RT-qPCR. Dois deles apresentaram expressão em ambas as variedades de cana-de-açúcar analisadas, enquanto os demais apresentaram perfis específicos para o genótipo resistente ou suscetível. Este trabalho constitui a primeira caracterização de RNAs não codificadores em S. scitamineum, oferecendo uma base funcional para estudos sobre regulação não codificante em basidiomicetos patogênicos e fornecendo candidatos para investigações funcionais em interações planta-patógeno
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2025
- Data da defesa: 26.08.2025
- Este periódico é de acesso aberto
- Este artigo NÃO é de acesso aberto
-
ABNT
DELESPOSTI, Julia Martins Vieira. Análise de RNAs longos não codificantes intergênicos de Sporisorium scitamineum em interação com a cana-de-açúcar. 2025. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-11112025-114442/. Acesso em: 25 fev. 2026. -
APA
Delesposti, J. M. V. (2025). Análise de RNAs longos não codificantes intergênicos de Sporisorium scitamineum em interação com a cana-de-açúcar (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-11112025-114442/ -
NLM
Delesposti JMV. Análise de RNAs longos não codificantes intergênicos de Sporisorium scitamineum em interação com a cana-de-açúcar [Internet]. 2025 ;[citado 2026 fev. 25 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-11112025-114442/ -
Vancouver
Delesposti JMV. Análise de RNAs longos não codificantes intergênicos de Sporisorium scitamineum em interação com a cana-de-açúcar [Internet]. 2025 ;[citado 2026 fev. 25 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-11112025-114442/
Informações sobre o DOI: 10.11606/D.11.2025.tde-11112025-114442 (Fonte: oaDOI API)
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